Aiuto nella comprensione dei requisiti dei marcatori biallelici nelle statistiche dei marcatoriAvvertenza: ho al massimo una conoscenza della genetica pari a quella delle scuole superiori e potrei semplicemente essere confuso su qualcosa che per un esperto sarebbe semplice.
Ho appena terminato una chiamata con un paio di professori di biologia che volevano sapere come eseguire i test di equilibrio di Hardy-Weinberg. ("Semplice!", ho pensato entrando.) Poi durante la chiamata mi hanno chiesto specificamente di questo messaggio di errore che stanno ricevendo da Marker Statistics:
I loro dati provengono da un fiore diploide con un marcatore multiallelico (genotipi di AA, BB, CC, AB, AC o BC, che hanno codificato numericamente da 0 a 5) e, secondo la documentazione , Marker Statistics può gestire solo marcatori biallelici (genotipi di AA, BB o AB).
Quindi un paio di domande:
- Ho capito bene che Marker Statistics non riesce a gestire la situazione e che questa è la fonte del messaggio di errore?
- Se la risposta alla domanda 1 è "sì", esiste una risposta consigliata a un utente che chiede "Perché Marker Statistics non riesce a gestire i marcatori multiallelici?"
Ho specificamente chiesto a @Chris_Kirchberg di spiegartelo, ma forse anche altri potrebbero intervenire. Grazie.
Re: Aiuto per comprendere il requisito del marcatore biallelico nelle statistiche dei marcatoriCiao @Ross_Methusalem ,
Può gestire solo marcatori biallelici per un diploide. 0 allele maggiore omozigote, 1 eterozigote, 2 alleli minori omozigoti. Maggiore e minore sono designazioni per la frequenza di occorrenza. Posso contattare Luciano Silva per capire perché lo abbiamo limitato ai marcatori biallelici per i diploidi.
Re: Aiuto per comprendere il requisito del marcatore biallelico nelle statistiche dei marcatoriLe statistiche dei marcatori consentono solo marcatori biallelici. Perché? L'implementazione delle formule utilizzate per HWE, LD e altre misure nella piattaforma è tutta specifica per i marcatori biallelici.
Una soluzione alternativa è quella di creare marcatori biallelici da quelli multiallelici. Come? Per ogni marcatore, prendi ogni allele uno alla volta e crea un nuovo marcatore biallelico per esso. Ad esempio, supponiamo di avere un marcatore con genotipi AA, AB, AC, BC, CC e DD. Inizia con l'allele A, analizza ogni campione e chiamalo 2 se ha due copie di A (AA), chiamalo 1 se ha una copia dell'allele A (AB e AC) chiamalo 1, altrimenti (CC e DD) chiamalo 0. Fai lo stesso per gli alleli B, C e D. Nota che per ogni marcatore avrai tanti marcatori biallelici quanti sono gli alleli (in questo esempio avrai quattro alleli, il che porterà a quattro marcatori biallelici). Esegui il campionamento per tutti i marcatori. Alla fine, avrai tutti i marcatori biallelici che possono essere utilizzati nelle statistiche dei marcatori.
Re: Aiuto per comprendere il requisito del marcatore biallelico nelle statistiche dei marcatoriGrazie, Luciano e Chris!
Luciano, la soluzione alternativa che hai descritto è sensata. La condividerò con gli utenti.
