Testare e costruire correlazioni UNO a MoltiCiao comunità JMP,
Qualcuno di voi sa come testare le correlazioni uno-a-molti invece di usare la funzione "multivariata" di Aanalyze? Vorrei selezionare rapidamente e generare un elenco dei geni da un pannello di 20.000 geni che presentano forti correlazioni con il target di interesse, insieme ai corrispondenti valori di r e p. Quindi, costruire la matrice di correlazione con il target di interesse. Grazie mille!
Analisi e modellazione dei dati di baseEsplorazione e visualizzazione dei datiRe: Testare e costruire correlazioni UNO a MoltiCiao @qunw ,
Penso che la piattaforma Screening della risposta potrebbe esserti utile.
Nel tuo caso, questa piattaforma ti consente di testare tutti i tuoi X con la risposta di interesse Y, utilizzando un test robusto appropriato per controllare il tasso di falsi allarmi (dovuto all'elevato numero di test condotti).
Su questa piattaforma sono disponibili anche i grafici a vulcano ( Logworth per differenza e Logworth per pendenza ), comunemente utilizzati in genomica per identificare i geni più impattanti su una risposta.
Spero che questa risposta ti sia d'aiuto,
Re: Testare e costruire correlazioni UNO a MoltiGrazie, Victor, per le tue istruzioni! Sì, lo screening delle risposte è utile per identificare X statisticamente significativo che influenza la risposta di interesse Y. La mia query di cui sopra mira a identificare l'X più correlato con un target di interesse, che è anche un marcatore all'interno del gruppo X. So che la multivariata consente di costruire una matrice di correlazione n*n, ma vorrei vedere una correlazione *n nel gruppo X, con i corrispondenti valori r e p. Hai suggerimenti in merito? Grazie mille!
Re: Testare e costruire correlazioni UNO a MoltiOk, non sono sicuro di aver capito bene la tua risposta, ma forse la piattaforma Variabili del cluster potrebbe esserti utile?
Avrai la mappa dei colori sui risultati delle correlazioni e il riepilogo dei cluster ti consentirà di raggruppare le tue variabili in cluster, fornendo le variabili dei componenti del cluster (componente principale per cluster).
Tuttavia, su questa piattaforma non vengono visualizzati valori p; queste informazioni possono essere trovate sulla piattaforma multivariata.
Se questa risposta non risponde ancora alla tua domanda, potresti specificare il tuo obiettivo, con un set di dati di esempio, screenshot, risultati attesi, ...?
Spero che questo possa aiutarti,
Re: Testare e costruire correlazioni UNO a MoltiCiao Victor,
Apprezzo il tuo aiuto con la query. Ecco un esempio di output di correlazione uno-a-molti: sai come farlo con JMP?
Grazie molto!
Re: Testare e costruire correlazioni UNO a MoltiOk, questo è in genere il tipo di produzione che otterrai con la piattaforma Response Screening quando aggiungi una risposta e tutti i fattori nella finestra di dialogo Avvia , con alcune opzioni aggiuntive (grafici diversi) e con una maggiore protezione contro il rischio di falsi allarmi nei confronti multipli grazie alla tecnica Benjamini-Hochberg per il calcolo del valore p FDR e ulteriori opzioni di calcolo robuste.
Se questo non è ciò che desideri, non capisco cosa manchi o cosa non sia completo per le tue esigenze. La piattaforma Adatta Y per X consente anche di eseguire analisi bivariate, ma nel tuo caso, per quanto riguarda il numero di variabili da testare, la piattaforma potrebbe non essere adatta, poiché risulterebbe macchinosa e i test statistici non sarebbero adattati al numero di confronti effettuati.
Tieni presente che puoi sempre estrarre le tabelle dati nei report (fai clic con il pulsante destro del mouse su qualsiasi report di tabella e scegli "Salva come tabella dati" per ottenere la tabella dati JMP), se vuoi personalizzare i grafici con le informazioni estratte da una piattaforma; ad esempio, estraendo informazioni dal report di screening delle risposte per tracciare la tua matrice di dispersione per visualizzare le correlazioni con i valori p.
Mi dispiace se questa risposta non risponde alle tue esigenze, non ho più opzioni,
Re: Testare e costruire correlazioni UNO a MoltiGrazie mille, Victor, per tutti i tuoi suggerimenti su questa query! Ho anche contattato l'assistenza JMP e ho scoperto che non hanno una funzionalità specifica in JMP 18 per l'elaborazione One-to-Many, ma la aggiungerò alla lista dei desideri. Per ora, l'ho fatto fare da Spotfire; se hai esigenze simili, questa funzione è complementare a JMP finché non verrà aggiunta la nuova funzionalità.
