¿Cómo agregar un efecto aleatorio en el modelo de regresión lineal múltiple de Plackett-Burman DOE?Hola comunidad,
He realizado un ensayo de efecto de campo de Plackett-Burman para 9 factores continuos que miden 3 respuestas diferentes (viabilidad, proliferación y expresión génica). Para una de las respuestas (expresión génica), la mido tres veces por cada tratamiento, por lo que no son réplicas independientes. Me gustaría añadir un efecto aleatorio al modelo que JMP ajusta para esta respuesta. ¿Cómo puedo hacerlo en la práctica? ¿O no es posible en la plataforma JMP?
Muchas gracias
Sara
Análisis y modelado de datos básicosExploración y visualización de datosDiseño de experimentosRe: ¿Cómo agregar un efecto aleatorio en el modelo de regresión lineal múltiple de Plackett-Burman DOE?No revisé el conjunto de datos, pero si Well es un bloque, no se debe tomar la media de Wells para el análisis. Existen opciones de planificación. Si se conocen los factores que se confunden con un bloque y se pueden asignar a él, se puede tratar el bloque como un efecto fijo y estimar las interacciones tanto del bloque como del bloque por factor, lo cual es una medida de robustez. Si no se han identificado los factores de ruido asociados al bloque y, por lo tanto, no se le han asignado factores, el efecto del bloque debe tratarse como un efecto aleatorio (JMP lo hará por defecto).
Re: ¿Cómo agregar un efecto aleatorio en el modelo de regresión lineal múltiple de Plackett-Burman DOE?Como indicaste, los puntos de datos repetidos no son independientes de los tratamientos, por lo que no son factores de distribución (FD). Básicamente, tienes una unidad experimental medida tres veces. Esos tres puntos de datos deben resumirse para analizar los tratamientos experimentales. Al introducir cada uno como una Y independiente, se obtienen dos modelos. Por cierto, también puedes comprobar si esas Y se correlacionan (Métodos multivariantes > Multivariante). Los factores pueden no tener efecto, afectar la media pero no la variación, afectar la variación pero no la media, o afectar tanto a la media como a la variación. Si tienes un problema de variación, encontrar los factores que afectan a la variación es más importante que encontrar los que afectan a la media.
Re: ¿Cómo agregar un efecto aleatorio en el modelo de regresión lineal múltiple de Plackett-Burman DOE?Hola @SaraA : Para mayor claridad, y como dijo @statman , podrías optar por analizar las medias de Pozo en lugar de incluir Pozo como un bloque. Si lo haces, obtendrás resultados casi idénticos a si incluyes Pozo como un efecto aleatorio (bloque). Además, los resultados serían idénticos si hubiera 3 observaciones por Pozo (los Pozos 8 y 16 tenían dos cada uno, mientras que los demás tenían tres). Sin embargo, incluir Pozo como un bloque es más informativo, así que es lo que suelo recomendar en este tipo de situaciones.
Re: ¿Cómo agregar un efecto aleatorio en el modelo de regresión lineal múltiple de Plackett-Burman DOE?Hola @SaraA : El modelo JMP es el mismo independientemente de cómo se considere: bloque o efecto aleatorio. Sin embargo, al considerarlo como un bloque, se reconoce que la variabilidad entre Wells es algo que debe tenerse en cuenta/controlarse al medir el impacto de los demás factores, y no un "efecto" como los demás. Esto es lo mismo que se hace en una prueba t pareada. En una prueba t pareada, se puede considerar al sujeto como un bloque (un "efecto aleatorio" en el modelo), de modo que se elimina la variabilidad entre bloques antes de realizar las comparaciones adecuadas dentro del sujeto.
https://www.lexjansen.com/pharmasug/2004/Posters/PO05.pdf
https://www.stat.purdue.edu/~kuczek/stat514/Split%20plot%20example.pdf
Re: ¿Cómo agregar un efecto aleatorio en el modelo de regresión lineal múltiple de Plackett-Burman DOE?@MRB3855
Agregué un efecto aleatorio usando el atributo "Ajustar modelo" en la plataforma. No entiendo por qué se trata de un bloque en lugar de un efecto aleatorio en este contexto. ¿Podrías explicarlo con más detalle?
Atentamente,
Sara
Re: ¿Cómo agregar un efecto aleatorio en el modelo de regresión lineal múltiple de Plackett-Burman DOE?Hola @SaraA : Creo que tu idea de que la expresión génica incluya Well como efecto aleatorio tiene sentido; se trata, en efecto, de un diseño de parcela dividida mediante factores difíciles de modificar. Así que, supongo que mi pregunta es: ¿por qué no incluirías Well como efecto aleatorio?
Editar: Bueno, en este contexto, es un bloque.
Re: ¿Cómo agregar un efecto aleatorio en el modelo de regresión lineal múltiple de Plackett-Burman DOE?Hola @statman
Gracias por estas sugerencias. Tengo una pregunta adicional: una vez calculada la media y la desviación estándar (o logaritmo de la desviación estándar), ¿cómo se utilizan estos datos juntos (como una unidad) en la plataforma Fit Model? Si los introduzco como "Y" en Fit Model, JMP genera dos modelos de regresión para la media y la desviación estándar por separado.
