Condivisione dei parametri con vincoli per l'analisi 4PLCIAO,
Sto cercando di replicare il lavoro di regressione logistica a 4 parametri svolto da qualcun altro in GraphPad, dove è possibile condividere l'asintoto superiore e inferiore e limitare la pendenza. Qualcuno può fornirmi una lettura che posso seguire per ottenere lo stesso risultato in JMP?
Grazie,
Mick.
Modellazione statistica avanzataModellazione predittiva e apprendimento automaticoRe: Condivisione dei parametri con vincoli per l'analisi 4PLCiao @Mickyboy ,
Ho qui un esempio in cui ho una crescita cellulare verso la quale voglio adattare un modello 4PL (e potrei già conoscere i valori dell'asintoto o della pendenza)
Vai su Analizza > Modellazione specializzata > Non lineare, nella finestra che si apre clicca su "Libreria modelli", seleziona Logistica 4P e premi "Crea formula". Come puoi vedere nella formula nello screenshot, i termini theta rappresentano i termini nella regressione 4PL, con:
Theta1 – Asintoto inferiore
Theta2 – Asintoto superiore
Theta3 – Pendenza della curva/tasso di crescita
Theta4 – Punto di flesso
Dovrai definire i parametri X e Y che stai utilizzando (nella foto qui sotto ho la densità ottica e il tempo; c'è anche un'opzione "Gruppo" se hai più gruppi con pendenze diverse per i quali vuoi stimare i valori dei parametri).
Si aprirà una finestra in cui potrai inserire i valori dei parametri o utilizzare uno strumento cursore per iniziare le stime dei parametri: qui puoi aggiungere i valori delle stime ottenuti da Graphpad.
Una volta inseriti i valori, puoi fare clic su "Crea formula" e verrà creata una colonna formula nella tabella dati
Se vuoi approfondire ulteriormente, torna alla piattaforma non lineare, inserisci la formula nella formula predittiva e Y nel ruolo Y, quindi puoi utilizzare la piattaforma non lineare per perfezionare le stime dei parametri e migliorare l'adattamento.
Per maggiori informazioni sulla piattaforma non lineare clicca qui .
Spero che sia d'aiuto!
Grazie,
Ben
Re: Condivisione dei parametri con vincoli per l'analisi 4PL
Re: Condivisione dei parametri con vincoli per l'analisi 4PLDi solito quando qualcuno chiede come limitare la pendenza, la domanda successiva riguarda la potenza relativa.
Se è questo il tuo obiettivo, esiste un'opzione chiamata "Test Parallelismo" che calcola la potenza relativa per te
Re: Condivisione dei parametri con vincoli per l'analisi 4PLCiao Ben,
Innanzitutto, la ringrazio molto per la risposta dettagliata ed eccellente, ma poiché ho fretta e ho rimandato la risposta alla fine della giornata, ho pensato di dover spiegare meglio come si presentano i dati, cosa spero di ottenere e cosa hanno fatto i miei colleghi negli Stati Uniti. Purtroppo, per questioni di privacy, non posso condividere i dati.
Abbiamo un set di dati, da un immunoassay Luminex, in cui 1 piastra ha uno standard con 8 diluizioni 3,5 volte e 5 campioni con 7 diluizioni 3,5 volte, quindi ogni piastra contiene 86 punti dati, abbiamo 59 piastre in totale, l'ultima piastra non è piena, quindi in totale abbiamo 5032 punti dati. Quello che hanno fatto in GraphPad è stato condividere l'asintoto superiore di 266.900, l'asintoto inferiore a 0 e vincolare la pendenza a 1, quindi lasciare che il modello calcoli il D50 per ciascun campione. Il D50 deve essere considerato il titolo finale da cui faremo ulteriori calcoli come la proporzione di campioni sieroconvertiti ecc. Ha senso? Vuoi che approfondisca qualcosa?
