Lors du développement de nouveaux produits médicaux, il est important de comprendre la relation temporelle entre les résultats obtenus pour chaque patient. Au fil des ans, JMP Clinique a proposé des outils permettant de comprendre le calendrier d'administration des médicaments, les événements indésirables (EI) et les anomalies biologiques grâce à des rapports tels que les profils de patients et les récits d'événements indésirables . Ces fonctionnalités permettent aux utilisateurs d'accéder à une mine d'informations issues des essais cliniques, notamment :
- Quels médicaments peuvent avoir causé des problèmes de sécurité notables.
- Quels traitements ont pu être utilisés en réponse à l’apparition d’effets indésirables.
- Quels événements ou médicaments peuvent avoir précédé le décès d’un patient.
Ces rapports fournissent un meilleur aperçu de la cause et de l’effet de l’expérience des patients.
Cependant, il peut s'avérer difficile de sous-échantillonner un ensemble spécifique de résultats cliniquement pertinents et d'explorer une fenêtre temporelle définie par l'utilisateur autour de ces résultats pour tous les patients. De plus, résumer la fréquence des résultats survenus dans ces fenêtres est un processus manuel.
Plus maintenant!
Le prochain rapport « Occurrences à proximité » de JMP Clinical 19 permettra aux utilisateurs de définir des occurrences de référence intéressantes et de trouver celles qui apparaissent à proximité dans des fenêtres temporelles proches des dates de début ou de fin, ainsi que celles qui peuvent se chevaucher. Qu'est-ce qu'une occurrence ? Selon la documentation CDISC sur les données d'occurrence :
L'analyse d'occurrence consiste à compter les sujets correspondant à un enregistrement ou un terme donné et comprend souvent une hiérarchie structurée de catégories de codage du dictionnaire. Parmi les données qui s'inscrivent dans cette structure figurent celles utilisées pour l'analyse classique des événements indésirables, des traitements concomitants et des antécédents médicaux.
Les événements à proximité prennent actuellement en compte des événements tels que les événements indésirables (EI), les médicaments concomitants (MC) et les décès.
Comment cela peut-il être utilisé concrètement ? Par exemple, le rapport Occurrences à proximité permet aux utilisateurs de :
- Identifiez les médicaments qui ont été commencés le ou dans les jours qui ont suivi la date de début d’un effet indésirable spécifique.
- Identifier les effets indésirables ou les médicaments qui ont commencé dans la semaine précédant le décès d’un patient.
- Identifiez tous les effets indésirables qui commencent quelques jours après l’arrêt de certains médicaments.
- Identifiez les effets indésirables qui commencent ou se poursuivent pendant l’utilisation de certaines classes de médicaments.
La boîte de dialogue « Occurrences à proximité » est illustrée à la figure 1. Les utilisateurs peuvent se référer aux EI ou aux médicaments selon leurs noms codés individuels, tels que spécifiés par MedDRA ou WHODrug Global, ou aux termes selon leur texte rapporté ou une classification de niveau supérieur (par exemple, terme de niveau supérieur ou catégorie d'origine pour un médicament). Ces désignations deviennent les « termes d'intérêt » pour « Occurrences à proximité » . Les utilisateurs peuvent choisir d'explorer tous les EI ou médicaments, ou de sous-ensembles de termes survenant à des périodes spécifiques de l'étude (par exemple, avant traitement, sous traitement, suivi hors traitement, survenus sous traitement).
Figure 1. Nearby Occurrences dialog
Figure 1. Boîte de dialogue Occurrences à proximité
L’exécution du rapport pour l’exemple Nicardipine fournit la sortie suivante dans la Figure 2.
Figure 2. Nicardipine example
Figure 2. Exemple de nicardipine
À ce stade, le résultat suppose que toutes les occurrences sont considérées comme des occurrences de référence (ce qui n'est pas particulièrement utile). Cependant, supposons que nous nous intéressions aux événements indésirables graves (EIG) de la classe de systèmes d'organes (SOC) des maladies cardiaques. La sélection de ces termes dans le filtre de données fournit un résumé des termes sélectionnés par niveau d'occurrence et par patient (Figure 3). Dans cet exemple, toutes nos occurrences de référence sont des EI. Le graphique de comptage à gauche, au niveau d'occurrence de la Figure 3, nous permet de déterminer les éléments suivants :
- Il existe 31 événements de référence qui sont des EIG issus de la classification des troubles cardiaques. Parmi ces 31 événements, 55 % et 45 % surviennent respectivement chez des patients des groupes NIC .15 et placebo.
