帮助理解标记统计中的双等位基因标记要求警告:我对遗传学的理解最多只有高中水平,可能对一些专家都能理解的东西感到困惑。
我刚和几位生物学教授通完电话,他们想知道如何做哈迪-温伯格平衡检验。(“很简单!”我刚开始心想。)然后他们在电话里具体问我,他们从标记统计软件中收到的这个错误信息:

他们的数据来自具有多等位基因标记(基因型为 AA、BB、CC、AB、AC 或 BC,用数字 0 到 5 编码)的二倍体花,并且根据文档,标记统计只能处理双等位基因标记(基因型为 AA、BB 或 AB)。
有几个问题:
- 我是否正确地理解了 Marker Statistics 无法处理他们的情况,并且这是该错误消息的来源?
- 如果对问题 1 的回答是“是”,那么对于询问“为什么标记统计不能处理多等位基因标记?”的用户,是否有推荐的答复?
特意向@Chris_Kirchberg提了这个问题,不过其他人或许也能提出一些建议。谢谢。
回复:帮助理解标记统计中的双等位基因标记要求你好@Ross_Methusalem ,
它只能处理二倍体的双等位基因标记。0 表示纯合主要等位基因,1 表示杂合,2 表示纯合次要等位基因。主要和次要是指出现频率。我可以联系 Luciano Silva,了解为什么我们将其限制为二倍体的 Balletic 标记。
回复:帮助理解标记统计中的双等位基因标记要求标记统计仅允许双等位基因标记。为什么?因为平台中用于 HWE、LD 和其他测量的公式实现都是针对双等位基因的。
一种解决方法是从多等位基因标记中制作双等位基因标记。怎么做呢?对于每个标记,一次取出一个等位基因并为其创建一个新的双等位基因标记。例如,假设你有一个基因型为 AA、AB、AC、BC、CC 和 DD 的标记。从等位基因 A 开始,检查每个样本,如果它有两个 A 拷贝(AA),则将其称为 2;如果它有一个等位基因 A 拷贝(AB 和 AC),则将其称为 1;否则(CC 和 DD),将其称为 0。对等位基因 B、C 和 D 执行相同操作。注意,对于每个标记,你将拥有与等位基因数量一样多的双等位基因标记(在本例中,你将有四个等位基因,这将导致四个双等位基因标记)。对所有标记进行采样。最后,你将获得所有双等位基因标记,它们可用于标记统计。
回复:帮助理解标记统计中的双等位基因标记要求谢谢,卢西亚诺和克里斯!
Luciano,你描述的解决方法很有意义。我会把它分享给用户。