共享具有约束的参数以进行 4PL 分析你好,
我正在尝试复制其他人在 GraphPad 中完成的 4 参数逻辑回归工作,他们能够共享上渐近线和下渐近线并可以约束斜率,有人可以提供一些我可以遵循的读数吗,以便我可以在 JMP 中实现相同的效果??
谢谢,
米克。
高级统计建模预测模型和机器学习回复:共享带有约束的参数以进行 4PL 分析你好@Mickyboy ,
这里有一个例子,其中我有细胞生长,我想将其拟合为 4PL 模型(并且可能已经知道渐近线或斜率值)

前往“分析”>“专业建模”>“非线性”,在打开的窗口中点击“模型库”,选择 Logistic 4P 模型,然后点击“创建公式”。如您在屏幕截图中的公式所示,θ 项代表 4PL 回归中的项,具体如下:
Theta1 – 下渐近线
Theta2 – 上渐近线
Theta3 – 曲线斜率/增长率
Theta4 – 拐点

您需要定义正在使用的 X 和 Y 参数(下图中我有光密度和时间,如果您有多个具有不同斜率的组并且想要估计其参数值,则还有一个“组”选项)。

这将打开一个窗口,供您输入参数值或使用滑块工具开始参数估计 - 您可以在此处添加从 Graphpad 获得的估计值。

输入值后,您可以点击“创建公式”,它将在数据表中创建一个公式列

如果您想进一步了解,请返回非线性平台,将公式放入预测公式中,将 Y 放入 Y 角色中,然后您可以使用非线性平台来优化参数估计以改善拟合度。

这里有更多关于非线性平台的信息。
希望有帮助!
谢谢,
本
回复:共享带有约束的参数以进行 4PL 分析
回复:共享带有约束的参数以进行 4PL 分析通常当有人问到限制斜率时,下一个问题就是关于相对效力。
如果您要进行这样的测试,那么有一个名为“测试并行性”的选项可以为您计算相对效力
回复:共享带有约束的参数以进行 4PL 分析嗨,本,
首先,非常感谢您详细而出色的回答,但由于我当时很匆忙,要等到今天结束才回答,所以我认为我应该详细说明一下数据是什么样的,我希望实现什么目标,以及我的美国同事做了什么,但不幸的是,由于隐私问题,我不能分享这些数据。
我们有一组来自 Luminex 免疫分析的数据集,其中 1 个培养皿中有 8 个 3.5 倍稀释的标准品,另外 5 个样品有 7 个 3.5 倍稀释的样品,所以每个培养皿中有 86 个数据点。总共有 59 个培养皿,最后一个培养皿未装满,所以总共有 5032 个数据点。他们在 GraphPad 中的做法是,共享 266,900 的上渐近线,下渐近线为 0,并将斜率限制为 1,然后让模型计算每个样品的 D50。D50 应被视为终点滴度,我们将以此为基础进行进一步的计算,例如计算血清转化的样品比例等。这样说明白了吗?您需要我进一步阐述吗?
我还想做一些模型比较,比如不受约束的模型,或者共享较少的参数等。
我想在 JMP 中做同样的事情,但我觉得上面的方法解决不了问题,不过这是我的错,我应该更详细地描述一下。非常感谢任何建议。
谢谢米克。
回复:共享带有约束的参数以进行 4PL 分析你好@Mickyboy ,
当然,在这种情况下您仍然可以使用非线性平台,在这种情况下我使用您可以在帮助>样本索引中找到的“生物测定”样本数据。
继续执行相同的第一步,将模型放在非线性平台的模型库中 - 为了区分分组(即标准和样本),您可以使用“制作公式”部分中的“组”选项 - 然后您需要输入您想要使用的比较组的名称。


正如您在下面的滑块中看到的,这样您就拥有了一个公式,其中有 Log4P 公式,其中包含单独的参数值以及每个组的 Theta 值。


在这里您可以选择更改参数是共享的(即不进行分组)还是每个样本单独更改。
将公式带入“非线性”平台时,可以使用“锁定”选项来限制数值,以便在非线性平台收敛时这些数值不会发生变化。如果您希望所有 Theta1 值都相同,请将该 Theta 的组值设置为 0。

然后,您可以锁定除 theta4 值之外的所有内容以找到 IC50 值,然后您可以使用红色三角形>将估计值保存到表格来保存这些值以获取您的值。
另一种无需在公式中分组的选项
另一个选项意味着您无需对值进行尴尬的单独分组,而是可以得到一个按分组分隔的“Theta”值。在本例中,当您执行“创建公式”时,不要在其中输入“分组”值,而是在将公式导入NL平台时,使用“按”选项对每个组分别运行NL公式。

页面出现后,您可以按住 Ctrl 键并点击“开始”按钮,对每个参数运行该程序。和之前一样,锁定您不想更改的 Theta 值,运行该程序,然后对参数值使用“创建组合数据表”功能,即可生成包含每个值的单个表格。


对于最后一个选项,我整理了一个您可以查看的项目文件。
如果您还有其他问题,请告诉我!
谢谢,
本
回复:共享带有约束的参数以进行 4PL 分析谢谢本,这看起来不错,给我一点时间仔细检查一遍,然后再回复你。
谢谢,
米克。
回复:共享带有约束的参数以进行 4PL 分析您的数据是这样的吗?(下表)

还有一个问题。您如何处理每个盘子上的标准?
回复:共享带有约束的参数以进行 4PL 分析
我假设这是数据的快速片段,而且我还没有具体问这个问题,但肯定对盘子有一些影响,因此每个盘子上都有一个标准,下次我和实验室人员交谈时我会检查一下
回复:共享带有约束的参数以进行 4PL 分析嗨,本,
抱歉,我本来希望现在就回复您,但我被拖入了另一个项目,我希望在下周回复这个问题并通知您。
感谢您的努力,
问候,
米克。