マーカー統計におけるバイアレルマーカーの要件を理解する注意: 私は遺伝学についてせいぜい高校生レベルの知識しか持っておらず、専門家にとっては簡単なことでも混乱しているだけかもしれません。
生物学の教授数名と電話で話したばかりです。ハーディ・ワインベルグ平衡検定のやり方を知りたいというのです。（「簡単！」と思わずにいられませんでした。）すると、その電話の中で、彼らはマーカー統計から表示されるこのエラーメッセージについて具体的に尋ねてきました。
彼らのデータは、多対立遺伝子マーカー (遺伝子型 AA、BB、CC、AB、AC、または BC、数値 0 から 5 までコード化) を持つ二倍体花からのものであり、 ドキュメントによれば、マーカー統計は二対立遺伝子マーカー (遺伝子型 AA、BB、または AB) のみを処理できます。
そこでいくつか質問があります。
- マーカー統計では状況に対処できず、これがエラー メッセージの原因である、という理解で正しいでしょうか。
- 1 の答えが「はい」の場合、「マーカー統計ではなぜマルチアレルマーカーを処理できないのですか?」と尋ねるユーザーに対して推奨される応答はありますか?
特に@Chris_Kirchbergさんにこの件で困らせていますが、もしかしたら他の人もコメントしてくれるかもしれません。ありがとうございます。
Re: マーカー統計におけるバイアレルマーカーの要件を理解するためのヘルプこんにちは、 @Ross_Methusalemさん、
二倍体の二アレルマーカーのみを扱うことができます。ホモ接合メジャーアレル0個、ヘテロ接合1個、ホモ接合マイナーアレル2個です。メジャーとマイナーは出現頻度を表す名称です。二倍体のバレエマーカーに限定している理由については、Luciano Silvaに問い合わせて確認することができます。
Re: マーカー統計におけるバイアレルマーカーの要件を理解するためのヘルプマーカー統計では、バイアレルマーカーのみを使用できます。なぜでしょうか？プラットフォーム内でHWE、LD、その他の指標に使用される計算式はすべてバイアレルマーカーに特化して実装されているためです。
回避策としては、マルチアレルマーカーからバイアレルマーカーを作ることです。どうやって作るのでしょう? 各マーカーについて、各アレルを 1 つずつ取り、新しいバイアレルマーカーを作成します。たとえば、遺伝子型が AA、AB、AC、BC、CC、DD のマーカーがあるとします。アレル A から始めて、各サンプルを調べ、A のコピーが 2 つある場合 (AA) は 2、アレル A のコピーが 1 つある場合 (AB と AC) は 1、そうでない場合 (CC と DD) は 0 とします。アレル B、C、D についても同じ操作を行います。各マーカーについて、アレルの数と同じ数のバイアレルマーカーができることに注意してください (この例では、アレルが 4 つあるので、4 つのバイアレルマーカーになります)。すべてのマーカーについてこのサンプルを実行します。最終的には、マーカー統計で使用できるすべてのバイアレルマーカーができます。
Re: マーカー統計におけるバイアレルマーカーの要件を理解するためのヘルプありがとう、ルチアーノとクリス！
ルチアーノさん、ご説明いただいた回避策は理にかなっていますね。ユーザーに伝えておきます。
