Uno degli aspetti più interessanti dell'utilizzo di Tabellare e Generatore di grafici è la possibilità di aggiornare dinamicamente un'analisi in tempo reale in base alla popolazione di osservazioni incluse nel filtro dati . È stimolante osservare come cambiano i riepiloghi al variare della popolazione di riferimento; ciò permette di comprendere come determinate caratteristiche influenzino i risultati!
Tuttavia, un insieme di endpoint è escluso dai vantaggi dell'aggiornamento dinamico in Generatore di grafici : gli endpoint tempo-evento. Mentre è possibile produrre un'analisi dalla piattaforma Sopravvivenza , salvare le stime in una tabella dati e produrre un grafico di Kaplan-Meier in Generatore di grafici , non è possibile che questo grafico risponda al filtraggio delle osservazioni nella tabella dati originale senza prima aggiornare la tabella dati sottostante delle stime ottenute da Sopravvivenza . Questo crea un ciclo. Ai fini di questo blog, supponiamo di parlare di pazienti:
- Analizza i pazienti utilizzando Sopravvivenza e genera le stime.
- Produce Kaplan-Meier plot from estimates using Generatore di grafici.
- Filtra i pazienti nella tabella originale utilizzando Filtro dati .
- Aggiorna l'analisi in Sopravvivenza e genera nuove stime.
- Rebuild plot from updates estimates using Generatore di grafici.
L'aggiornamento continuo del grafico di Kaplan-Meier dovrebbe essere semplice e immediato. È importante anche aggiungere una tabella del numero di soggetti a rischio che si aggiorni automaticamente in base alle stime sottostanti. Si noti che la tabella del numero di soggetti a rischio è un requisito per i grafici di Kaplan-Meier richiesti da molte riviste mediche (cercare "survival plot" sulla pagina) e dalla Food and Drug Administration statunitense .
Accedi al componente aggiuntivo Esploratore di sopravvivenza .
Il componente aggiuntivo Esploratore di sopravvivenza esegue un'analisi del tempo all'evento utilizzando la piattaforma JMP Sopravvivenza , producendo un grafico di Kaplan-Meier con una tabella del numero di soggetti a rischio tramite Generatore di grafici . Sono disponibili opzioni per modificare e annotare il grafico con test statistici e intervalli di confidenza. Ancora più importante, il componente aggiuntivo consente agli utenti di aggiungere covariate al Filtro dati associato, fornendo informazioni su come l'analisi cambia dinamicamente selezionando le osservazioni di interesse.
La finestra di dialogo di Survival Explorer è presentata nella Figura 1.
Figure 1. Dialog for Survival ExplorerFigura 1. Finestra di dialogo per Survival Explorer
Descrizione dei ruoli:
- Y, Tempo all'evento: una colonna numerica che indica il tempo trascorso fino al verificarsi di un evento o alla censura per ciascuna osservazione.
- Raggruppamento: una colonna di caratteri facoltativa che verrà utilizzata per generare una curva tempo-evento separata per ogni livello della colonna Raggruppamento.
- Censore: una colonna numerica che indica se si verifica un evento o un risultato di censura per ciascuna osservazione.
Le opzioni includono:
- Codice di censura: il valore della colonna Censore che indica se un'osservazione è censurata. Altri valori indicano che l'osservazione ha subito un evento.
- Intervallo del numero a rischio: la tabella del numero a rischio viene generata con i valori stampati in base a questo intervallo. Ad esempio, se l'intervallo è 25, i valori nella tabella del numero a rischio verranno visualizzati ogni 25 giorni (supponendo che la colonna del tempo sia misurata in tale unità). Se l'intervallo si estende oltre il tempo massimo per tutti i livelli di raggruppamento, l'ultima voce verrà visualizzata al tempo massimo.
- Colora la tabella dei rischi per gruppo : se selezionata e se viene fornita una colonna di raggruppamento, questa opzione colorerà le righe della tabella dei rischi in modo che corrispondano al colore delle linee del grafico di Kaplan-Meier. Se non selezionata o se non viene fornita alcuna colonna di raggruppamento, i valori della tabella dei rischi saranno neri. Questa opzione richiede che sia definita una proprietà di colonna per i colori dei valori per la colonna di raggruppamento.
- Dimensione relativa del numero di soggetti a rischio: questo valore modifica la dimensione del numero di soggetti a rischio rispetto al grafico di Kaplan-Meier. Per un numero elevato di livelli di raggruppamento, questo valore dovrebbe essere aumentato per fornire spazio sufficiente al numero di livelli nella parte inferiore della figura.