Vorrei anche fare un confronto tra modelli, ad esempio un modello senza vincoli o con meno parametri in comune, ecc.
Quello che vorrei fare è fare lo stesso in JMP, e non credo che quanto scritto sopra risolverà il mio problema, ma è colpa mia, avrei dovuto essere più descrittivo. Qualsiasi consiglio sarebbe molto apprezzato.
Grazie Mick.
Re: Condivisione dei parametri con vincoli per l'analisi 4PLCiao @Mickyboy ,
Certo, in tal caso puoi comunque utilizzare la piattaforma non lineare; in tal caso utilizzo i dati campione "Bioassay" che puoi trovare in Aiuto > Indice campioni.
Continua a ripetere gli stessi passaggi iniziali per mettere insieme il modello nella libreria dei modelli della piattaforma non lineare. Per distinguere i raggruppamenti (ad esempio standard e campioni), puoi usare l'opzione "Raggruppa" nella parte Crea formula. Dopodiché devi immettere il nome del gruppo di confronto che vuoi usare.
Come puoi vedere nei cursori qui sotto, questo fa sì che tu abbia una formula in cui hai la formula Log4P con valori di parametri individuali con l'aggiunta dei valori Theta di ciascun gruppo.
Qui puoi scegliere di modificare se i parametri sono condivisi (ovvero non vengono raggruppati) o individuali per campione.
Quando si importa la formula nella piattaforma non lineare, è possibile utilizzare l'opzione "Blocca" per limitare i valori in modo che non vengano modificati durante la convergenza della piattaforma non lineare. Se si desidera che i valori di Theta1 siano tutti uguali, impostare i valori di gruppo per quel theta a 0.
Quindi puoi bloccare tutto tranne i valori theta4 per trovare i valori IC50 e quindi puoi salvare i valori utilizzando il triangolo rosso>Salva stime nella tabella per ottenere i tuoi valori.
Un'altra opzione senza raggruppamento nelle formule
L'altra opzione significa che non si ha il fastidioso raggruppamento separato dei valori, ma si può ottenere un singolo valore "Theta" separato dal raggruppamento. In questo esempio, quando si esegue "Crea formula", non inserire il valore "Raggruppamento". Invece, quando si importa la formula nella piattaforma NL, utilizzare l'opzione "Per" per eseguire la formula NL su ciascun gruppo singolarmente.
Quando la pagina appare, puoi tenere premuto Ctrl e cliccare su "Go" per eseguirla su ogni parametro. Come prima, blocca i valori Theta che non vuoi modificare, esegui e poi puoi usare "Crea tabella dati combinati" sui valori dei parametri per ottenere un'unica tabella con ciascun valore.
Per l'ultima opzione ho messo insieme un file di progetto che puoi consultare.
Se hai altre domande, fammi sapere!
Grazie,
Ben
Re: Condivisione dei parametri con vincoli per l'analisi 4PLGrazie Ben, sembra giusto, dammi un po' di tempo per esaminarlo tutto e poi ti farò sapere.
Grazie,
Mick.
Re: Condivisione dei parametri con vincoli per l'analisi 4PLI tuoi dati sono di questo tipo? (tabella inclusa di seguito)
Un'altra domanda. Cosa fai con lo standard che si trova su ogni targa?
Re: Condivisione dei parametri con vincoli per l'analisi 4PL
Un rapido estratto dei dati, suppongo, e non ho posto la domanda in modo specifico, deve esserci stato qualche effetto per la piastra, quindi uno standard su ogni piastra, controllerò la prossima volta che parlerò con la persona del laboratorio
Re: Condivisione dei parametri con vincoli per l'analisi 4PLCiao Ben,
Mi scuso, speravo di risponderti prima, ma sono stato coinvolto in un altro progetto. Spero di riprenderlo la prossima settimana e ti farò sapere.
Grazie per i tuoi sforzi,
Saluti,
Mick.
