ANCOVA (BY = 아틀라스) 결과의 다중 비교 보정 방법에 관한 질문안녕하세요. 현재 JMP Student Edition을 사용하여 공분산 분석(ANCOVA)을 수행하고 있습니다. 절차는 다음과 같습니다.
- 모델의 적합(Y:실측치, BY:아틀라스 번호)
- 모델 효과 구성(질환 번호, 연령)
- 기술: 표준 최소 제곱
- 강조 포인트 : 효과의 코코비
이 설정으로 실행하면 각 아틀라스 번호에 대해 "응답 실측치" 보고서가 표시됩니다. 해당 보고서의 '효과 개요'에서루즈벨트확인란을 선택하면 FDR 보정이 적용된다는 것을 알 수 있습니다.
목적: ANCOVA에서 아틀라스 번호별로 통계적 의식차를 검정했지만, 아틀라스별로 개별 검정을 하고 있으므로 위양성이 포함될 것으로 생각됩니다. 그래서, 얻어진 p값을 아틀라스 전체에서 다중 비교 보정하고 싶다고 생각하고 있습니다.
여기 질문입니다 :
- '효과 개요'의 FDR 보정은 모델 효과에 포함된 요인 수(이 경우에는 질병 번호와 연령의 두 가지)에만 적용됩니까?
- ANCOVA 결과에 대해 전체 아틀라스 번호 (모든 BY 보고서)를 대상으로 FDR 보정을 수행하는 것은 JMP Student Edition에서 가능합니까? GUI 조작이나 JSL 스크립트가 아닙니다.
- ※이 질문은 ①의 FDR 보정이 모델 효과의 계수수만 적용되는 경우에 따라 주시면 감사하겠습니다.
고급 통계 모델링Re: ANCOVA(BY=아틀라스) 결과의 다중 비교 보정 방법에 관한 질문「모델의 맞추기」 에서 By 변수를 사용했을 때에 표시되는 「효과의 요약」에서의 「FDR」은, 어디까지나 By 변수의 각 수준내에서만의 검정에 대한 FDR 조정 p값이 되고 있습니다.
덧붙여 FDR(가짜 발견률)은, FWER(familywise error rate), 즉, 「참의 귀무 가설 중에서, 어느 하나가 기각될 확률」을 제어하는 것은 아닙니다. 어디까지나, 「「기각된 귀무 가설의 개수 중에서 진정한 귀무 가설의 개수가 차지하는 비율」의 평균」을 제어하기 위해, Benjamini-Hochberg법으로 계산된 FDR 조정 p값입니다.
■ JMP 19부터 FDR 조정 라는 함수가 추가되었습니다. 프로그래밍이 필요하지만이 함수를 사용하면 원시 p 값 (조정되지 않은 p 값)에서 FDR 조정 된 p 값을 계산할 수 있다고 생각합니다. 아래에 그 절차가 나와 있습니다.
덧붙여 아래의 스크립트는 어디까지나 샘플로서 나타내고 있는 것입니다. 또한 이 스크립트에 대한 책임은 개인에게만 있으며 소속 조직은 책임을 지지 않습니다.
(1) [모델 적합] 에서 회귀 분석을 수행합니다.
(2) 「파라미터 추정치」 의 표를 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하면 호출되는 팝업 메뉴에서 [연결된 데이터 테이블 작성] 을 선택합니다. 이 조작은 매개변수 추정값과 p-값을 포함하는 데이터 테이블을 작성합니다.
(3) 상기 (2)에서 작성된 데이터 테이블의 윈도우를 활성화한 상태에서 [파일] → [신규 작성] → [JSL 스크립트] 를 선택합니다. 스크립트 편집기가 호출됩니다.
(4) 아래 코드를 (3)의 스크립트 편집기에 복사하여 붙여 넣습니다.
Names Default To Here(1);
/* 現在、アクティブなデータテーブルに対する参照を取得 */
dt = Current Data Table();
/* 切片項の行を選択 */
dt << Select Where( :項 == "切片" );
/* 切片項の行を削除 */
dt << Delete Rows;
/* 未調整p値の取得 */
pval = Column(dt, "p値(Prob>|t|)")<
<GET as="" matrix=""></GET>
<P><BR />(5) <STRONG>[편집] → [스크립트 실행]</STRONG> 을 선택합니다.<BR /> 위 (2)의 데이터 테이블에 "FDR"이라는 열이 추가되어야합니다.</P> <P><BR />■By 수준마다가 아니라, 데이터 전체에 대한 검정도 포함되어 버립니다만, JMP 19보다 「응답의 스크리닝」에 서브그룹 분석의 새로운 기능이 추가되었습니다.</P> <P>(1) <STRONG>[분석] → [모델 적합]</STRONG> 을 선택합니다.<BR /> (2) 창 오른쪽 상단의 <STRONG>[기법]</STRONG> 에서 <STRONG>[응답 스크리닝]</STRONG> 을 선택합니다.<BR /> (3) 응답 변수 (Y 변수)와 효과를 지정합니다.<BR /> (4) <STRONG>[서브 그룹화]</STRONG> 에 By 변수를 지정합니다.<BR /> (5) <STRONG>[실행]</STRONG> 버튼을 클릭합니다.</P> <P>이 결과의 「FDR p값」은, By 수준마다 뿐만이 아니라, 데이터 전체에 대한 검정도 가미한 FDR 조정 p값이 되고 있습니다.</P> <BR /> <P>덧붙여 반복이 됩니다만, FDR 조정 p값은, FWER를 제어하는 것이 아니라, 가짜 발견율을 제어하는 것입니다.</P> <BR />
Re: ANCOVA(BY=아틀라스) 결과의 다중 비교 보정 방법에 관한 질문'By 변수별 효과 개요'에 표시되는 FDR 조정 p값은 각 By 일련(이번 경우는 아틀라스 번호) 내에서의 검정 결과에 대해서만 적용되고 있다는 점, 잘 이해할 수 있었습니다.
또한 모든 아틀라스를 통해 FDR 보정을 수행하려면 JMP 19 이상에서 추가되었습니다.FDR Adjust 함수를 사용하면, 미조정 p값으로부터 일괄로 FDR 조정 p값을 산출할 수 있는 것, 매우 참고가 되었습니다.
스크립트도 제시해 주셔서 감사합니다.
게다가 JMP19에서 「응답의 스크리닝」으로 서브그룹화를 지정하면, 데이터 세트 전체의 FDR 보정이 가능하다는 점도 새로운 발견이었습니다.
FDR과 FWER의 사고방식의 차이에 대한 지적도 매우 공부가 되었습니다.
귀중한 설명에 정말 감사합니다.