- Offset del numero a rischio: questo valore modifica la posizione dei dati presentati nel numero a rischio per renderli più gradevoli alla vista.
Illustriamo l'utilizzo di questo componente aggiuntivo utilizzando il set di dati "Sopravvivenza dei pazienti sottoposti a trapianto di fegato" di Collett (2023). Questo set di dati comprende 1.761 pazienti con informazioni sul tempo intercorso fino al fallimento del trapianto in giorni, la causa del fallimento, l'età, il sesso e la patologia primaria (ALD: epatopatia alcolica, PSC: colangite sclerosante primitiva, PBC: colangite biliare primitiva).
La finestra di dialogo riportata in Figura 1 rappresenta la nostra analisi. La colonna "Errore" indica se i pazienti sono da considerarsi non idonei, quindi il Codice di censura è impostato su 0. Il tempo massimo è di 4.720 giorni (quasi 13 anni!), quindi l'intervallo del numero a rischio è impostato su 365. Per le altre opzioni vengono utilizzati i valori predefiniti.
La Figura 2 presenta i risultati dell'analisi della piattaforma Sopravvivenza dopo l'aggiunta di genere ed età al Filtro dati . L'opzione Aggiungi intervalli simultanei è attivata.
Figure 2. Analysis of liver transplant dataFigura 2. Analisi dei dati relativi al trapianto di fegato.
Nell'area Opzioni dell'output vengono riepilogati fino a quattro pulsanti. I nomi dei pulsanti cambiano in base alla selezione.
- Guasto/Sopravvivenza: questa opzione commuta il grafico da una configurazione di sopravvivenza a una configurazione di guasto. Nella configurazione di sopravvivenza, l'asse Y parte da 1 e la probabilità diminuisce nel tempo. L'asse Y può essere interpretato come la proporzione di osservazioni che sono sopravvissute (ovvero, non hanno subito un guasto). Nella configurazione di guasto, l'asse Y parte da 0 e la probabilità aumenta nel tempo. L'asse Y può essere interpretato come la proporzione di osservazioni che hanno subito un guasto (ovvero, non sono sopravvissute).
- Aggiungi intervalli/Rimuovi intervalli: questa opzione aggiunge o rimuove gli intervalli di confidenza puntuali al 95% attorno a ciascuna curva.
- Aggiungi intervalli simultanei/Rimuovi intervalli simultanei: questa opzione aggiunge o rimuove gli intervalli di confidenza simultanei al 95% attorno a ciascuna curva.
- Aggiungi test/Rimuovi test: questa opzione aggiunge o rimuove i valori p per i test log-rank e Wilcoxon per le differenze tra i livelli di raggruppamento per le curve di sopravvivenza. Si noti che questo pulsante viene visualizzato solo se è selezionata una colonna di raggruppamento.
Nell'area Generatore di grafici dell'output, vengono generate tre linee che riassumono il tempo fino al fallimento del trapianto. I simboli a barra verticale indicano i momenti in cui almeno un paziente è stato censurato. La tabella del numero a rischio indica che lo studio è iniziato con 933, 469 e 359 pazienti rispettivamente per ALD, PBC e PSC. I valori sono presentati ogni 365 giorni, sebbene l'ultimo set di valori sia presentato a 4.720 giorni poiché 4.745 (13 × 365) si estende oltre questo numero massimo di giorni. A causa delle opzioni della finestra di dialogo, la tabella del numero a rischio viene stampata con colori che corrispondono ai colori delle linee e degli intervalli di confidenza per la colonna Raggruppamento della malattia primaria.
Facendo clic su Aggiungi test vengono aggiunti i valori p del test log-rank e del test di Wilcoxon, rispettivamente 0,0004 e 0,0014.
Sottoimpostando il filtro dati su Genere = 2, i risultati dei Generatori di grafici vengono aggiornati istantaneamente a quelli presentati nella Figura 3.
Figure 3. Analysis of liver transplant data for gender = 2Figura 3. Analisi dei dati sui trapianti di fegato per genere = 2
In questo caso, la tabella del numero di pazienti a rischio indica che ci sono rispettivamente 200, 400 e 94 pazienti per ALD, PBC e PSC. Con questa variazione della dimensione del campione, il tempo fino al fallimento del trapianto non è considerato significativo (log-rank: 0,7094, Wilcoxon: 0,8926).
La velocità con cui Generatore di grafici si aggiorna è particolarmente notevole quando si effettua il subsetting utilizzando una variabile continua come l'età. Guarda il video qui sotto.
Riferimenti
Collett D. (2023). Modellazione dei dati di sopravvivenza nella ricerca medica, quarta edizione . Boca Raton, Florida: CRC Press.
