4PL 분석을 위한 제약 조건이 있는 매개변수 공유안녕,
저는 GraphPad에서 수행한 다른 사람의 4개 매개변수 로지스틱 회귀 작업을 복제하려고 합니다. 그 작업은 상하 점근선을 공유하고 기울기를 제한할 수 있는 기능이 있는데, JMP에서 동일한 결과를 얻을 수 있도록 제가 따라할 수 있는 판독값을 제공해 줄 수 있는 분이 계신가요?
감사해요,
믹.
고급 통계 모델링예측 모델링 및 머신 러닝Re: 4PL 분석을 위한 제약 조건이 있는 매개변수 공유안녕하세요 @미키보이 ,
여기에는 4PL 모델을 적용하고자 하는 세포 성장에 대한 예가 있습니다(그리고 이미 점근선이나 기울기 값을 알고 있을 수도 있음)
분석 > 특수 모델링 > 비선형으로 이동하여 열리는 창에서 '모델 라이브러리'를 클릭하고 로지스틱 4P를 선택한 후 '수식 만들기'를 클릭합니다. 스크린샷의 수식에서 볼 수 있듯이 세타 항은 4PL 회귀의 항을 나타내며, 다음과 같습니다.
세타1 – 하부 점근선
세타2 – 상부 점근선
Theta3 – 곡선의 기울기/성장률
Theta4 – 변곡점
사용하는 X 및 Y 매개변수를 정의해야 합니다(아래 사진에서는 광학 밀도와 시간을 정의했고, 기울기가 다른 여러 그룹이 있어 매개변수 값을 추정하려는 경우 '그룹' 옵션도 있습니다).
그러면 매개변수 값을 입력하거나 슬라이더 도구를 사용하여 매개변수 추정을 시작할 수 있는 창이 열립니다. Graphpad에서 얻은 추정값을 여기에 추가할 수 있습니다.
값을 입력한 후 '수식 만들기'를 클릭하면 데이터 테이블에 수식 열이 생성됩니다.
더욱 심도 있게 분석하려면 비선형 플랫폼으로 돌아가서 예측 공식에 수식을 넣고 Y를 Y 역할에 넣은 다음 비선형 플랫폼을 사용하여 매개변수 추정치를 세부적으로 조정하여 적합도를 개선할 수 있습니다.
비선형 플랫폼에 대한 자세한 내용은 여기에서 확인하세요.
도움이 되길 바랍니다!
감사해요,
벤
Re: 4PL 분석을 위한 제약 조건이 있는 매개변수 공유
Re: 4PL 분석을 위한 제약 조건이 있는 매개변수 공유일반적으로 누군가가 경사 제한에 대해 질문하면 다음 질문은 상대적 효능에 대한 것입니다.
만약 당신이 가고 있는 곳이 그런 곳이라면, 당신의 상대적 효능을 계산해주는 "테스트 병렬성"이라는 옵션이 있습니다.
Re: 4PL 분석을 위한 제약 조건이 있는 매개변수 공유안녕하세요 벤,
먼저 자세하고 훌륭한 답변을 주셔서 대단히 감사합니다. 하지만 저는 서두르고 있어서 오늘 하루를 마감해야 하기 때문에 데이터가 어떤 모습인지, 제가 무엇을 이루고자 하는지, 그리고 미국에 있는 동료들이 무엇을 했는지 자세히 설명해야겠다고 생각했습니다. 안타깝게도 개인정보 문제로 인해 데이터를 공유할 수 없습니다.
Luminex 면역 검정법의 데이터 세트가 있는데, 플레이트 1개에는 3.5배 희석액 8배의 표준물질이 있고, 샘플 5개에는 3.5배 희석액 7배의 표준물질이 있습니다. 따라서 플레이트마다 86개의 데이터 포인트가 있고, 총 플레이트 수는 59개이며, 마지막 플레이트는 가득 차지 않아 총 5,032개의 데이터 포인트가 있습니다. GraphPad에서 수행한 작업은 상위 점근선 266,900, 하위 점근선 0을 공유하고 기울기를 1로 제한한 다음, 모델이 각 샘플의 D50을 계산하도록 하는 것입니다. D50은 혈청 전환된 샘플의 비율 등과 같은 추가 계산을 수행하는 종말점 역가로 간주됩니다. 이것이 말이 됩니까? 더 자세히 설명해 드릴까요?
