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Es konnte keine 4PL-Kurve nach Anwendung der Gewichtung (1/y^2) angepasst werden.

Ich versuche, einen Datensatz zu analysieren, der Rohsignalwerte (y, Antwort) und Konzentrationen (x, Vorhersageformel) für einen ELISA-Test verwendet. Dabei wende ich ein logistisches 4P-Modell auf die Daten an. Nachdem ich die Rohsignalwerte mit 1/y² gewichtet habe, passt die Grafik nicht mehr und ergibt einen R-Wert von ca. 0,45. Dieselbe Platte wurde mit einer anderen Software problemlos analysiert. Ich frage mich daher, woran das liegt. Für jede Hilfe bin ich dankbar!

Gewichtungsberechnung:

Fortgeschrittene statistische ModellierungGrundlagen der Datenanalyse und ModellierungBetreff: Anpassung einer 4PL-Kurve nach Anwendung der Gewichtung (1/y^2) nicht möglich

Ohne Daten ist es schwierig zu erkennen, worin das Problem besteht. Könnten Sie ein Beispiel für das nennen, worüber Sie sprechen?

Danke,
Ben

Betreff: Anpassung einer 4PL-Kurve nach Anwendung der Gewichtung (1/y^2) nicht möglich

Hallo Ben,

Vielen Dank für Ihre Antwort! Unten finden Sie die Zahlen, mit denen ich arbeite. Es handelt sich um eine einfache Verdünnungsreihe, die ich anpassen möchte. Auf der Y-Achse trage ich das „mittlere Signal (Spalte 1 und 2)“ und auf der X-Achse die „theoretische Konzentration“ ab. Die Gewichtungsspalte stammt aus der oben genannten Formel aus dem ursprünglichen Beitrag. Nach der Analyse mit einem nichtlinearen Modell passt die 4PL-Kurve nicht (sie passt jedoch, wenn die Gewichtung entfernt wird).

Betreff: Anpassung einer 4PL-Kurve nach Anwendung der Gewichtung (1/y^2) nicht möglich

Hallo @CurseOfCheetah8 ,

Die Gewichtung des L4P scheint wie gewünscht zu funktionieren, hat aber Schwierigkeiten, da die gewichteten Daten schlecht zu einem 4-Parameter-Modell passen, was Sie in der Tabelle der Parameterschätzungen sehen können:

Möglicherweise unterscheidet sich die Gleichung in Ihrer Software von der von JMP verwendeten? In diesem Fall könnten Sie versuchen, diese zu übernehmen und die nichtlineare Plattform zu verwenden.

Lassen Sie mich wissen, falls es Unterschiede gibt, dann kann ich Ihnen weitere hilfreiche Ressourcen zukommen lassen.

Danke,

Ben

Betreff: Anpassung einer 4PL-Kurve nach Anwendung der Gewichtung (1/y^2) nicht möglich

Ist es sinnvoll, diese Daten mit einem beliebigen 4PLC-Modell zu modellieren, wenn die Reaktion im Wesentlichen linear zur Konzentrationsänderung verläuft?

Betreff: Anpassung einer 4PL-Kurve nach Anwendung der Gewichtung (1/y^2) nicht möglich

Ich stimme zu, dass die lineare Anpassung mit der gewählten Gewichtung funktioniert. Leider handelt es sich um einen vorvalidierten Assay, der die Verwendung eines 4PL mit einer Gewichtung von 1/y² vorschreibt, weshalb meine Analysemöglichkeiten eingeschränkt sind. Ich versuche zu verstehen, warum ein 4PL in zwei Softwareprogrammen (MSD Workbench und JMP) so unterschiedlich aussieht. Vielen Dank für Ihre Hilfe. Mein nächster Schritt wird wohl sein, die Gleichung der jeweils anderen Software zu untersuchen.

Betreff: Anpassung einer 4PL-Kurve nach Anwendung der Gewichtung (1/y^2) nicht möglich

Hallo @CurseOfCheetah8 : Hier können wir sehen, was MSD Workbench macht.

https://www.mesoscale.com/~/media/files/manuals/discovery%20workbench%20v4%20users%20guide.pdf?la=en

MSDW verwendet die unten aufgeführte „United States Pharmacopeia: USP <1034>“. JMP verwendet die als „European Pharmacopoeia“ aufgeführte.

https://www.quantics.co.uk/blog/what-is-the-4pl-formula/

Daher werden sie unterschiedlich parametrisiert.

Davon abgesehen...würde ich bei Ihren Daten das 4PL-Modell aufgeben, egal was Ihr Protokoll vorgibt (d. h. die Daten folgen nicht annähernd der sigmoidalen Form des 4PL-Modells).

Sie schreiben außerdem: „Dieser Teller wurde bereits mit einer anderen Software analysiert, okay?“ Was genau meinen Sie mit „okay“?

Nachtrag: Hier gibt es ebenfalls eine gute Diskussion.

https://community.jmp.com/t5/Discussions/4PL-fit-4-parameter-logistic/td-p/15836

Betreff: Anpassung einer 4PL-Kurve nach Anwendung der Gewichtung (1/y^2) nicht möglich

Hallo @CurseOfCheetah8 ,

Ich habe versucht, die Formel von Meso nach JMP zu importieren (siehe die Formelspalte hier) und sie mit der nichtlinearen Plattform zu analysieren. Sie konvergiert zwar, aber die Anpassung ist unbefriedigend. Vergleichen Sie die Schätzwerte Ihrer anderen Software für die einzelnen Parameter – sind sie ähnlich? Möglicherweise müssen Sie für jeden Parameter geeignete Bereiche festlegen, damit die nichtlineare Analyse korrekt konvergiert.

Danke,
Ben