- L'événement le plus fréquent est l'arrêt cardiaque avec 12 occurrences, avec 58 % et 42 % dans le NIC .15 et le placebo, respectivement.
- Les effets indésirables graves (EIG) les moins fréquents liés aux troubles cardiaques sont le bloc auriculo-ventriculaire du premier degré, les extrasystoles ventriculaires et la tachycardie ventriculaire, avec une occurrence chacun, qui ont tous été observés chez les patients du groupe placebo.
Figure 3. Reference occurrences: Cardiac Disorders SAEs
Figure 3. Occurrences de référence : EIG liés aux troubles cardiaques
À partir du graphique de comptage de droite au niveau du patient dans la figure 3, nous pouvons déterminer ce qui suit :
- Vingt-quatre patients ont présenté des effets indésirables graves liés à des troubles cardiaques. Parmi ces 24 patients, 58 % et 42 % étaient respectivement dans les groupes NIC 0,15 et placebo.
- Les fréquences des patients pour chaque type d'occurrence (n = 12, 3, 3, 3, 3, 2, 2, 1, 1, 1) ne varient pas par rapport au graphique du nombre d'occurrences, ce qui indique que chaque type d'occurrence survient chez un patient différent. Si les fréquences avaient été plus élevées pour un type d'occurrence dans le graphique du nombre d'occurrences, cela aurait indiqué que les patients auraient connu plus d'une occurrence d'un même événement.
- La somme des fréquences des occurrences individuelles (n = 31) est supérieure au nombre de patients (n = 24), ce qui indique que certains patients ont présenté plusieurs EIG de troubles cardiaques.
Les tableaux récapitulatifs fournis indiquent la fréquence et le pourcentage par colonne de chaque occurrence de référence. Par exemple, ces tableaux permettent de conclure que :
- 41,2 % (7/17) et 35,7 % (5/14) des effets indésirables graves liés aux troubles cardiaques observés dans les groupes NIC .15 et placebo, respectivement, étaient des arrêts cardiaques.
- 50,0 % des patients ayant présenté des effets indésirables graves liés à des troubles cardiaques dans les groupes NIC .15 (7/14) et Placebo (5/10) ont subi un arrêt cardiaque.
Les 31 occurrences de référence sont disponibles pour consultation en ouvrant une boîte de dialogue de présentation des données.
Avec la sélection de ces occurrences de référence, la zone de description de la requête du panneau Options de données permet à l'utilisateur d'exécuter une requête pour identifier les événements (EI ou décès) ou les médicaments qui répondent aux critères de la requête (Figure 4).
Figure 4. Query dialog
Figure 4. Boîte de dialogue de requête
Deux types de requêtes sont possibles :
- Requête spécifique : Cette requête recherche les occurrences proches en comparant la date de début ou de fin des occurrences de référence à la date de début ou de fin des occurrences proches. Si les occurrences proches surviennent dans le nombre de jours sélectionné (après, avant ou après les dates sélectionnées), elles seront résumées dans la zone « Occurrences proches » du résultat. Notez qu'une fenêtre de zéro jour identifiera les occurrences qui surviennent à la même date. Par exemple, si la date de début est utilisée pour les occurrences de référence et proches, « Occurrences proches » identifiera les termes qui commencent le même jour que les occurrences de référence.
- Tout chevauchement : cette requête recherche les occurrences proches en évaluant s'il existe un chevauchement dans le temps en fonction des dates de début et de fin de la référence et des occurrences proches.
En pratique, il est peu probable que des dates manquantes soient observées pour les décès et les événements indésirables. Cependant, les médicaments pour les maladies chroniques peuvent avoir des dates de début ou de fin de traitement inconnues (ce qui indique que le traitement a été commencé à un moment donné dans le passé) ou inconnues (ce qui implique que le médicament est toujours utilisé pour traiter la maladie). Bien que JMP Clinique s'efforce d'imputer les dates selon des règles prédéfinies, il peut arriver que des dates manquantes surviennent. Nearby Occurrences émet les hypothèses suivantes pour les dates manquantes :
- Pour des requêtes spécifiques, la proximité des enregistrements n'est possible que si les dates utilisées dans la requête sont toutes deux valides. Autrement dit, les dates de début manquantes sont supposées remonter à un passé si lointain qu'elles ne peuvent être interprétées comme étant « proches ». De même, les dates de fin manquantes sont supposées ne pas avoir eu lieu, ce qui implique que le traitement ou l'événement est toujours en cours.
