Tester et construire des corrélations de type « UNE à plusieurs »Bonjour la communauté JMP,
Savez-vous comment tester les corrélations un-à-plusieurs au lieu d'utiliser la fonction « multivariée » d'Aanalyze ? J'aimerais analyser et générer rapidement, à partir d'un panel de 20 000 gènes, une liste des gènes les plus corrélés avec la cible d'intérêt, ainsi que les valeurs r et p correspondantes. Ensuite, je construirais la matrice de corrélation avec la cible d'intérêt. Merci beaucoup !
Analyse et modélisation des données de baseExploration et visualisation des donnéesRe : Tester et créer des corrélations de type « UNE à plusieurs »Salut @qunw ,
Je pense que la plateforme Sélection des réponses pourrait vous être utile.
Dans votre cas, cette plateforme vous permet de tester tous vos X avec votre réponse d'intérêt Y, avec l'utilisation de tests robustes appropriés pour contrôler le taux de fausses découvertes (en raison du grand nombre de tests effectués).
Les graphiques volcaniques ( Logworth par différence et Logworth par pente ) sont également disponibles sur cette plateforme et sont couramment utilisés en génomique pour identifier les gènes les plus impactants sur une réponse.
J'espère que cette réponse vous aidera,
Re : Tester et créer des corrélations de type « UNE à plusieurs »Merci Victor pour vos conseils ! Oui, le filtrage des réponses est utile pour identifier le X statistiquement significatif qui affecte la réponse d'intérêt Y. Ma requête ci-dessus vise à identifier le X le plus corrélé à une cible d'intérêt, qui est également un marqueur au sein du groupe X. Je sais que l'analyse multivariée permet de construire une matrice de corrélation n*n, mais j'aimerais voir une corrélation n*n dans le groupe X, avec les valeurs r et p correspondantes. Auriez-vous des suggestions ? Merci beaucoup !
Re : Tester et créer des corrélations de type « UNE à plusieurs »Ok, je ne suis pas sûr de bien comprendre votre réponse, mais peut-être que la plateforme Variables de cluster pourrait être utile ?
Vous aurez la carte des couleurs sur les résultats des corrélations et le résumé des clusters vous permettra de regrouper vos variables en clusters, en fournissant des variables de composants de cluster (composante principale par cluster).
Cependant, aucune valeur p n'est affichée sur cette plateforme, ces informations peuvent être trouvées sur la plateforme multivariée.
Si cette réponse ne répond toujours pas à votre question, pourriez-vous préciser votre objectif, avec un jeu de données jouet, des captures d'écran, les résultats attendus, ... ?
J'espère que cela pourra vous aider,
Re : Tester et créer des corrélations de type « UNE à plusieurs »Salut Victor,
J'apprécie votre aide concernant la requête. Voici un exemple de sortie de corrélation un-à-plusieurs : savez-vous comment le faire avec JMP ?
Merci beaucoup!
Re : Tester et créer des corrélations de type « UNE à plusieurs »Ok, c'est généralement le type de sortie que vous obtiendrez avec la plateforme Response Screening lors de l'ajout d'une réponse et de tous les facteurs dans la boîte de dialogue Lancer , avec quelques options supplémentaires (différents tracés) et avec une meilleure protection contre le risque de taux de fausse découverte de comparaison multiple grâce à la technique Benjamini-Hochberg pour le calcul de la valeur p du FDR et des options de calcul robustes supplémentaires.
Si ce n'est pas ce que vous souhaitez, je ne comprends pas ce qui manque ou ce qui n'est pas complet pour vos besoins. La plateforme Ajuster Y par X permet également de réaliser des analyses bivariées, mais dans votre cas, compte tenu du nombre de variables à tester, la plateforme n'est peut-être pas adaptée, car elle serait lourde et les tests statistiques ne seraient pas adaptés au nombre de comparaisons effectuées.
Notez que vous pouvez toujours extraire des tables de données dans des rapports (clic droit dans n'importe quel rapport de table et choisissez « Enregistrer en tant que table de données » pour obtenir la table de données JMP), si vous souhaitez personnaliser les tracés avec les informations extraites d'une plateforme ; par exemple, extraire des informations du rapport de sélection des réponses pour tracer votre propre matrice de nuage de points afin de visualiser les corrélations avec les valeurs p.
Désolé si cette réponse ne répond pas à vos besoins, je n'ai plus d'options,
Re : Tester et créer des corrélations de type « UNE à plusieurs »Merci beaucoup, Victor, pour toutes vos suggestions concernant cette requête ! J'ai également contacté le support JMP et appris qu'il n'y avait pas de fonctionnalité exacte dans JMP 18 pour le One-to-Many, mais je l'ajouterai à ma liste de souhaits. Pour l'instant, je l'ai fait faire par Spotfire ; si vous avez des besoins similaires, c'est complémentaire à JMP pour cette fonction en attendant l'ajout de la nouvelle fonctionnalité.
