4PL分析のための制約付きパラメータの共有こんにちは、
私は、GraphPad で行われた他の人の 4 パラメータ ロジスティック回帰の作業を再現しようとしています。GraphPad では、上限と下限の漸近線を共有でき、傾斜を制限できます。JMP でも同じことを達成できるように、私が従うべき読み物を提供してくれる人はいますか?
ありがとう、
ミック。
高度な統計モデリング予測モデリングと機械学習4PL分析のための制約付きパラメータの共有についてこんにちはミッキーボーイ 、
ここでは、4PLモデルを当てはめたい細胞の成長の例を示します（漸近線または傾きの値は既にわかっている場合があります）。
「分析」>「特殊モデリング」>「非線形」を選択し、開いたウィンドウで「モデルライブラリ」をクリックし、「ロジスティック4P」を選択して「数式を作成」をクリックします。スクリーンショットの数式にあるように、シータ項は4PL回帰の項を表し、以下のようになります。
シータ1 – 下漸近線
シータ2 – 上漸近線
シータ3 – 曲線の傾き/成長率
シータ4 – 変曲点
使用する X および Y パラメータを定義する必要があります (下の写真では光学密度と時間を示していますが、パラメータ値を推定する異なる傾斜の複数のグループがある場合は、「グループ」オプションもあります)。
すると、パラメータ値を入力したり、スライダー ツールを使用してパラメータ推定を開始したりするためのウィンドウが開きます。ここで、Graphpad から取得した推定値を追加できます。
値を入力したら、「数式を作成」をクリックすると、データテーブルに数式列が作成されます。
これをさらに進めたい場合は、非線形プラットフォームに戻り、数式を予測子数式に入力し、Y を Y ロールに入力すると、非線形プラットフォームを使用してパラメータ推定値を調整し、適合性を向上させることができます。
非線形プラットフォームの詳細については、こちらをご覧ください。
お役に立てれば幸いです!
ありがとう、
ベン
4PL分析のための制約付きパラメータの共有について
4PL分析のための制約付きパラメータの共有について通常、誰かが傾斜の制限について質問すると、次の質問は相対的な効力についてです。
もしそうするつもりなら、「テストの並列化」というオプションがあり、相対的な効力を計算してくれます。
4PL分析のための制約付きパラメータの共有についてこんにちは、ベン。
まず、詳細かつ素晴らしい回答をいただき、誠にありがとうございます。しかし、急いでいたため、その日の終わりまで残しておいたのですが、データがどのようになっているのか、何を達成したいのか、米国の同僚が何をしたのかを詳しく説明すべきだと思いました。残念ながら、プライバシーの問題により、データを共有することはできません。
ルミネックスの免疫測定から得たデータセットがあります。1枚のプレートには8種類の3.5倍希釈の標準液と5種類のサンプルがあり、それぞれ7種類の3.5倍希釈のサンプルが含まれています。つまり、各プレートには86のデータポイントがあり、合計59枚のプレートがあり、最後のプレートはいっぱいではないので、合計5032のデータポイントがあります。GraphPadでは、上側漸近線266,900を共有し、下側漸近線を0として傾きを1に制限し、モデルに各サンプルのD50を計算させています。D50は、血清変換されたサンプルの割合など、さらなる計算を行うためのエンドポイント力価とみなされます。これは理にかなっていますか？何か詳しく説明する必要がありますか？
また、制約のないモデルや、共有するパラメータが少ないモデルなどのモデルの比較も行いたいと思います。
JMPでも同じことをしたいのですが、上記の方法では解決できないと思います。これは私のミスです。もっと詳しく説明すべきでした。アドバイスをいただければ幸いです。
ありがとう、ミック。
4PL分析のための制約付きパラメータの共有についてこんにちはミッキーボーイ 、
はい、その場合でも非線形プラットフォームを使用できます。その場合、私は「ヘルプ」>「サンプル インデックス」にある「バイオアッセイ」サンプル データを使用しています。
非線形プラットフォームのモデル ライブラリにモデルをまとめるには、同じ最初の手順をすべて繰り返します。グループ分け (標準とサンプル) を区別するには、[数式の作成] 部分の [グループ] オプションを使用できます。次に、使用する比較グループの名前を入力する必要があります。
下のスライダーでわかるように、これにより、各グループのシータ値が追加された個別のパラメータ値を持つ Log4P 式が作成されます。
ここで、パラメータを共有するか (つまり、グループ化しない)、サンプルごとに個別にするかを変更できます。
式を非線形プラットフォームに取り込む際、「ロック」オプションを使用して値を制限し、非線形プラットフォームが収束しても値が変更されないようにすることができます。Theta1の値をすべて同じにしたい場合は、そのThetaのグループ値を0に設定してください。
次に、theta4 値以外のすべてをロックして IC50 値を見つけ、赤い三角形を使用して値を保存し、推定値をテーブルに保存して値を取得します。
数式でグループ化しない別のオプション
もう一つの選択肢は、値を個別にグループ化する煩わしさをなくし、グループ化によって区切られた単一の「Theta」値を取得することです。この例では、「数式を作成」を行う際に「グループ化」値を入力せず、代わりに数式をNLプラットフォームに取り込む際に「By」オプションを使用して、各グループに対してNL数式を個別に実行します。
ページが表示されたら、Ctrlキーを押しながら「実行」をクリックすると、すべてのパラメータに対して実行できます。前回と同様に、変更したくないTheta値をロックして実行し、パラメータ値に対して「結合データテーブルの作成」を実行すると、各値を含む単一のテーブルが作成されます。
最後のオプションとして、確認できるプロジェクト ファイルを用意しました。
他に質問があればお知らせください。
ありがとう、
ベン
4PL分析のための制約付きパラメータの共有についてありがとう、ベン。これは正しいようです。少し時間をかけてすべて確認してから、また連絡します。
ありがとう、
ミック。
4PL分析のための制約付きパラメータの共有についてあなたのデータはこんな感じでしょうか？（下の表をご覧ください）
もう一つ質問があります。各プレートに表示されている基準はどうするのですか？
4PL分析のための制約付きパラメータの共有について
データの簡単な抜粋だと思いますが、具体的に質問はしていませんが、プレートごとに標準値があるため、プレートごとに何らかの影響があったはずです。次回、研究室の担当者と話すときに確認します。
4PL分析のための制約付きパラメータの共有についてこんにちは、ベン。
申し訳ありません。もうご連絡したいと思っていましたが、別のプロジェクトに引き込まれてしまいました。来週中にまたご連絡できると思いますので、お知らせします。
ご尽力に感謝いたします。
よろしくお願いいたします
ミック。
