908 Devices lanzó una herramienta complementaria JMP que facilita el análisis directo y la generación de tendencias de las concentraciones de aminoácidos y vitaminas generadas en línea por el analizador de medios REBEL. Durante el desarrollo y ajuste de los medios, se prueban diversos parámetros a lo largo del tiempo, lo que genera un gran número de muestras y datos. El analizador REBEL, en combinación con la función complementaria JMP, permite visualizar los conjuntos de datos inmediatamente en una vista personalizada. Alvotech presenta un caso práctico que demuestra cómo JMP permite una rápida comparación de los niveles de aminoácidos en diferentes ciclos de biorreactores con diferentes formulaciones de medios, lo que mejora la comprensión del proceso.
En una configuración experimental compleja, se probaron varias formulaciones de medios durante 13 días de ejecuciones de múltiples biorreactores analizando las concentraciones de aminoácidos y vitaminas en línea con REBEL en tres diluciones diferentes por duplicado para evaluar el rendimiento de los lotes.
Los resultados de este gran conjunto de datos de los 21 aminoácidos y seis niveles de vitaminas se visualizaron con JMP de una manera sencilla que aún proporcionaba varias configuraciones para comparar datos y determinar la precisión de la medición.
Hola, me llamo Ildiko. Represento a Alvotech Alemania en esta reunión junto con mi colega Thomas. Ambos formamos parte del equipo de Innovación de Procesos de Alvotech y trabajamos principalmente en proyectos de desarrollo de medios. Somos usuarios activos de JMP, y utilizamos principalmente DOE (DoE de Excelencia Digital), complejos. Sin embargo, en esta ocasión, me gustaría presentar una pequeña herramienta inteligente para la visualización de datos, dirigida a los usuarios de REBEL. REBEL es un analizador de medios para la inversión publicitaria, fabricado por la empresa 908 Devices. El año pasado, lanzaron un complemento para JMP que facilita el análisis directo y la generación de tendencias de las concentraciones de aminoácidos y vitaminas.
Junto con esta medición, se generan grandes conjuntos de datos que pueden visualizarse inmediatamente en una vista personalizada con este complemento de JMP. Nos gustaría presentar los flujos de trabajo para comparar, mostrar tendencias a lo largo del tiempo y diferentes resultados, formulaciones de medios y diferentes ciclos de biorreactores, para demostrar cómo esta herramienta de rampa inteligente puede mejorar la comprensión del proceso y cómo esto nos ayuda en nuestro trabajo diario.
Unas palabras sobre REBEL. ¿Qué es REBEL? Es un analizador de medios usados, un pequeño instrumento de espectrometría de masas basado en electroforesis capilar que funciona con kits. Tiene la capacidad de analizar 33 metabolitos diferentes en una muestra en aproximadamente 7 a 10 minutos, lo que lo hace muy rápido.
Como mencioné, utilizamos esta plataforma en el desarrollo de medios para diferentes propósitos. Comparamos proveedores en la formulación de un medio específico de gran volumen. Los comparamos y definimos qué proveedor ofrece el mejor rendimiento. Como mencioné, trabajamos en acuerdos complejos y necesitamos seguir las tendencias de los analitos en estas diferentes condiciones de medios. Debemos tomar decisiones rápidas a diario para definir la estrategia de alimentación, o simplemente necesitamos observar estas condiciones y la tendencia de los analitos a lo largo del tiempo. También utilizamos esta herramienta para comparar diferentes condiciones en biorreactores a escala de laboratorio. Si existe una gestión del ciclo de vida del producto y queremos implementar un nuevo medio, por ejemplo, lo comparamos con la otra configuración.
