細胞培養(或「實驗室培育」)肉類透過在生物反應器中培養動物細胞,為傳統動物農業提供了一種可持續的、無需屠宰的替代方案。這一新興領域借鑒了傳統的生物製藥製造,但需要較低的投入成本(尤其是細胞培養基)才能實現商品規模定價。在 UPSIDE Foods,我們開發了高通量實驗工作流程,用於快速測試和優化細胞培養基配方。然而,海量資料集(每次運行超過 2000 次測量)帶來了新的瓶頸,手動資料處理會減慢迭代周期並延遲流程決策。
為了解決這個問題,我們建立了開放資料庫連接 (ODBC),以便即時存取關鍵儀器資料(例如 ViCell XR/Blu、Nova Flex 2)。然後,我們使用 JMP 腳本語言 (JSL) 開發了一些工具,將資料匯入 JMP,並自動化我們的資料分析工作流程。本簡報示範了此腳本的功能,例如內建資料視覺化功能(Graph Builder)、自動趨勢分析功能(Bivariate Fit)以及針對操作員的工具(Tabulate),用於指導流程介入(例如補料、設定點調整)。我們的方法還解鎖了更高級的計算,這些計算需要在具有條件關係的數據點之間進行數值積分。作為案例研究,我使用細胞特異性葡萄糖消耗量 qGluc (pg/(cell*day)) 來強調我們方法中的三個關鍵方面,這些方面促進了這項眾所周知的繁瑣計算的自動化:
- 制定標準化樣本命名約定。
- 使用 JOIN 和 SORT 等操作自動組織和清理資料。
- 使用關鍵函數(例如 IF、LAG、IS MISSING)建立公式列。
將即時數據流與 JMP 中的自動分析相結合,顯著加快了 UPSIDE Foods 的生物製程開發速度並減少了決策延遲。