共享具有約束的參數以進行 4PL 分析你好,
我正在嘗試複製其他人在 GraphPad 中完成的 4 參數邏輯回歸工作,他們能夠共享上漸近線和下漸近線並可以約束斜率,有人可以提供一些我可以遵循的讀數嗎,以便我可以在 JMP 中實現相同的效果? ?
謝謝,
米克。
進階統計建模預測模型和機器學習回覆:共享帶有約束的參數以進行 4PL 分析你好@Mickyboy ,
這裡有一個例子,其中我有細胞生長,我想將其擬合為 4PL 模型(並且可能已經知道漸近線或斜率值)

前往分析>專業建模>非線性,在開啟的視窗中點擊「模型庫」並選擇 Logistic 4P 並點擊「製作公式」。正如您在螢幕截圖中的公式中所看到的,theta 項代表 4PL 迴歸中的項,其中:
Theta1 – 下漸近線
Theta2 – 上漸近線
Theta3 – 曲線斜率/成長率
Theta4 – 拐點

您需要定義正在使用的 X 和 Y 參數(下圖中我有光密度和時間,如果您有多個具有不同斜率的群組並且想要估計其參數值,則還有一個「群組」選項)。

這將打開一個窗口,供您輸入參數值或使用滑桿工具開始參數估計 - 您可以在此處新增從 Graphpad 獲得的估計值。

輸入值後,您可以點擊“建立公式”,它將在資料表中建立公式列

如果您想進一步了解,請返回非線性平台,將公式放入預測公式中,將 Y 放入 Y 角色中,然後您可以使用非線性平台來優化參數估計以改善擬合度。

這裡有更多關於非線性平台的資訊。
希望有幫助!
謝謝,
本
回覆:共享帶有約束的參數以進行 4PL 分析
回覆:共享帶有約束的參數以進行 4PL 分析通常當有人問到限制斜率時,下一個問題就是關於相對效力。
如果您要進行這樣的測試,那麼有一個名為「測試並行性」的選項可以為您計算相對效力
回覆:共享帶有約束的參數以進行 4PL 分析嗨,本,
首先,非常感謝您詳細而出色的回答,但由於我當時很匆忙,要等到今天結束才回答,所以我認為我應該詳細說明一下數據是什麼樣的,我希望實現什麼目標,以及我的美國同事做了什麼,但不幸的是,由於隱私問題,我不能分享這些數據。
我們有一個來自 Luminex 免疫測定的資料集,其中 1 個板具有 8 個 3.5 倍稀釋的標準,5 個樣品具有 7 個 3.5 倍稀釋,因此每個板有 86 個數據點,總共有 59 個板,最後一個板未滿,因此總共有 5032 個數據點。他們在 GraphPad 中所做的是共享 266,900 的上漸近線,下漸近線為 0,並將斜率限制為 1,然後讓模型計算每個樣本的 D50。 D50 被視為終點滴度,我們將據此進行進一步計算,例如血清轉換的樣本比例等,這有意義嗎,您想讓我詳細說明一下嗎?
我還想做一些模型比較,例如不受約束的模型,或共享較少的參數等。
我想做的是在 JMP 中做同樣的事情,我不認為上述內容能幫我解決這個問題,但這是我的錯,我應該更詳細地描述。任何建議都將不勝感激。
謝謝米克。
回覆:共享帶有約束的參數以進行 4PL 分析你好@Mickyboy ,
當然,在這種情況下您仍然可以使用非線性平台,在這種情況下我使用您可以在幫助>樣本索引中找到的“生物測定”樣本數據。
繼續執行相同的第一步,將模型放在非線性平台的模型庫中 - 為了區分分組(即標準和樣本),您可以使用“製作公式”部分中的“組”選項 - 然後您需要輸入要使用的比較組的名稱。


正如您在下面的滑桿中看到的,這樣您就擁有了一個公式,其中有 Log4P 公式,其中包含單獨的參數值以及每個組的 Theta 值。


在這裡您可以選擇更改參數是共享的(即不進行分組)還是每個樣本單獨更改。
當您將公式帶入非線性平台時,您可以使用「鎖定」選項來限制值,以便在 NL 平台收斂時它們不會發生變化。如果您希望 Theta1 值全部相同,請將該 theta 的組值設為 0。

然後,您可以鎖定 theta4 值以外的所有內容以找到 IC50 值,然後您可以使用紅色三角形>將估計值儲存到表格來儲存這些值以取得您的值。
另一個無需在公式中分組的選項
另一個選項意味著您沒有尷尬的單獨分組值,而是可以獲得一個透過分組分隔的單一「Theta」值。在這個範例中,當您執行「製作公式」時,不要將「分組」值放入其中,而是當您將公式帶入 NL 平台時,使用「按」選項對每個組單獨執行 NL 公式。

當頁面出現時,您可以按住 ctrl 並點擊“Go”以對每個參數運行它。和以前一樣,鎖定您不想改變的 Theta 值,運行,然後您可以在參數值上使用「製作組合資料表」來獲得包含每個值的單一表。


對於最後一個選項,我整理了一個您可以查看的專案文件。
如果您還有其他問題,請告訴我!
謝謝,
本
回覆:共享帶有約束的參數以進行 4PL 分析謝謝本,這看起來不錯,給我一點時間仔細檢查一遍,然後再回覆你。
謝謝,
米克。
回覆:共享帶有約束的參數以進行 4PL 分析您的資料是這樣的嗎? (下表)

還有一個問題。您如何處理每個盤子上的標準?
回覆:共享帶有約束的參數以進行 4PL 分析
我假設這是數據的快速片段,而且我還沒有具體問這個問題,但肯定對盤子有一些影響,因此每個盤子上都有一個標準,下次我和實驗室人員交談時我會檢查一下
回覆:共享帶有約束的參數以進行 4PL 分析嗨,本,
抱歉,我本來希望現在就回复您,但我被拖入了另一個項目,我希望在下週回复這個問題並通知您。
感謝您的努力,
問候,
米克。