JMPとRで行った混合モデルの固定効果計算を比較し、同様の結果を得ようとしています。JMPはタイプIII分散分析（Waldカイ二乗検定）を使用していると聞いています。しかし、RでタイプIII分散分析（Waldカイ二乗検定）を実行すると、p値が異なり、有意な結果も異なる場合があります。さらに、カイ二乗値がF値に置き換わっているようです。JMPでどのような種類の検定が実行されているのか、RのタイプIII分散分析と異なる結果になるのかご存知の方はいらっしゃいますか？以下は、乱数データセットを用いた固定効果検定の結果です。以前使用したデータセットでは、より有意な差がありました。ご助言いただければ幸いです。
通常、JMPヘルプの「線形モデルの当てはめ > 混合モデル-> 線形モデルの当てはめ > 混合モデル > 混合モデルのレポートとオプション > 固定効果パラメータ推定値」から、少なくともokishなドキュメントを見つけることができます。