Al generar grandes conjuntos de datos, utilizamos esta herramienta complementaria de JMP para un procesamiento y visualización de datos extremadamente rápidos. Cabe destacar que solo funciona con JMP 16 o versiones posteriores. Si volvemos al diseño completo y a los métodos, como mencioné, me gustaría presentar tres pequeños flujos de trabajo comparativos en este póster a través de tres casos prácticos. Me gustaría mostrar algunos videos demostrativos breves sobre cómo se muestran estos flujos de trabajo desde la importación de datos hasta la vista personalizada del panel, que luego se puede procesar, guardar, enviar, exportar, etc., según nuestras necesidades. El análisis solo toma uno o dos minutos para grandes conjuntos de datos con los filtros de datos preparados. Esta es una herramienta muy útil para los usuarios de REBEL.
¿Cómo funciona? Primero, tras instalar el complemento, que es muy sencillo, solo hay que instalar el archivo del complemento. En Alvotech, contamos con una versión remota de JMP, ya que se trata de un entorno validado por GMP con muchas restricciones. Aquí, tras instalar el complemento, vemos los tres flujos de trabajo: el flujo de trabajo de comparación de ejemplo (que me gustaría mostrar en el estudio uno) y los flujos de trabajo de evolución temporal para tendencias de anomalías y tendencias de condición en el estudio dos. Y, por si acaso, aquí les presento brevemente el estudio tres.
Los archivos de resultados que genera el equipo son archivos CSV provenientes de un lote REBEL basado en la hoja de ejecución del lote. Esta es una plantilla de Excel, con las etiquetas de muestra bien definidas. Una vez generada la hoja de resultados, se puede importar directamente a JMP. Existe un archivo opcional, el archivo de etiquetas de muestra, muy útil porque permite correlacionar muestras con metadatos personalizados. Esto es importante en los flujos de trabajo de tendencias. Por ejemplo, nos gustaría correlacionar el nombre de un biorreactor con el nombre de una etiqueta de muestra para ver las condiciones de cada biorreactor. JMP reconoce esta etiqueta de muestra y estos componentes. Lo mostraré más adelante en los videos de demostración para que quede más claro.
Finalmente, al importar los resultados a JMP, se genera primero un panel de informes predeterminado, que se puede personalizar posteriormente con filtros de datos. Este es el flujo de trabajo en REBEL. Pasamos al primer flujo de trabajo de comparación. Me gustaría mostrar cómo se generó esta vista personalizada en un breve video. Primero, abrimos el flujo de trabajo de comparación de ejemplo. Seleccionamos la carpeta donde se encuentra este archivo, lo cual es un poco complicado, ya que trabajamos con un JMP remoto.
Buscamos la carpeta. Al seleccionarla, está vacía. Debemos seleccionar el archivo de etiqueta de muestra y abrirlo. Ajustamos el encabezado, que comienza en la fila número uno. Este es el archivo importado, a partir del cual JMP genera una tabla de datos. El proceso toma un tiempo. Directamente, accedemos a la vista del panel de comparación de muestras. Aquí podemos ver todos los analitos en diferentes biorreactores con diferentes medios. La tabla muestra los valores medios de los analitos, ya que estamos realizando duplicados o triplicados.
En el panel Filtro, a la izquierda, podemos seleccionar la etiqueta de muestra, ya que en este caso solo se desea mostrar los tipos de medios. Abrirla también lleva un tiempo. Esta es la composición del medio A. Los demás medios deben aparecer uno tras otro.
Otros flujos de trabajo son mucho más rápidos. Sin embargo, el flujo de trabajo de comparación de medios es realmente lento. Se trata de medios idénticos, preparados por diferentes proveedores. Se pueden apreciar las diferencias. Además, podemos observar el patrón de concentración de los analitos y determinar si las diluciones de las muestras fueron correctas. En el panel de control, también podemos seleccionar Intervalos de Confianza. Podemos seleccionar la desviación estándar de los valores para determinar si se encuentran dentro del rango definido que aún aceptaríamos.
Una vez que tengamos el panel personalizado final, podemos guardarlo. Después de guardarlo, debería aparecer al hacer clic en la tabla de datos. Sí. Está en el panel de control, en la esquina superior izquierda. El panel modificado, que está ahí, simplemente lo hacemos clic y vuelve a aparecer. Por supuesto, si necesitamos guardar la tabla de datos para que vuelva a aparecer la próxima vez.