Gracias,
Sara
Re: ¿Cómo agregar un efecto aleatorio en el modelo de regresión lineal múltiple de Plackett-Burman DOE?También acabo de darme cuenta de que estoy usando JMP Pro:)
Re: ¿Cómo agregar un efecto aleatorio en el modelo de regresión lineal múltiple de Plackett-Burman DOE?Hola @Victor_G
Para dos de mis respuestas (viabilidad celular y proliferación celular), he replicado las ejecuciones. En cada una, mido la respuesta reiniciando la prueba entre cada ejecución. Esto funciona correctamente.
Sin embargo, el problema que tengo es para la tercera respuesta (expresión génica) donde tengo repetición, es decir, 1 ejecución donde medí la respuesta 3 veces. Por lo tanto, cuando ingreso los datos en mi tabla DOE, no creo que sea correcto considerar estas mediciones como réplicas porque no son independientes entre sí. Por eso estaba pensando en tratar la repetición como un efecto aleatorio en mi modelo. Por lo tanto, agregué una columna adicional (llamada 'well') a mi tabla DOE (consulte el archivo adjunto) para tratarlo como un efecto aleatorio y analizar los datos utilizando un modelo mixto. Sin embargo, no sé si JMP puede hacer esto (o si necesito ir a JMP Pro o SAS). Descubrí que puedo ir a Ajustar modelo > Atributos y seleccionar Efecto aleatorio.
No tengo una gran variación en mi sistema de medición porque este se mide mediante PCR cuantitativa que es bastante precisa pero tampoco quiero perder la información que pudiera obtener de estas repeticiones.
Entiendo también, por @Mark_Bailey , que calcular una media con el logaritmo de la desviación estándar es otra opción además del modelo mixto. Pero ¿cómo introduzco esto en mi tabla DOE?
Gracias por tus sugerencias.
Atentamente,
Sara
Re: ¿Cómo agregar un efecto aleatorio en el modelo de regresión lineal múltiple de Plackett-Burman DOE?Para complementar los comentarios anteriores, si se trata de una repetición, se podría calcular una media y un logaritmo de la desviación estándar para el modelado. La media serviría para el propósito original, y el logaritmo de la desviación estándar ayudaría a determinar si algún factor afecta la variación de esta respuesta.
Re: ¿Cómo agregar un efecto aleatorio en el modelo de regresión lineal múltiple de Plackett-Burman DOE?Me gustaría añadir algo a la respuesta de Víctor. Para la variable de respuesta en cuestión (medidas repetidas), hay un par de cosas que se pueden hacer, pero depende de cómo se obtuvieron los tres puntos de datos. ¿Se trataba de múltiples medidas de la misma muestra (p. ej., sistema de medición)? ¿Se trataba de tres muestras dentro del tratamiento (p. ej., dentro del lote)? Aquí hay algunas opciones:
1. Grafique los 3 puntos de datos para cada tratamiento (gráfico de variabilidad del Constructor de Gráficos). ¿Hay puntos de datos inusuales? ¿Existen patrones?
2. Evalúe la consistencia de esos puntos de datos con un gráfico de control de rango. ¿Hay valores atípicos?
3. Tras analizar los datos, quizás los estadísticos de resumen adecuados sean la media y la desviación estándar. Ambas respuestas (o alguna transformación de estas) pueden modelarse. La media reduciría la variación de las tres medidas repetidas (quizás reduciendo el error de medición) y la desviación estándar cuantificaría la variación de los tres puntos de datos.
En cualquier caso, no habría razón para añadir un término aleatorio para dar cuenta de las tres medidas.
Re: ¿Cómo agregar un efecto aleatorio en el modelo de regresión lineal múltiple de Plackett-Burman DOE?Hola @SaraA ,
La repetición y la replicación son dos técnicas diferentes que pueden combinarse para reducir los costos y la variación.La repetición consiste en realizar múltiples mediciones de respuesta en la misma ejecución experimental (misma muestra sin ningún reinicio entre mediciones), mientras que la replicación consiste en realizar múltiples ejecuciones experimentales aleatorias independientes (múltiples muestras con reinicio entre cada ejecución) para cada combinación de tratamiento.
- Las repeticiones solo reducen la variación del sistema de medición (por ejemplo, utilizando el promedio de las mediciones repetidas).
- Las réplicas reducen la variación experimental total (proceso + mediciones) para proporcionar una estimación del error puro y reducir el error de predicción (con estimaciones de parámetros más precisas).
No estoy completamente seguro de cómo/por qué tratarías la repetición como un efecto aleatorio.
¿Cuál es su problema o razón para utilizar varias mediciones repetidas para esta respuesta?
Puede haber varias formas de abordar tus repeticiones:
- Si tiene una alta variación en el sistema de medición, puede intentar utilizar el promedio de las tres ejecuciones para reducir la variabilidad de la medición.
- También puede utilizar un modelo mixto para mediciones repetidas: Ejemplo de medidas repetidas
- También puede usar la repetición (número) como un efecto aleatorio en su modelo. Esto le brindará información sobre la varianza relacionada con la respuesta y su significancia, y le ayudará a identificar efectos fijos con mayor facilidad.
Si desea obtener más orientación, sería útil tener más contexto y posiblemente un conjunto de datos de juguete para probar.
Espero que esta respuesta te ayude.
