Freigabeparameter mit Einschränkungen für die 4PL-AnalyseHallo,
Ich versuche, die Arbeit einer anderen Person zur logistischen Regression mit 4 Parametern in GraphPad zu replizieren, wo die Möglichkeit besteht, die obere und untere Asymptote gemeinsam zu nutzen und die Steigung einzuschränken. Kann mir jemand etwas zum Nachlesen geben, damit ich dasselbe in JMP erreichen kann??
Danke,
Mick.
Erweiterte statistische ModellierungPrädiktive Modellierung und maschinelles LernenBetreff: Freigabeparameter mit Einschränkungen für die 4PL-AnalyseHallo @Mickyboy ,
Ich habe hier ein Beispiel, bei dem ich Zellwachstum habe, an das ich ein 4PL-Modell anpassen möchte (und möglicherweise bereits die Asymptoten- oder Steigungswerte kenne).
Gehen Sie zu Analysieren > Spezialisierte Modellierung > Nichtlinear. Klicken Sie im sich öffnenden Fenster auf „Modellbibliothek“, wählen Sie „Logistic 4P“ und klicken Sie auf „Formel erstellen“. Wie Sie in der Formel im Screenshot sehen können, stellen die Theta-Terme die Terme in der 4PL-Regression dar, mit:
Theta1 – Untere Asymptote
Theta2 – Obere Asymptote
Theta3 – Steigung der Kurve/Wachstumsrate
Theta4 – Wendepunkt
Sie müssen die von Ihnen verwendeten X- und Y-Parameter definieren (auf dem Foto unten habe ich optische Dichte und Zeit, es gibt auch eine Option „Gruppieren“, wenn Sie mehrere Gruppen mit unterschiedlichen Steigungen haben, für die Sie Parameterwerte schätzen möchten).
Dadurch wird ein Fenster geöffnet, in dem Sie Ihre Parameterwerte eingeben oder mithilfe eines Schiebereglers mit der Parameterschätzung beginnen können. Hier können Sie die Schätzwerte hinzufügen, die Sie von Graphpad erhalten haben.
Sobald Sie die Werte eingegeben haben, können Sie auf „Formel erstellen“ klicken. Dadurch wird eine Formelspalte in Ihrer Datentabelle erstellt.
Wenn Sie noch weiter gehen möchten, gehen Sie zurück zur nichtlinearen Plattform, setzen Sie die Formel in die Prädiktorformel und Ihr Y in die Y-Rolle ein. Anschließend können Sie die nichtlineare Plattform verwenden, um die Parameterschätzungen zu verfeinern und die Anpassung zu verbessern.
Weitere Informationen zur nichtlinearen Plattform finden Sie hier .
Hoffe, das hilft!
Danke,
Ben
Betreff: Freigabeparameter mit Einschränkungen für die 4PL-Analyse
Betreff: Freigabeparameter mit Einschränkungen für die 4PL-AnalyseWenn jemand nach der Einschränkung der Steigung fragt, ist die nächste Frage normalerweise die nach der relativen Wirksamkeit.
Wenn das der Fall ist, in dem Sie arbeiten, gibt es eine Option namens „Testparallelität“, die die relative Potenz für Sie berechnet.
Betreff: Freigabeparameter mit Einschränkungen für die 4PL-AnalyseHallo Ben,
Zunächst einmal vielen Dank für die ausführliche und hervorragende Antwort. Da ich jedoch in Eile bin und es bis zum Ende des Tages aufgeschoben habe, dachte ich, ich sollte näher darauf eingehen, wie die Daten aussehen, was ich zu erreichen hoffe und was meine Kollegen in den Staaten getan haben. Aus Datenschutzgründen kann ich die Daten leider nicht weitergeben.
Wir haben einen Datensatz aus einem Luminex-Immunoassay, bei dem eine Platte einen Standard mit 8 3,5-fachen Verdünnungen und 5 Proben mit 7 3,5-fachen Verdünnungen enthält. Jede Platte enthält also 86 Datenpunkte. Insgesamt haben wir 59 Platten, die letzte Platte ist nicht voll, also insgesamt 5032 Datenpunkte. In GraphPad haben sie die obere Asymptote von 266.900 und die untere Asymptote als 0 angegeben und die Steigung auf 1 beschränkt. Anschließend berechnet das Modell den D50 für jede Probe. Der D50 ist als Endpunkttiter zu betrachten, von dem aus wir weitere Berechnungen durchführen, z. B. den Anteil der Proben mit Serokonversion usw. Ist das sinnvoll? Soll ich etwas näher darauf eingehen?
Ich würde auch gerne einige Modelle vergleichen, z. B. ein uneingeschränktes Modell oder ein Modell mit weniger Parametern usw.
