Hilfe beim Verständnis der Anforderungen an biallelische Marker in der MarkerstatistikVorbehalt: Ich verfüge bestenfalls über Kenntnisse der Genetik auf Highschool-Niveau und bin möglicherweise nur über Dinge verwirrt, die für einen Experten selbstverständlich sind.
Ich habe gerade mit ein paar Biologieprofessoren telefoniert, die wissen wollten, wie man Hardy-Weinberg-Gleichgewichtstests durchführt. („Einfach!“, dachte ich im Vorfeld.) Dann fragten sie mich im Telefonat speziell nach dieser Fehlermeldung, die sie von Marker Statistics erhalten:
Ihre Daten stammen von einer diploiden Blüte mit einem multiallelischen Marker (Genotypen von AA, BB, CC, AB, AC oder BC, die sie numerisch von 0 bis 5 codiert haben), und laut Dokumentation kann Marker Statistics nur biallelische Marker (Genotypen von AA, BB oder AB) verarbeiten.
Also ein paar Fragen:
- Habe ich das richtig verstanden, dass Marker Statistics mit ihrer Situation nicht klarkommt und dass dies die Ursache dieser Fehlermeldung ist?
- Wenn die Antwort auf 1 „Ja“ lautet, gibt es eine empfohlene Antwort für einen Benutzer, der fragt: „Warum kann Marker Statistics keine multiallelischen Marker verarbeiten?“
Ich nervte damit insbesondere @Chris_Kirchberg , aber vielleicht melden sich auch andere zu Wort. Danke.
Betreff: Hilfe zum Verständnis der Anforderungen an biallelische Marker in der MarkerstatistikHallo @Ross_Methusalem ,
Es kann nur biallelische Marker für einen Diploiden verarbeiten. 0 homozygotes Hauptallel, 1 heterozygotes, 2 homozygotes Nebenallel. Haupt- und Nebenallel bezeichnen die Häufigkeit des Auftretens. Ich kann Luciano Silva anpingen, um zu erfahren, warum wir es auf biallelische Marker für Diploide beschränkt haben.
Betreff: Hilfe beim Verständnis der Anforderungen an biallelische Marker in der MarkerstatistikMarker Statistics erlaubt nur biallelische Marker. Warum? Die Implementierung der Formeln für HWE, LD und andere Messungen in der Plattform ist biallelspezifisch.
Eine Problemumgehung besteht darin, aus multiallelischen Markern biallelische zu machen. Wie? Nehmen Sie für jeden Marker jedes Allel einzeln und erstellen Sie dafür einen neuen biallelischen Marker. Nehmen wir beispielsweise an, Sie haben einen Marker mit den Genotypen AA, AB, AC, BC, CC und DD. Beginnen Sie mit Allel A, gehen Sie jede Probe durch und nennen Sie sie 2, wenn sie zwei Kopien von A (AA) hat, nennen Sie sie 1, wenn sie eine Kopie von Allel A (AB und AC) hat, nennen Sie sie 1, andernfalls (CC und DD) nennen Sie sie 0. Machen Sie dasselbe für die Allele B, C und D. Beachten Sie, dass Sie für jeden Marker so viele biallelische Marker haben werden wie Allele (in diesem Beispiel haben Sie vier Allele, was zu vier biallelischen Markern führt). Gehen Sie die Probe für alle Marker durch. Am Ende haben Sie alle biallelischen Marker, die Sie dann in der Markerstatistik verwenden können.
Betreff: Hilfe zum Verständnis der Anforderungen an biallelische Marker in der MarkerstatistikDanke, Luciano und Chris!
Luciano, dein beschriebener Workaround ist sinnvoll. Ich werde ihn an die Benutzer weitergeben.
