Aide pour effectuer un polissage médianBonjour,
Je dispose de données de criblage cellulaire présentant un artefact au niveau des lignes : les lignes impaires (A, C, etc.) affichent un signal légèrement inférieur à celui des lignes paires (B, D, etc.). Bien que la solution idéale soit de corriger cette source de variance au niveau de l'équipement, je souhaite également lisser mes données afin d'améliorer la détection des cibles. J'ai lu dans plusieurs articles que le lissage médian de Tukey est utilisé pour corriger les biais spatiaux dans les données de criblage, mais je n'ai pas trouvé comment l'implémenter dans JMP ni s'il s'agit d'une fonction intégrée. Je sais qu'il est possible de calculer une itération en déterminant les médianes des lignes et des colonnes, mais la force de cet outil réside dans sa capacité à itérer sur un nombre n de cycles jusqu'à ce que la variation entre les médianes des lignes et des colonnes devienne négligeable. Quelqu'un pourrait-il m'aider à écrire un script ou m'orienter vers un plugin permettant d'effectuer cette tâche ? Ce serait bien d'avoir une interface graphique similaire à celles d'autres outils d'analyse, où je pourrais saisir ma variable y, mes lignes et colonnes, puis les variables de correspondance. Il serait également utile d'avoir soit un champ pour entrer le nombre d'itérations, soit un test de résidus pour que le logiciel détermine quand arrêter les itérations et affiche les résultats de chaque itération à la fin. Je suis novice sur JMP, donc c'est un peu complexe pour moi, mais toute aide serait la bienvenue ! Je pense que ce serait un ajout précieux aux outils d'analyse de criblage, car il a été démontré que cela permet de mieux lisser les données et d'améliorer la fiabilité de la détection des hits. Merci d'avance !
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Lien vers des informations sur le polissage médian :
https://en.wikipedia.org/wiki/Median_polish
Modélisation statistique avancéeAutomatisation et scriptageRe: Aide pour effectuer un polissage médianJe ne crois pas qu'il existe une fonction de polissage médian fournie dans JMP ; cependant, l'interface JMP pour Python ou R vous permettra d'accéder à leurs routines de polissage médian.
Re: Aide pour effectuer un polissage médianDe plus, si vous souhaitez simplement corriger l'alternance des lignes, vous pouvez le faire en quelques clics dans l'interface graphique. Vous pouvez également choisir « Standardisé » au lieu de « Centré ».
Cela semble être un exercice de programmation amusant. Si je devais le programmer en JSL, je suivrais probablement les étapes de cette vidéo .
Re: Aide pour effectuer un polissage médian... et ensuite peut-être remplacer Moyenne de la colonne() par Médiane de la colonne().
Pour appliquer la méthode de polissage médian complète , les données doivent s'y prêter...
- sinon, une grande quantité d'informations précieuses (essentielles !) est supprimée « accidentellement ».
Re: Aide pour effectuer un polissage médianUne autre approche…
Oh, je n'en parlerai pas cette fois.
Re: Aide pour effectuer un polissage médianJe vous le signale ! L'interface graphique de normalisation de @hogi peut également le faire.
Re: Aide pour effectuer un polissage médianSalut Jim,
Merci pour votre réponse. J'espérais éviter de devoir tout créer moi-même et plutôt utiliser ce que d'autres ont déjà réalisé !
Merci encore,
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Re: Aide pour effectuer un polissage médianSalut Jed,
Merci pour votre réponse. Pourriez-vous décrire plus en détail ce que vous faites sur cette capture d'écran ? Je ne connais pas bien ces options.
Concernant la programmation, je comprends les étapes du polissage médian, mais comme il s'agit d'un processus itératif, il me faudrait du temps pour programmer et y intégrer de la flexibilité. J'espérais que quelqu'un pourrait m'aider à le faire ou me fournir un script fonctionnel !
Re: Aide pour effectuer un polissage médianMerci à vous deux !
J'ai testé une méthode similaire avec des fonctions, et cela a légèrement amélioré les données ! J'ai calculé la médiane de tous les puits de test de chaque ligne (car dans un criblage à haut débit, dans des conditions appropriées, la plupart des puits ne contiennent pas de molécules actives) et je l'ai utilisée pour normaliser les données. Cela a permis d'atténuer l'effet de ligne et de faciliter le tri des molécules actives.
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Re: Aide pour effectuer un polissage médianSalut @amichaud ,
Voici un bref résumé de ce qui se passe ci-dessus :
- Puisque vous avez mentionné les lignes paires et impaires, j'ai créé une colonne qui alterne 0 et 1, appelée Biais.
- En cliquant avec le bouton droit sur la colonne Biais, j'ai sélectionné Nouvelle colonne de formule > Grouper par. Cela ne crée aucune colonne, mais définit la colonne Biais comme colonne de regroupement pour les futures colonnes de formule.
- Un clic droit sur la colonne Y, puis la sélection de Nouvelle colonne de formule > Distribution > Centrer, centre la colonne Y autour de 0, de manière itérative pour chaque variable de regroupement . Ainsi, les 0 et les 1 de la colonne Biais seront traités séparément. Il s'agit simplement d'une autre méthode pour corriger le biais des échantillons en fonction du nombre de lignes paires ou impaires. Vous pouvez également utiliser Distribution > Standardiser pour obtenir le même résultat.
- Le graphique vise simplement à illustrer ce phénomène visuellement. Le graphique du bas présente un ajustement différent pour chaque groupe de biais, tandis que celui du haut présente le même ajustement pour les deux, puisque le biais a été éliminé par centrage.
De plus, selon votre objectif, vous pouvez également inclure la colonne Biais comme effet dans le modèle que vous créez. Le Profiler vous permettra alors de visualiser et d'interagir avec cet effet, sans aucune modification des données. Vous trouverez ci-joint un tableau de données mis à jour pour illustrer cela.