También podemos exportar los datos en cualquier formato, por supuesto. Este fue el primer flujo de trabajo. Los demás flujos de trabajo, que utilizamos con mayor frecuencia en el desarrollo de medios, son el de tendencias de analitos y el de tendencias de condición. Si consultan el de tendencias de analitos, también tengo un video al respecto. Pero antes de hablar, me gustaría explicarles la acción fundamental que se debe tomar: definir el componente de evolución temporal, que funciona de tal manera que, en la tabla de resultados original (tabla de Excel), tenemos la primera entrada de la columna de etiqueta de muestra.
En este caso, se trata de la estación de cultivo uno, recipiente número dos, el día tres. JMP debe saber cuál es el componente de tiempo, el componente de primera hora, que es el número tres. Funciona con delimitadores para definir el componente de la secuencia temporal. El delimitador, como se muestra aquí, es el carácter que separa la cadena de texto. En este caso, es un doble espacio basado en esta convención de nomenclatura. El componente de la secuencia temporal que quiero mostrar como primera hora, que es el número tres. Este es el tercer componente de la etiqueta de muestra. Podemos actualizar la vista previa aquí, y parece que la hora tres será el componente de primera hora, y la etiqueta de muestra es esa. Que es lo mismo que definí en el archivo de etiqueta de muestra opcional, que corresponde a la posición del registro del lote, lo que me gustaría ver en el conjunto de datos de tendencias de analitos.
Una vez que tenemos esto, la importación de JMP muestra el panel. Es mejor mostrarlo también en el video, paso a paso, ya que tiene más sentido. Abrimos el segundo flujo de trabajo de tendencias de Analyte. Pasamos la información de una etiqueta de muestra, como mencioné antes, ya que creé un archivo opcional de etiqueta de muestra.
El archivo de etiqueta de muestra del curso temporal está ahí. JMP lo reconoce inmediatamente y lo importa. Así es como defino el componente del curso temporal con el doble espacio y el número 3, que indica que el tiempo comienza en 3, que corresponde al día 3. Ahora aparece la tabla de datos y también la vista del panel de tendencias de analitos, que muestra todos los analitos. Es importante destacar que esta tendencia de analitos muestra la media de todo en un curso temporal.
Aquí se definen todos los días con muestras. Podemos establecer el rango de error estándar y también usar filtros para mostrar solo una estación de cultivo; de lo contrario, la tendencia no será correcta. Esta tendencia de analitos muestra solo una condición. Aquí podemos ver los valores atípicos de todos los analitos. Podemos ver el comportamiento inusual de un analito. Podemos seleccionar analitos para que se muestren solo uno en una vista personalizada.
También podemos ver si no se midieron los valores. Podemos introducir los intervalos de confianza y las desviaciones estándar si es necesario. Podemos revisar los diferentes analitos uno por uno si lo deseamos. Además, podemos guardar el panel en la tabla de datos. Podemos guardar tantos paneles modificados como queramos exportarlos posteriormente.
Aquí hay algo inusual. De hecho, se identificó un error en este conjunto de datos. Lo muestro en la siguiente diapositiva con el flujo de trabajo de tendencias de condiciones, que se genera a partir del mismo conjunto de datos, al menos el primero. No muestro el video esta vez porque la importación de datos sería la misma que la anterior.
Como mencioné, este es un DOE para condiciones de medios. Se trata de una configuración de biorreactor pequeño AMBR15. Este es mi flujo de trabajo favorito: el de tendencias de condición, cuando seleccionamos un analito a lo largo del tiempo en todas las condiciones. Aquí, se muestra la posición del biorreactor con signos de interrogación, que no figuraba en el archivo de etiquetas de muestra. Se trata de un error del sistema. En este caso, al revisar la tabla de datos, los componentes del tiempo y el nombre de la etiqueta de muestra, no se separaron correctamente. Esto se identificó como un error.
