Joindre virtuellement des tables de données est une nouvelle capacité dans JMP 13 cela peut vous faire économiser de l'espace et de la mémoire, tout en augmentant votre productivité dans l'analyse de vos données à partir de plusieurs tables.
Cette nouvelle fonctionnalité peut vous aider avec des tables de données volumineuses et vous faire gagner du temps en essayant de trouver le meilleur moyen de les réunir physiquement. Jointures virtuelles vous permettent de relier des tableaux, rendant ainsi disponibles des variables pour votre analyse, des graphiques et de nombreuses autres JMP .
Ce billet de blog présente un exemple d'utilisation de Virtual Join sur des données provenant d'un essai clinique contrôlé randomisé portant sur le médicament nicardipine pour le traitement de patients atteints d'hémorragie sous-arachnoïdienne rare et potentiellement fatale. Il s'agissait d'un essai clinique mené de 1987 à 1989 sur des patients très malades présentant un saignement entre le cerveau et les tissus qui le recouvrent. Naturellement, les patients ont connu plusieurs événements indésirables au cours de l’essai. Le moniteur médical de l’essai clinique a pour tâche d’examiner la répartition de ces événements. Comprendre la survenue d'événements indésirables dans les groupes démographiques et les groupes de traitement, ainsi que leur gravité et la possibilité d'établir une relation permettant d'étudier l'administration du médicament, est un élément clé du respect des normes de sécurité permettant de protéger les patients.
Cet exemple utilise un tableau de données sur les événements indésirables ainsi qu’un tableau de données démographiques - pour montrer rapidement quels sujets ayant connu certains événements de l’étude appartenaient à un certain âge, sexe et race et quel traitement ils ont reçu. Chaque table a une colonne ou une variable d'identifiant unique (USUBJID) pouvant être liées ensemble; une fois les tables liées, vous pouvez analyser les données et rassembler des informations précieuses.
Le tableau démographique (democr.jmp) contient une ligne unique pour chaque sujet. Par conséquent, la colonne USUBJID de cette table sera la colonne «ID du lien». La propriété de colonne Link ID identifie une colonne de la table de données auxiliaire en tant que colonne ID. En d'autres termes, les lignes de la table de données sont identifiées de manière unique par les valeurs de la colonne ID. Il existe plusieurs façons d'affecter cette propriété de colonne, mais vous pouvez simplement cliquer avec le bouton droit de la souris sur la colonne et la sélectionner, ce qui place une coche à côté de Link ID, comme indiqué ci-dessous.
Une fois que cet ID de lien est défini dans cette table, vous pouvez le référencer à partir de la table des événements indésirables (adverseevents.jmp) avec la même colonne d'identifiant (USUBJID). Pour affecter votre propriété de colonne «Référence de lien», utilisez à nouveau la méthode du clic droit sur cette colonne afin de sélectionner facilement la table demod.jmp à laquelle vous souhaitez faire référence ou à laquelle vous souhaitez renvoyer le lien, comme indiqué ci-dessous.
Lorsque l'ID de lien et la référence de lien sont correctement configurés dans les deux tableaux, vous verrez une clé dorée dans un tableau et une clé bleue dans l'autre.
De Democratic.jmp:
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De adverseevents.jmp:
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Ci-dessous, vous pouvez voir la table adverseevents.jmp, avec les colonnes de référence de la table democr.jmp dans le panneau des colonnes:
La nicardipine est un bloqueur des canaux calciques qui détend les vaisseaux sanguins. Les événements indésirables liés au système vasculaire présentent donc un intérêt. Vous pouvez utiliser un filtre de données pour AEBODSYS et sélectionner DES TROUBLES VASCULAIRES. La distribution vous permet de voir facilement ces événements indésirables avec les informations démographiques via la jointure virtuelle.
Vous pouvez voir que l'hypertension et l'hypotension étaient fréquentes chez les sujets. Grâce à la possibilité d'inclure le traitement ARM via le lien USUBJID, vous pouvez constater qu'il y a eu moins d'occurrences dans le groupe Traitement (NIC.15). En attendant, si vous sélectionnez Hypotension, vous constatez une augmentation du nombre de cas dans le groupe de traitement. Cela suggère que le médicament a peut-être trop bien fonctionné!
À l'aide de Graph Builder, vous pouvez explorer la relation entre la gravité des événements indésirables et si le placebo a été administré. Ce graphique semble montrer que l’utilisation du placebo a été moins grave.
Il est également intéressant d’utiliser la plate-forme Résumé pour connaître le nombre total de sujets utilisant le placebo par rapport à la carte réseau. 15 groupés par ARM [USUBJID], SEX [USUBJID] et AESEV, et constatent que la majorité des cas ont fait état d'une gravité modérée des effets indésirables. À l'aide des tableaux -> Résumé, vous pouvez sélectionner les options suivantes, puis consulter le tableau présenté ci-dessous.
Ce n'est qu'un exemple de données pouvant être référencées d'une table à une autre. j'ai trouvé Jointure virtuelle très utile lorsque j'ai plusieurs tables et que je dois extraire des données de différentes sources. J'espère que vous le trouverez utile aussi.
Vous pouvez obtenir plus d’informations sur cette nouvelle fonctionnalité de mon JMP Affiche Sommet Découverte et de une présentation de Daniel Valente qui se concentre sur le générateur de requêtes, mais aborde également la jointure virtuelle.
Merci beaucoup à Kelci Miclaus du JMP Sciences de la vie équipe pour ses contributions substantielles à cet article de blog.
Référence
Haley EC, Kassell NF et Torner JC (1993). Un essai contrôlé randomisé portant sur la nicardipine par voie intraveineuse à forte dose dans le cadre d'une hémorragie sous-arachnoïdienne anévrysmale. Journal of Neurosurgery 78: 537-547.
