1対多の相関関係をテストして構築するJMPコミュニティの皆様、こんにちは。
Aanalyzeの「多変量」機能を使う代わりに、1対多の相関関係を検定する方法をご存知の方はいらっしゃいますか？20,000個の遺伝子パネルから、対象とする遺伝子と強い相関関係にある遺伝子を、対応するr値とp値とともに、素早くスクリーニングして上位リストを作成したいと思っています。そして、対象とする遺伝子との相関行列を構築したいです。どうぞよろしくお願いいたします。
基本的なデータ分析とモデリングデータの探索と可視化Re: 1対多の相関関係のテストと構築こんにちは@qunw 、
レスポンススクリーニングプラットフォームが役に立つと思います。
あなたの場合、このプラットフォームを使用すると、適切な堅牢なテストを使用して誤検出率を制御しながら、すべての X を関心のある応答 Y でテストできます (多数のテストが実施されるため)。
このプラットフォームでは、 ボルケーノ プロット( Logworth by Difference および Logworth by Slope ) も利用でき、応答に最も影響を与える遺伝子を特定するためにゲノミクスでよく使用されます。
この回答がお役に立てれば幸いです。
Re: 1対多の相関関係のテストと構築Victorさん、ご指導ありがとうございます！はい、レスポンススクリーニングは、関心のあるレスポンスYに影響を与える統計的に有意なXを特定するのに役立ちます。上記のクエリは、関心のあるターゲット（Xグループ内のマーカーでもある）と最も相関の高いXを特定することを目的としています。多変量解析ではn*nの相関行列を作成できることは知っていますが、Xグループ内の1つのn*n相関と、それに対応するr値およびp値を確認したいのです。何かアドバイスはありますか？どうぞよろしくお願いいたします！
Re: 1対多の相関関係のテストと構築わかりました。あなたの回答を完全に理解したわけではありませんが、おそらくクラスター変数プラットフォームが役立つかもしれません。
相関結果のカラーマップが表示され、 クラスター概要により変数をクラスターにグループ化して、クラスター コンポーネント変数 (クラスターごとの主成分) を提供できるようになります。
ただし、このプラットフォームでは p 値は表示されませんが、この情報は多変量プラットフォームで確認できます。
この回答でもまだ質問の答えにならない場合は、おもちゃのデータセット、スクリーンショット、期待される結果などを使って、目的を明確にしていただけますか?
これがお役に立てば幸いです。
Re: 1対多の相関関係のテストと構築こんにちは、ビクターさん。
ご質問へのご回答ありがとうございます。1対多の相関関係の出力例を以下に示します。JMPでこれを行う方法をご存知ですか？
本当にありがとう！
Re: 1対多の相関関係のテストと構築はい、これは通常、 起動ダイアログで 1 つの応答とすべての要因を追加したときに、応答スクリーニング プラットフォームで取得する出力のタイプです。いくつかの追加オプション (さまざまなプロット) があり、FDR p 値を計算するための Benjamini-Hochberg 手法により多重比較の偽発見率リスクに対する保護が強化され、堅牢な追加の計算オプションも備わっています。
もしこれがご希望に沿わないのであれば、何が欠けているのか、あるいはお客様のニーズを満たしていないのか、私には理解できません。Fit Y by Xプラットフォームでは二変量解析も可能ですが、お客様のケースでは、検定する変数の数に関して、プラットフォームが煩雑になり、比較の数に応じて統計検定が適切に行われないため、プラットフォームが適さない可能性があります。
プラットフォームから抽出した情報を使用してプロットをカスタマイズする場合は、レポート内のデータテーブルをいつでも抽出できることに注意してください (任意のテーブル レポートを右クリックし、[データテーブルとして保存] を選択して JMP データテーブルを取得します)。たとえば、応答スクリーニング レポートから情報を抽出して、p 値との相関関係を視覚化するための独自の散布図マトリックスをプロットします。
この回答があなたのニーズを満たしていない場合は申し訳ありませんが、他に選択肢はありません。
Re: 1対多の相関関係のテストと構築Victorさん、この質問へのたくさんのご提案、本当にありがとうございます！JMPサポートにも問い合わせたところ、JMP 18にはOne-to-Many用の機能が搭載されていないとのことでしたが、ウィッシュリストに追加しておきます。今のところはSpotfireで対応しています。もし同じようなニーズをお持ちでしたら、新機能が追加されるまでは、この機能はJMPの補完ツールとして使えると思います。
