Parámetros compartidos con restricciones para el análisis 4PLHola,
Estoy tratando de replicar el trabajo de regresión logística de 4 parámetros de otra persona realizado en GraphPad, donde tienen la capacidad de compartir la asíntota superior e inferior y pueden restringir la pendiente, ¿alguien puede proporcionar alguna lectura que pueda seguir para poder lograr lo mismo en JMP?
Gracias,
Mick.
Modelado estadístico avanzadoModelado predictivo y aprendizaje automáticoRe: Compartir parámetros con restricciones para el análisis 4PLHola @Mickyboy ,
Tengo un ejemplo aquí donde tengo un crecimiento celular al que quiero ajustar un modelo 4PL (y es posible que ya conozca los valores de la asíntota o pendiente).
Vaya a Analizar > Modelado especializado > No lineal. En la ventana que se abre, haga clic en "Biblioteca de modelos", seleccione Logístico 4P y pulse "Crear fórmula". Como puede ver en la fórmula de la captura de pantalla, los términos theta representan los términos de la regresión 4PL, con:
Theta1 – Asíntota inferior
Theta2 – Asíntota superior
Theta3 – Pendiente de la curva/tasa de crecimiento
Theta4 – Punto de inflexión
Necesitará definir los parámetros X e Y que está utilizando (en la foto a continuación tengo la densidad óptica y el tiempo, también hay una opción "Grupo" si tiene varios grupos con diferentes pendientes para las que desea estimar valores de parámetros).
Esto abrirá una ventana para que ingreses los valores de tus parámetros o uses una herramienta deslizante para iniciar las estimaciones de los parámetros: aquí es donde puedes agregar los valores de estimación que obtuviste de Graphpad.
Una vez que haya ingresado los valores, puede hacer clic en "Crear fórmula" y se creará una columna de fórmula en su tabla de datos.
Si desea llevar esto más allá, regrese a la plataforma no lineal, coloque la fórmula en la fórmula predictora y su Y en el rol Y y luego puede usar la plataforma no lineal para refinar las estimaciones de los parámetros para mejorar el ajuste.
Hay más información sobre la plataforma no lineal aquí .
¡Espero que ayude!
Gracias,
Ben
Re: Compartir parámetros con restricciones para el análisis 4PL
Re: Compartir parámetros con restricciones para el análisis 4PLGeneralmente, cuando alguien pregunta sobre la restricción de la pendiente, la siguiente pregunta es sobre la potencia relativa.
Si ese es el lugar al que te diriges, hay una opción llamada "Probar paralelismo" que calcula la potencia relativa para ti.
Re: Compartir parámetros con restricciones para el análisis 4PLHola Ben,
En primer lugar, muchas gracias por la respuesta detallada y excelente, pero debido a que tenía prisa y lo dejé hasta el final del día, pensé que debería ampliar el aspecto de los datos y lo que espero lograr, y lo que mis colegas en los Estados han hecho, pero desafortunadamente debido a cuestiones de privacidad no puedo compartir los datos.
Tenemos un conjunto de datos de un inmunoensayo Luminex. Una placa contiene un estándar con 8 diluciones de 3,5 veces y cinco muestras con 7 diluciones de 3,5 veces. Por lo tanto, cada placa tiene 86 puntos de datos. En total, tenemos 59 placas. La última placa no está llena, por lo que tenemos 5032 puntos de datos. En GraphPad, compartieron la asíntota superior de 266 900 y la asíntota inferior a 0, y restringieron la pendiente a 1. Luego, el modelo calculó el D50 para cada muestra. El D50 debe considerarse el título final, a partir del cual realizaremos cálculos adicionales, como la proporción de muestras seroconvertidas, etc. ¿Tiene sentido? ¿Desea ampliar algo?
También me gustaría hacer alguna comparación de modelos, como un modelo sin restricciones o que comparta menos parámetros, etc.
Me gustaría hacer lo mismo en JMP, pero no creo que lo anterior me lo solucione, pero es culpa mía; debería haber sido más descriptivo. Agradecería mucho cualquier consejo.
Gracias Mick.
Re: Compartir parámetros con restricciones para el análisis 4PLHola @Mickyboy ,
Claro, en ese caso aún puedes usar la plataforma no lineal, en ese caso estoy usando los datos de muestra 'Bioensayo' que puedes encontrar en Ayuda > Índice de muestras.
Continúe realizando los mismos primeros pasos para armar el modelo en la Biblioteca de modelos de la plataforma no lineal: para distinguir las agrupaciones (es decir, estándares y muestras), puede usar la opción 'Agrupar' en la parte Crear fórmula; luego debe ingresar el nombre del grupo de comparación que desea usar.
Como puede ver en los controles deslizantes a continuación, esto hace que tenga una fórmula donde tiene la fórmula Log4P con valores de parámetros individuales con la suma de los valores Theta de cada grupo.
Aquí puede elegir cambiar si los parámetros son compartidos (es decir, no agrupar) o individualistas por muestra.
Al incorporar la fórmula a la plataforma no lineal, puede usar la opción "Bloquear" para restringir los valores y evitar que se modifiquen al converger la plataforma NL. Si desea que todos los valores de Theta1 sean iguales, establezca los valores de grupo para esa theta en 0.
Luego puede bloquear todo excepto los valores theta4 para encontrar los valores IC50 y luego puede guardar los valores usando el Triángulo rojo>Guardar estimaciones en la tabla para obtener sus valores.
Otra opción sin agrupar en las fórmulas
La otra opción evita la incómoda agrupación de valores por separado, obteniendo un único valor "Theta" separado por agrupación. En este ejemplo, al crear la fórmula, no se incluye el valor "Agrupación". En su lugar, al importar la fórmula a la plataforma NL, se usa la opción "Por" para ejecutar la fórmula NL en cada grupo individualmente.
Cuando aparezca la página, mantenga presionada la tecla Ctrl y haga clic en "Ir" para ejecutarlo con cada parámetro. Como antes, bloquee los valores theta que no desea modificar, ejecute y luego use "Crear tabla de datos combinados" en los valores de los parámetros para obtener una sola tabla con cada valor.
Para la última opción, he elaborado un archivo de proyecto que puedes consultar.
¡Avísame si tienes más preguntas!
Gracias,
Ben
Re: Compartir parámetros con restricciones para el análisis 4PLGracias Ben, esto parece correcto, dame un poco de tiempo para revisarlo todo y te responderé.
Gracias,
Mick.
Re: Compartir parámetros con restricciones para el análisis 4PL¿Así se ven sus datos? (tabla incluida a continuación)
Otra pregunta. ¿Qué haces con el estándar que está en cada plato?
Re: Compartir parámetros con restricciones para el análisis 4PL
Un rápido vistazo a los datos, supongo, y no he hecho la pregunta específicamente, debe haber habido algún efecto en la placa, por lo tanto, un estándar en cada placa, lo comprobaré la próxima vez que hable con la persona del laboratorio.
Re: Compartir parámetros con restricciones para el análisis 4PLHola Ben,
Disculpas, esperaba poder responderte ya, pero me he visto arrastrado a otro proyecto. Espero volver a esto durante la próxima semana y te lo haré saber.
Gracias por tus esfuerzos,
Saludos,
Mick.
