Impossible d'ajuster une courbe 4PL après application de la pondération (1/y^2)J'essaie d'analyser un jeu de données utilisant les points de signal bruts (y, réponse) et la concentration (x, formule de prédiction) pour un dosage de type ELISA, en appliquant un modèle logistique à 4 paramètres. Lorsque j'applique une pondération 1/y² à la colonne des points de signal bruts, le graphique ne s'ajuste plus correctement, avec un coefficient de détermination R² d'environ 0,45. Cette même plaque a été analysée avec succès par un autre logiciel ; je m'interroge donc sur l'origine du problème. Merci d'avance pour votre aide !
calcul de pondération : 
Modélisation statistique avancéeAnalyse et modélisation de données de baseRe: Impossible d'ajuster une courbe 4PL après application de la pondération (1/y^2)Il est difficile de discerner le problème sans données ; pourriez-vous fournir un exemple de ce dont vous parlez ?
Merci,
Ben
Re: Impossible d'ajuster une courbe 4PL après application de la pondération (1/y^2)Salut Ben,
Merci pour votre réponse ! Voici les données que j'utilise. Il s'agit d'une simple série de dilutions que j'essaie d'ajuster avec les valeurs « signal moyen colonnes 1 et 2 » en ordonnée et la « concentration théorique » en abscisse. La colonne de pondération est issue de la formulation du message initial. Après analyse avec un modèle non linéaire, le modèle 4PL ne s'ajuste pas (il s'ajuste correctement sans pondération).
Re: Impossible d'ajuster une courbe 4PL après application de la pondération (1/y^2)Salut @CurseOfCheetah8 ,
Le modèle L4P semble fonctionner comme prévu avec la pondération, mais il rencontre des difficultés car les données pondérées ne correspondent pas bien à un modèle à 4 paramètres, comme vous pouvez le constater dans le tableau des estimations des paramètres :
Il se peut que l'équation utilisée par votre logiciel soit différente de celle de JMP. Si c'est le cas, vous pourriez essayer de l'importer et d'utiliser la plateforme non linéaire.
N'hésitez pas à me signaler toute différence et je pourrai vous envoyer des ressources supplémentaires pour vous aider.
Merci,
Ben
Re: Impossible d'ajuster une courbe 4PL après application de la pondération (1/y^2)Est-il raisonnable de modéliser ces données avec n'importe quelle 4PLC lorsque la réponse est essentiellement linéaire par rapport à la variation de concentration ?
Re: Impossible d'ajuster une courbe 4PL après application de la pondération (1/y^2)Je suis d'accord, l'ajustement linéaire fonctionne avec la pondération utilisée. Malheureusement, il s'agit d'un dosage pré-validé qui spécifie l'utilisation d'un modèle 4PL avec une pondération de 1/y², ce qui limite mes possibilités d'analyse. J'essaie de comprendre pourquoi le modèle 4PL présente un rendu si différent entre deux logiciels (MSD Workbench et JMP). Merci de votre aide ; il semble que la prochaine étape consiste à identifier l'équation utilisée par l'autre logiciel.
Re: Impossible d'ajuster une courbe 4PL après application de la pondération (1/y^2)Salut @CurseOfCheetah8 : En regardant ici, nous pouvons voir ce que fait MSD WorkBench.
https://www.mesoscale.com/~/media/files/manuals/discovery%20workbench%20v4%20users%20guide.pdf?la=en
MSDW utilise la Pharmacopée des États-Unis (USP <1034>). JMP utilise la Pharmacopée européenne.
https://www.quantics.co.uk/blog/what-is-the-4pl-formula/
Ils sont donc paramétrés différemment.
Cela dit… pour vos données, j’abandonnerais le modèle 4PL quel que soit votre protocole (c’est-à-dire que les données ne suivent pas du tout la forme sigmoïde du modèle 4PL).
Vous dites également : « Cette même plaque a été analysée avec un autre logiciel, d’accord ». Que voulez-vous dire exactement par « d’accord » ?
Edit : Bonne discussion ici aussi.
https://community.jmp.com/t5/Discussions/4PL-fit-4-parameter-logistic/td-p/15836
Re: Impossible d'ajuster une courbe 4PL après application de la pondération (1/y^2)Salut @CurseOfCheetah8 ,
J'ai essayé d'importer la formule de Meso dans JMP (voir la colonne « Formule » ici) et de l'exécuter sur la plateforme non linéaire. La convergence est confirmée, mais l'ajustement est médiocre. Comparez les valeurs estimées par votre autre logiciel pour chaque paramètre : sont-elles similaires ? Il vous faudra peut-être définir des plages de valeurs appropriées pour chaque paramètre afin que la plateforme non linéaire converge correctement.
Merci,
Ben