Ich würde das Gleiche gerne in JMP machen, glaube aber nicht, dass das oben genannte Problem für mich gelöst werden kann, aber das ist mein Fehler, ich hätte es genauer beschreiben sollen. Für jeden Rat wäre ich sehr dankbar.
Danke, Mick.
Betreff: Freigabeparameter mit Einschränkungen für die 4PL-AnalyseHallo @Mickyboy ,
Sicher, in diesem Fall können Sie immer noch die nichtlineare Plattform verwenden. In diesem Fall verwende ich die Beispieldaten „Bioassay“, die Sie unter „Hilfe“ > „Beispielindex“ finden.
Führen Sie weiterhin dieselben ersten Schritte aus, um das Modell in der Modellbibliothek der nichtlinearen Plattform zusammenzustellen. Um die Gruppierungen (d. h. Standards und Proben) zu unterscheiden, können Sie die Option „Gruppieren“ im Abschnitt „Formel erstellen“ verwenden. Anschließend müssen Sie den Namen der Vergleichsgruppe eingeben, die Sie verwenden möchten.
Wie Sie in den Schiebereglern unten sehen können, erhalten Sie dadurch eine Formel, bei der Sie die Log4P-Formel mit einzelnen Parameterwerten und den Theta-Werten jeder Gruppe haben.
Hier können Sie ändern, ob die Parameter gemeinsam genutzt werden (d. h. keine Gruppierung vornehmen) oder pro Stichprobe individuell sind.
Wenn Sie die Formel in die nichtlineare Plattform importieren, können Sie die Option „Sperren“ verwenden, um die Werte so einzuschränken, dass sie bei der Konvergenz der NL-Plattform nicht geändert werden. Wenn Sie möchten, dass alle Theta1-Werte gleich sind, setzen Sie die Gruppenwerte für dieses Theta auf 0.
Dann können Sie alles außer den Theta4-Werten sperren, um die IC50-Werte zu finden, und dann können Sie die Werte mit dem roten Dreieck > Schätzungen in Tabelle speichern speichern, um Ihre Werte zu erhalten.
Eine weitere Option ohne Gruppierung in den Formeln
Die andere Option erspart Ihnen die umständliche separate Gruppierung von Werten und ermöglicht Ihnen stattdessen einen einzelnen „Theta“-Wert, der durch die Gruppierung getrennt ist. Geben Sie in diesem Beispiel beim Erstellen der Formel den „Gruppierungswert“ nicht dort ein. Verwenden Sie stattdessen beim Importieren der Formel in die NL-Plattform die Option „Nach“, um die NL-Formel für jede Gruppe einzeln auszuführen.
Wenn die Seite angezeigt wird, können Sie Strg gedrückt halten und auf „Los“ klicken, um die Funktion für alle Parameter auszuführen. Sperren Sie wie zuvor die Theta-Werte, die Sie nicht ändern möchten, führen Sie die Funktion aus und verwenden Sie anschließend „Kombinierte Datentabelle erstellen“ für die Parameterwerte, um eine einzelne Tabelle mit jedem Wert zu erhalten.
Für die letzte Option habe ich eine Projektdatei zusammengestellt, die Sie durchsehen können.
Lassen Sie es mich wissen, wenn Sie noch weitere Fragen haben!
Danke,
Ben
Betreff: Freigabeparameter mit Einschränkungen für die 4PL-AnalyseDanke, Ben, das sieht richtig aus. Gib mir ein wenig Zeit, alles durchzugehen und mich dann bei dir zu melden.
Danke,
Mick.
Betreff: Freigabeparameter mit Einschränkungen für die 4PL-AnalyseSehen Ihre Daten in etwa so aus? (Tabelle unten enthalten)
Noch eine Frage: Was machen Sie mit dem Standard, der sich auf jeder Platte befindet?
Betreff: Freigabeparameter mit Einschränkungen für die 4PL-Analyse
Ein kurzer Ausschnitt der Daten, nehme ich an, und ich habe die Frage nicht speziell gestellt. Es muss einen Effekt für die Platte gegeben haben, daher ein Standard auf jeder Platte. Ich werde das beim nächsten Gespräch mit dem Labormitarbeiter überprüfen.
Betreff: Freigabeparameter mit Einschränkungen für die 4PL-AnalyseHallo Ben,
Entschuldigen Sie, ich hatte gehofft, mich inzwischen bei Ihnen melden zu können, aber ich wurde in ein anderes Projekt hineingezogen. Ich hoffe, im Laufe der nächsten Woche darauf zurückzukommen und werde Sie informieren.
Vielen Dank für Ihre Bemühungen,
Grüße,
Mick.
