关于如何校正协方差分析（BY=Atlas）结果中的多重比较的问题您好，我目前正在使用 JMP 学生版进行协方差分析 (ANCOVA)。以下是步骤：
- 模型拟合（Y：测量值，BY：图谱编号）
- 模型效应配置（疾病数量，年龄）
- 方法：标准最小二乘法
- 重点：效果如下
运行此设置后，将显示每个图谱编号的“实际响应值”报告。富兰克林·罗斯福我明白勾选此框会应用 FDR 校正。
目的我们使用协方差分析（ANCOVA）检验了每个图谱编号的统计学意义，但由于我们对每个图谱分别进行了检验，因此可能存在假阳性结果。因此，我们希望对所有图谱进行多重比较校正，从而修正所得的p值。
问题是：
- “效应汇总”中的 FDR 校正是否仅适用于模型效应中包含的因素数量（在本例中为两个因素：疾病数量和年龄）？
- 在 JMP 学生版中，是否可以对所有图谱编号（所有 BY 报告）的 ANCOVA 结果进行 FDR 校正？通过 GUI 或 JSL 脚本都无法实现。
- *如果①中的FDR校正仅应用于模型效应的系数个数，我希望您能回答这个问题。
高级统计建模回复：关于如何校正协方差分析（BY=Atlas）结果中的多重比较的问题在“拟合模型”中使用 By 变量时显示的“效应汇总”中的“FDR”是仅在 By 变量的每个级别内进行检验的 FDR 调整后的 p 值。
需要注意的是，FDR（错误发现率）并不能控制FWER（族系错误率），即一个真实零假设被拒绝的概率。它仅仅是使用Benjamini-Hochberg方法计算的FDR校正后的p值，用于控制被拒绝的零假设中真实零假设的平均比例。
■JMP 19 中新增了一个名为FDR调整的功能。虽然需要编程，但该功能允许您根据原始 p 值（未校正的 p 值）计算 FDR 校正后的 p 值。步骤如下：
请注意，以下脚本仅为示例，该脚本仅由我个人负责，与我的组织无关。
（1）使用Fit 模型进行回归分析。
（2）右键单击“参数估计值”表，然后从弹出菜单中选择“创建连接数据表” 。这将创建一个包含参数估计值和 p 值的数据表。
（3）在（2）中创建的数据表窗口处于活动状态时，选择[文件] → [新建] → [JSL 脚本] 。脚本编辑器将打开。
（4）将下面的代码复制并粘贴到（3）中的脚本编辑器中。
Names Default To Here(1);
/* 現在、アクティブなデータテーブルに対する参照を取得 */
dt = Current Data Table();
/* 切片項の行を選択 */
dt << Select Where( :項 == "切片" );
/* 切片項の行を削除 */
dt << Delete Rows;
/* 未調整p値の取得 */
pval = Column(dt, "p値(Prob>|t|)")<
<GET as="" matrix=""></GET>
<P><BR />（5）选择<STRONG>[编辑]→[运行脚本]</STRONG> 。<BR />应在上面的数据表中添加名为“FDR”的列（2）。</P> <P><BR />■虽然这涉及到测试整个数据集，而不仅仅是每个 By 级别，但 JMP 19 中的响应筛选功能新增了一个子组分析功能。</P> <P>（1）选择<STRONG>[分析]→[拟合模型]</STRONG> 。<BR /> （2）从窗口右上角的<STRONG>[方法]</STRONG>中选择<STRONG>[响应筛选]</STRONG> 。<BR /> （3）指定响应变量（Y 变量）和效应。<BR /> （4）在<STRONG>子分组</STRONG>中指定 By 变量。<BR /> （5）点击<STRONG>【执行】</STRONG>按钮。</P> <P>该结果中的“FDR p 值”是 FDR 调整后的 p 值，它不仅考虑了每个 By 级别的检验，还考虑了整个数据的检验。</P> <BR /> <P>再次强调，FDR 调整后的 p 值并不能控制 FWER，而是控制错误发现率。</P> <BR />
回复：关于如何校正协方差分析（BY=Atlas）结果中的多重比较的问题“按 By 变量划分的影响汇总”中显示的 FDR 调整后的 p 值是针对每个 By 系列的（我现在明白，在这种情况下，它仅适用于图谱编号内的测试结果。
要对所有图谱执行 FDR 校正，请使用以下方法：FDR 调整功能我发现它非常有用，因为我可以一次性根据未调整的 p 值计算出 FDR 调整后的 p 值。。
感谢您提供剧本。
另一项新发现是，在 JMP19 中，在“响应筛选”中指定子分组，可以对整个数据集执行 FDR 校正。
我也觉得你对罗斯福和富兰克林·韦德思维方式差异的评论很有启发性。
非常感谢您的宝贵解释。