또한 제약이 없는 모델이나 매개변수를 덜 공유하는 모델 등 모델을 비교하고 싶습니다.
JMP에서도 같은 작업을 하고 싶은데, 위의 방법으로는 해결되지 않을 것 같습니다. 제 잘못입니다. 좀 더 구체적으로 설명했어야 했습니다. 조언 주시면 정말 감사하겠습니다.
고맙네요, 믹.
Re: 4PL 분석을 위한 제약 조건이 있는 매개변수 공유안녕하세요 @미키보이 ,
물론, 그 경우에도 비선형 플랫폼을 사용할 수 있습니다. 그 경우에는 도움말 > 샘플 인덱스에서 찾을 수 있는 '생물 검정' 샘플 데이터를 사용하고 있습니다.
비선형 플랫폼의 모델 라이브러리에서 모델을 구성하기 위해 동일한 첫 번째 단계를 계속 수행합니다. 그룹화(예: 표준 및 샘플)를 구분하려면 '수식 만들기' 부분에서 '그룹화' 옵션을 사용할 수 있습니다. 그런 다음 사용하려는 비교 그룹의 이름을 입력해야 합니다.
아래 슬라이더에서 볼 수 있듯이, 이를 통해 각 그룹의 세타 값을 더한 개별 매개변수 값을 갖는 Log4P 공식을 얻을 수 있습니다.
여기서 매개변수를 공유할지(즉, 그룹화하지 않음) 아니면 샘플별로 개별적으로 적용할지 선택할 수 있습니다.
수식을 비선형 플랫폼으로 가져올 때 '잠금' 옵션을 사용하여 값을 제한하여 NL 플랫폼이 수렴할 때 값이 변경되지 않도록 할 수 있습니다. Theta1 값을 모두 동일하게 유지하려면 해당 Theta의 그룹 값을 0으로 설정하세요.
그런 다음 IC50 값을 찾기 위해 세타4 값을 제외한 모든 것을 잠그고, 빨간색 삼각형>추정치를 표에 저장을 사용하여 값을 저장하여 값을 얻을 수 있습니다.
수식에서 그룹화하지 않는 또 다른 옵션
또 다른 옵션은 값을 따로 그룹화하는 번거로운 작업 없이, 그룹화별로 구분된 단일 '세타' 값을 사용할 수 있다는 것입니다. 이 예시에서는 '수식 만들기'를 할 때 '그룹화' 값을 입력하지 말고, 수식을 NL 플랫폼으로 가져올 때 '기준' 옵션을 사용하여 각 그룹에 대해 NL 수식을 개별적으로 실행하세요.
페이지가 나타나면 Ctrl 키를 누른 채 '실행'을 클릭하여 모든 매개변수에 대해 실행할 수 있습니다. 이전과 마찬가지로 변경하지 않을 Theta 값을 잠그고 실행한 후, 매개변수 값에 대해 '결합된 데이터 테이블 만들기'를 사용하여 각 값을 하나의 테이블로 만들 수 있습니다.
마지막 옵션에 대해서는 살펴볼 수 있는 프로젝트 파일을 준비해 두었습니다.
다른 질문이 있으면 말해주세요!
감사해요,
벤
Re: 4PL 분석을 위한 제약 조건이 있는 매개변수 공유고맙습니다, 벤. 맞는 것 같습니다. 전부 검토할 시간을 조금 주시고 다시 연락드리겠습니다.
감사해요,
믹.
Re: 4PL 분석을 위한 제약 조건이 있는 매개변수 공유귀하의 데이터는 이런 형태입니까? (아래 표 참조)
또 다른 질문이 있습니다. 각 접시에 있는 표준은 어떻게 처리하시나요?
Re: 4PL 분석을 위한 제약 조건이 있는 매개변수 공유
데이터를 빠르게 잘라낸 것 같아요. 구체적으로 질문한 적은 없지만 플레이트에 어떤 영향이 있었을 테니 각 플레이트에 표준을 붙였을 겁니다. 다음에 실험실 사람과 이야기할 때 확인해보겠습니다.
Re: 4PL 분석을 위한 제약 조건이 있는 매개변수 공유안녕하세요 벤,
죄송합니다. 지금까지는 답변을 드리고 싶었지만 다른 프로젝트에 끌려갔습니다. 다음 주 안에 다시 답변을 드리고 결과를 알려드리겠습니다.
귀하의 노고에 감사드립니다.
문안 인사,
믹.
