Ayuda para comprender el requisito de marcadores bialélicos en las estadísticas de marcadoresAdvertencia: en el mejor de los casos, tengo un conocimiento de genética de nivel secundario y es posible que esté confundido acerca de algo que es sencillo para un experto.
Acabo de terminar una llamada con un par de profesores de biología que querían saber cómo hacer pruebas de equilibrio de Hardy-Weinberg. ("¡Sencillo!", pensé al entrar). Luego, en la llamada, me preguntan específicamente sobre este mensaje de error que les aparece en Marker Statistics:
Sus datos provienen de una flor diploide con un marcador multialélico (genotipos de AA, BB, CC, AB, AC o BC, que codificaron numéricamente del 0 al 5) y, según la documentación , Marker Statistics solo puede manejar marcadores bialélicos (genotipos de AA, BB o AB).
Entonces un par de preguntas:
- ¿Estoy en lo cierto al entender que Marker Statistics no puede manejar su situación y que esta es la fuente de ese mensaje de error?
- Si la respuesta a la pregunta 1 es "sí", ¿hay alguna respuesta recomendada para un usuario que pregunta "¿Por qué las estadísticas de marcadores no pueden manejar marcadores multialélicos?"
Estoy molestando específicamente a @Chris_Kirchberg con esto, pero quizás otros también puedan opinar. Gracias.
Re: Ayuda para comprender el requisito de marcadores bialélicos en las estadísticas de marcadoresHola @Ross_Methusalem ,
Solo admite marcadores bialélicos para un diploide. 0 alelo mayor homocigoto, 1 heterocigoto, 2 alelos menores homocigotos. Mayor y menor son designaciones de frecuencia de ocurrencia. Puedo contactar a Luciano Silva para ver por qué lo hemos limitado a marcadores bialélicos para diploides.
Re: Ayuda para comprender el requisito de marcadores bialélicos en las estadísticas de marcadoresLas estadísticas de marcadores solo permiten marcadores bialélicos. ¿Por qué? La implementación de las fórmulas utilizadas para HWE, LD y otras medidas en la plataforma son específicas para marcadores bialélicos.
Una solución alternativa es hacer marcadores bialélicos a partir de los multialélicos. ¿Cómo? Para cada marcador, tome cada alelo uno a la vez y cree un nuevo marcador bialélico para él. Por ejemplo, digamos que tiene un marcador con genotipos AA, AB, AC, BC, CC y DD. Comience con el alelo A, revise cada muestra y llámela 2 si tiene dos copias de A (AA), llámela 1 si tiene una copia del alelo A (AB y AC) llámela 1, de lo contrario (CC y DD) llámela 0. Haga lo mismo para los alelos B, C y D. Tenga en cuenta que para cada marcador tendrá tantos marcadores bialélicos como el número de alelos (en este ejemplo tendrá cuatro alelos, lo que dará lugar a cuatro marcadores bialélicos). Haga la muestra para todos los marcadores. Al final, tendrá todos los marcadores bialélicos que pueden usarse en las estadísticas de marcadores.
Re: Ayuda para comprender el requisito de marcadores bialélicos en las estadísticas de marcadores¡Gracias, Luciano y Chris!
Luciano, la solución que describiste tiene sentido. Se la pasaré a los usuarios.
