Testen und Erstellen von EINS-zu-Viele-KorrelationenHallo JMP-Community,
Weiß jemand von euch, wie man Eins-zu-viele-Korrelationen testet, anstatt die „multivariate“ Funktion von Aanalyze zu verwenden? Ich möchte schnell eine Top-Liste von Genen aus einem 20.000-Gen-Panel erstellen, die starke Korrelationen mit dem Zielmolekül aufweisen, zusammen mit den entsprechenden r- und p-Werten. Anschließend bilde ich die Korrelationsmatrix mit dem Zielmolekül. Vielen Dank!
Grundlegende Datenanalyse und -modellierungDatenexploration und -visualisierungBetreff: Testen und Erstellen von EINS-zu-Viele-KorrelationenHallo @qunw ,
Ich denke, die Plattform Antwort-Screening könnte für Sie hilfreich sein.
In Ihrem Fall ermöglicht Ihnen diese Plattform, alle Ihre X mit Ihrer interessierenden Antwort Y zu testen, indem Sie geeignete robuste Tests verwenden, um die Falscherkennungsrate zu kontrollieren (aufgrund der großen Anzahl durchgeführter Tests).
Auf dieser Plattform sind auch Vulkandiagramme ( Logworth by Difference und Logworth by Slope ) verfügbar, die in der Genomik häufig verwendet werden, um die Gene zu identifizieren, die den größten Einfluss auf eine Reaktion haben.
Hoffe, diese Antwort wird Ihnen helfen,
Betreff: Testen und Erstellen von EINS-zu-Viele-KorrelationenDanke, Victor, für deine Anleitung! Ja, Response Screening ist nützlich, um statistisch signifikante X-Werte zu identifizieren, die die relevante Antwort Y beeinflussen. Meine obige Abfrage zielt darauf ab, die am stärksten korrelierte X-Antwort mit einem relevanten Ziel zu identifizieren, die gleichzeitig ein Marker innerhalb der X-Gruppe ist. Ich weiß, dass multivariate Methoden den Aufbau einer n*n-Korrelationsmatrix ermöglichen, aber ich würde gerne eine *n-Korrelation in der X-Gruppe mit den entsprechenden r- und p-Werten sehen. Irgendwelche Vorschläge dazu? Vielen Dank!
Betreff: Testen und Erstellen von EINS-zu-Viele-KorrelationenOk, ich bin nicht sicher, ob ich Ihre Antwort ganz verstehe, aber vielleicht könnte die Cluster-Variablen -Plattform hilfreich sein?
Sie erhalten die Farbkarte für die Korrelationsergebnisse und die Clusterzusammenfassung ermöglicht Ihnen die Gruppierung Ihrer Variablen in Cluster, wobei Clusterkomponentenvariablen (Hauptkomponente nach Cluster) bereitgestellt werden.
Auf dieser Plattform werden jedoch keine p-Werte angezeigt. Diese Informationen finden Sie auf der multivariaten Plattform.
Wenn diese Antwort Ihre Frage immer noch nicht beantwortet, könnten Sie Ihr Ziel mit einem Spielzeugdatensatz, Screenshots, erwarteten Ergebnissen usw. präzisieren?
Hoffe, das kann Ihnen helfen,
Betreff: Testen und Erstellen von EINS-zu-Viele-KorrelationenHallo Victor,
Vielen Dank für Ihre Hilfe bei der Abfrage. Hier ist ein Beispiel für die Ausgabe einer Eins-zu-viele-Korrelation: Wissen Sie, wie das mit JMP geht?
Vielen Dank!
Betreff: Testen und Erstellen von EINS-zu-Viele-KorrelationenOk, dies ist typischerweise die Art von Ausgabe , die Sie mit der Plattform „Response Screening“ erhalten, wenn Sie eine Antwort und alle Faktoren im Startdialogfeld hinzufügen, mit einigen zusätzlichen Optionen (verschiedene Diagramme) und mit mehr Schutz vor dem Risiko einer falschen Entdeckungsrate bei Mehrfachvergleichen dank der Benjamini-Hochberg-Technik zur Berechnung des FDR-p-Werts und zusätzlichen robusten Berechnungsoptionen.
Wenn das nicht Ihren Wünschen entspricht, verstehe ich nicht, was fehlt oder was für Ihre Anforderungen nicht vollständig ist. Die Plattform „Fit Y by X“ ermöglicht zwar auch bivariate Analysen, ist aber in Ihrem Fall hinsichtlich der Anzahl der zu testenden Variablen möglicherweise nicht geeignet, da sie umständlich wäre und statistische Tests hinsichtlich der Anzahl der durchgeführten Vergleiche nicht angepasst wären.
Beachten Sie, dass Sie Datentabellen immer in Berichten extrahieren können (klicken Sie mit der rechten Maustaste in einen beliebigen Tabellenbericht und wählen Sie „Als Datentabelle speichern“, um die JMP-Datentabelle zu erhalten), wenn Sie Diagramme mit den aus einer Plattform extrahierten Informationen anpassen möchten; beispielsweise das Extrahieren von Informationen aus dem Antwort-Screening-Bericht, um Ihre eigene Streudiagrammmatrix zum Visualisieren von Korrelationen mit p-Werten zu zeichnen.
Entschuldigen Sie, wenn diese Antwort nicht Ihren Anforderungen entspricht. Mir sind die Optionen ausgegangen.
Betreff: Testen und Erstellen von EINS-zu-Viele-KorrelationenVielen Dank, Victor, für all deine Vorschläge zu dieser Frage! Ich habe mich auch an den JMP-Support gewandt und erfahren, dass es in JMP 18 keine konkrete Funktion für One-to-Many gibt, ich werde sie aber auf die Wunschliste setzen. Im Moment habe ich Spotfire damit arbeiten lassen. Falls du ähnliche Anforderungen hast, ist das für diese Funktion eine Ergänzung zu JMP, bis die neue Funktion hinzugefügt wird.