Aquí podemos ver que faltan valores en días específicos, como aquí y aquí, los días 11 y 6. También podemos ver que faltan valores en la tabla de datos. Esto indica un error que se puede reportar a los dispositivos 908. La investigación aún está en curso. La razón por la que me parece tan útil este flujo de trabajo de tendencias de condición en el curso del tiempo es porque aquí podemos ver, por ejemplo, diferentes condiciones. ¿Qué tan desequilibrados están los diferentes recipientes y las diferentes condiciones? Se trata de un DOE con cualquier tipo de condiciones, y desconocemos el resultado. El medio no está equilibrado.
Los aminoácidos muestran tendencias muy diferentes. La alanina, por ejemplo, muestra un patrón completamente distinto en el crecimiento y la muerte celular después de un día específico. Muestra tendencias muy diferentes, lo cual es información muy valiosa e importante para nosotros al concluir el estudio. Además, si quisiéramos implementar un cambio de emergencia en la estrategia de alimentación, día tras día, el REBEL puede medir diariamente todos los analitos en todas las condiciones, y podemos verlo rápidamente con este flujo de trabajo.
Esta también es la tendencia de la condición, pero en el último estudio que me gustaría mostrar, se trata de la gestión del ciclo de vida de un producto mAb. Cuando queremos mostrar el rendimiento de una nueva formulación de medio en comparación con la formulación original, simplemente seguimos el crecimiento celular y el producto producido a lo largo de este período de 14 días. Por supuesto, seguimos las tendencias de los analitos. Se generó un amplio conjunto de datos y creé el archivo de etiqueta de muestra. Esto significa que, tras definir el componente del período de tiempo, al igual que la última vez, se añadieron las posiciones de acuerdo de lote con el mismo nombre para que el JMP pudiera identificar los acuerdos de lote.
Les muestro este último video. Se trata de archivos concatenados. JMP permite visualizar e importar dos lotes diferentes en la misma carpeta. Esta herramienta también es una función muy útil: permite abrir simultáneamente diferentes archivos de resultados del mismo estudio y concatenar los datos. JMP define y lee el archivo de etiqueta de muestra inmediatamente.
Aquí la definición es un poco diferente porque la primera columna de la etiqueta de la muestra también es distinta. Aquí la identifico como día cero. Vemos que, por defecto, aparecen todos los analitos en todas las condiciones. Por eso necesitamos aplicar el filtro de datos locales. Veamos la arginina, por ejemplo, que aparece en la diapositiva como captura de pantalla. Podemos ver claramente el equilibrio del medio; su condición ya está definida. La tendencia es la misma entre dos tipos de medios diferentes, al menos para este analito. Las posiciones [inaudible 00:22:57] están perfectamente aquí. No hay ningún error en este caso. Una vez hecho esto, podemos guardar el panel como antes.
Por supuesto, se puede personalizar aún más con las opciones del Constructor de Gráficos para usuarios más avanzados de JMP. Es como exportarlo seleccionando una carpeta de exportación, que se puede exportar como un archivo de imagen, o exportar la tabla de resultados a Excel. Ya existen muchas opciones de exportación.
Si podemos retroceder y concluir que esta herramienta es realmente útil, podemos ver que estos conjuntos de datos complejos se pueden visualizar con solo unos clics, añadiendo un componente de curso temporal e identificándolo, lo cual es realmente sencillo. Es muy útil para usuarios sin conocimientos avanzados de JMP, ya que no creo que se requieran conocimientos de JMP para usar este complemento. La ventaja es enorme, ya que, en un plazo muy breve, permite tomar decisiones basadas en datos con gran rapidez, lo cual es fundamental.
Recibí una notificación de 908 Devices indicando que la herramienta de análisis estadístico actualizada, la versión 2.6, está en proceso de lanzamiento. Esta es la versión mejorada. Cuando no se necesita el archivo de etiqueta de muestra independiente, se puede guardar como una columna independiente en el archivo de resultados original, que es el archivo de etiqueta de muestra. No es necesario agregar un archivo de Excel de etiqueta de muestra opcional al definir la evolución temporal y abrir los flujos de trabajo de tendencias.
Eso es todo. Espero que les guste. Muchas gracias por la atención.
