Aide à la compréhension des exigences relatives aux marqueurs bialléliques dans les statistiques des marqueursMise en garde : j'ai au mieux une compréhension de la génétique de niveau lycée et je peux simplement être confus à propos de quelque chose qui est simple pour un expert.
Je viens de terminer un appel avec deux professeurs de biologie qui voulaient savoir comment réaliser des tests d'équilibre de Hardy-Weinberg. (« C'est simple ! », me suis-je dit en entrant.) Puis, au cours de l'appel, ils m'ont interrogé spécifiquement sur ce message d'erreur qu'ils reçoivent des statistiques des marqueurs :
Leurs données proviennent d'une fleur diploïde avec un marqueur multiallélique (génotypes de AA, BB, CC, AB, AC ou BC, qu'ils ont codés numériquement de 0 à 5), et selon la documentation , Marker Statistics ne peut gérer que les marqueurs bialléliques (génotypes de AA, BB ou AB).
Alors quelques questions :
- Ai-je raison de comprendre que les statistiques des marqueurs ne peuvent pas gérer leur situation et que c'est la source de ce message d'erreur ?
- Si la réponse à la question 1 est « oui », existe-t-il une réponse recommandée à un utilisateur qui demande « Pourquoi les statistiques de marqueurs ne peuvent-elles pas gérer les marqueurs multialléliques ? »
J'embête particulièrement @Chris_Kirchberg avec ça, mais d'autres pourraient peut-être intervenir. Merci.
Objet : Aide à la compréhension des exigences relatives aux marqueurs bialléliques dans les statistiques des marqueursSalut @Ross_Methusalem ,
Il ne peut gérer que les marqueurs bialléliques pour un diploïde : 0 allèle majeur homozygote, 1 allèle hétérozygote, 2 allèles mineurs homozygotes. Majeur et mineur désignent la fréquence d'occurrence. Je peux contacter Luciano Silva pour savoir pourquoi nous avons limité le système aux marqueurs bialléliques pour les diploïdes.
Objet : Aide à la compréhension des exigences relatives aux marqueurs bialléliques dans les statistiques des marqueursLes statistiques sur les marqueurs n'autorisent que les marqueurs bialléliques. Pourquoi ? L'implémentation des formules utilisées pour HWE, LD et d'autres mesures de la plateforme est spécifique aux marqueurs bialléliques.
Une solution consiste à créer des marqueurs bialléliques à partir des marqueurs multialléliques. Comment ? Pour chaque marqueur, prenez chaque allèle un par un et créez-en un nouveau. Par exemple, supposons que vous ayez un marqueur de génotypes AA, AB, AC, BC, CC et DD. Commencez par l'allèle A, analysez chaque échantillon et nommez-le 2 s'il contient deux copies de A (AA), 1 s'il contient une copie de l'allèle A (AB et AC), 0 s'il contient 1. Procédez de même pour les allèles B, C et D. Notez que pour chaque marqueur, vous aurez autant de marqueurs bialléliques que d'allèles (dans cet exemple, vous aurez quatre allèles, ce qui donnera quatre marqueurs bialléliques). Reprenez l'échantillon pour tous les marqueurs. Au final, vous disposerez de tous les marqueurs bialléliques, utilisables dans les statistiques des marqueurs.
Objet : Aide à la compréhension des exigences relatives aux marqueurs bialléliques dans les statistiques des marqueursMerci, Luciano et Chris !
Luciano, la solution que tu as décrite est pertinente. Je la transmettrai aux utilisateurs.
