幫助理解標記統計中的雙等位基因標記要求警告:我對遺傳學的理解最多只有高中水平,可能對一些專家都能理解的東西感到困惑。
我剛和幾位生物學教授通完電話,他們想知道如何做哈迪-溫伯格平衡檢驗。 (「很簡單!」我剛開始心想。)然後他們在電話裡具體問我,他們從標記統計軟體中收到的這個錯誤訊息:

他們的數據來自具有多等位基因標記(基因型為 AA、BB、CC、AB、AC 或 BC,用數字 0 到 5 編碼)的二倍體花,並且根據文檔,標記統計只能處理雙等位基因標記(基因型為 AA、BB 或 AB)。
有幾個問題:
- 我是否正確地理解了 Marker Statistics 無法處理他們的情況,而這是該錯誤訊息的來源?
- 如果對問題 1 的答案是“是”,那麼對於詢問“為什麼標記統計不能處理多等位基因標記?”的用戶,是否有建議的答案?
特意向@Chris_Kirchberg提了這個問題,不過其他人或許也能提出一些建議。謝謝。
回覆:幫助理解標記統計中的雙等位基因標記要求你好@Ross_Methusalem ,
它只能處理二倍體的雙等位基因標記。 0 表示純合子主要等位基因,1 表示雜合,2 表示純合次要等位基因。主要和次要是指出現頻率。我可以聯絡 Luciano Silva,了解為什麼我們將其限制為二倍體的 Balletic 標記。
回覆:幫助理解標記統計中的雙等位基因標記要求標記統計僅允許雙等位基因標記。為什麼?因為平台中用於 HWE、LD 和其他測量的公式實作都是針對雙等位基因的。
一種解決方法是從多等位基因標記中製作雙等位基因標記。怎麼做呢?對於每個標記,一次取出一個等位基因並為其建立新的雙等位基因標記。例如,假設你有一個基因型為 AA、AB、AC、BC、CC 和 DD 的標記。從等位基因 A 開始,檢查每個樣本,如果它有兩個 A 拷貝(AA),則稱為 2;如果它有一個等位基因 A 拷貝(AB 和 AC),則稱為 1;否則(CC 和 DD),稱為 0。對等位基因 B、C 和 D 執行相同操作。請注意,對於每個標記,你將擁有與等位基因數量一樣多的雙等位基因標記(在本例中,你將有四個等位基因,這將導致四個雙等位基因標記)。對所有標記進行採樣。最後,你將獲得所有雙等位基因標記,它們可用於標記統計。
回覆:幫助理解標記統計中的雙等位基因標記要求謝謝,盧西亞諾和克里斯!
Luciano,你描述的解決方法很有意義。我會把它分享給用戶。