- Pour les requêtes présentant un chevauchement, une date de début manquante est supposée se situer au début du temps, tandis qu'une date de fin manquante est supposée se situer à la fin du temps. Ces hypothèses permettent d'identifier les occurrences proches présentant un certain chevauchement temporel avec les occurrences de référence lorsqu'une ou les deux dates sont manquantes.
Dans les cas où les dates d'arrêt des médicaments ou des effets indésirables n'ont pas été collectées dans le cadre de l'eCRF, les dates d'arrêt sont supposées être égales aux dates de début. Autrement dit, les événements débutent et se terminent le même jour. Cette hypothèse est toujours retenue pour les décès.
Exécutons la requête suivante pour identifier les occurrences proches qui commencent dans les trois jours précédant le début des occurrences de référence (Figure 5).
Figure 5. Specific query
Figure 5. Requête spécifique
Cliquer sur « Exécuter la requête » génère des figures et des tableaux dans la zone « Occurrences à proximité » de la fenêtre de sortie. Vous pouvez fermer la zone de texte « Occurrences de référence » pour visualiser facilement ces résultats. Rappelons que l'essai sur la nicardipine comprend des visites quotidiennes pendant environ deux semaines pour une maladie très grave. Les résultats initiaux sont extrêmement chargés, mais lorsque nous sous-ensembleons les données sur la MC à l'aide du filtre de données, nous obtenons les résultats suivants (figure 6).
Sur la base des résultats, les conclusions suivantes sont vraies :
- Niveau d'occurrence
- On a recensé 192 cas de MC survenus dans les trois jours suivant le début d'au moins un EIG de troubles cardiaques. Parmi ces 192 cas, 54 % et 46 % sont survenus chez des patients des groupes NIC .15 et placebo, respectivement.
- L'occurrence la plus fréquente à proximité est la dexaméthasone avec 22 occurrences, 50 % dans les deux NIC .15 et placebo.
- Les suppléments de potassium ont 21 occurrences.
- Vingt et un sur 192 (10,9) % de toutes les occurrences de CM à proximité étaient des suppléments de potassium.
- Niveau du patient
- Vingt et un patients sur 24 présentent des occurrences de CM à proximité pour au moins un EIG de troubles cardiaques.
- Douze patients ont pris du phénobarbital. Étant donné le nombre de cas de phénobarbital recensés à 18, certains patients en ont pris plus d'une fois au cours de ces trois jours. Onze patients ont pris des suppléments de potassium. Étant donné le nombre de cas recensés à 21, certains patients en ont pris plus d'une fois au cours de ces trois jours.
- Douze patients sur 21 (57,1 %) recevaient du phénobarbital, dont deux tiers sous NIC .15.
Figure 6. Nearby Occurrences
Figure 6. Occurrences à proximité
Ici, la fenêtre Données peut s'avérer plus intéressante pour l'utilisateur, car elle permet de consulter les détails spécifiques des occurrences proches et des événements de référence auxquels elles appartiennent. Notez que les figures et tableaux de la figure 4 affichent des occurrences proches uniques . Cependant, la fenêtre Données affiche toutes les occurrences proches qui s'appliquent à chaque occurrence de référence, même si elles sont présentées plusieurs fois.
Le rapport inclut les occurrences de référence dans la sortie même lorsqu'aucune occurrence à proximité n'est présente ; elles sont répertoriées comme n'ayant « aucune occurrence à proximité ».
Les occurrences à proximité sont également disponibles pour les essais croisés ou les essais dont les traitements varient selon la période d'étude. Les résumés au niveau des patients sont basés sur le bras prévu ou réel. Les résumés au niveau des occurrences sont basés sur les valeurs de traitement au niveau des occurrences.
Cette fonctionnalité à venir permet d’identifier beaucoup plus facilement les patients intéressants en fonction des événements qu’ils vivent.
