Partage de paramètres avec contraintes pour l'analyse 4PLSalut,
J'essaie de reproduire le travail de régression logistique à 4 paramètres de quelqu'un d'autre effectué dans GraphPad où ils ont la possibilité de partager l'asymptote supérieure et inférieure et peuvent contraindre la pente, quelqu'un peut-il fournir une lecture que je peux suivre afin que je puisse obtenir la même chose dans JMP ?
Merci,
Mick.
Modélisation statistique avancéeModélisation prédictive et apprentissage automatiqueObjet : Partage de paramètres avec contraintes pour l'analyse 4PLSalut @Mickyboy ,
J'ai un exemple ici où j'ai une croissance cellulaire vers laquelle je veux ajuster un modèle 4PL (et je connais peut-être déjà les valeurs d'asymptote ou de pente)
Accédez à Analyse > Modélisation spécialisée > Non linéaire. Dans la fenêtre qui s'ouvre, cliquez sur « Bibliothèque de modèles », sélectionnez Logistique 4P et cliquez sur « Créer une formule ». Comme le montre la formule de la capture d'écran, les termes thêta représentent les termes de la régression 4PL, avec :
Thêta1 – Asymptote inférieure
Thêta2 – Asymptote supérieure
Theta3 – Pente de la courbe/taux de croissance
Thêta4 – Point d'inflexion
Vous devrez définir les paramètres X et Y que vous utilisez (sur la photo ci-dessous, j'ai la densité optique et le temps, il existe également une option « Groupe » si vous avez plusieurs groupes avec des pentes différentes pour lesquelles vous souhaitez estimer les valeurs des paramètres).
Cela va ouvrir une fenêtre dans laquelle vous pourrez saisir vos valeurs de paramètres ou utiliser un outil de curseur pour démarrer les estimations de paramètres. C'est ici que vous pouvez ajouter les valeurs d'estimation que vous avez obtenues à partir de Graphpad.
Une fois que vous avez entré les valeurs, vous pouvez cliquer sur « Créer une formule » et cela créera une colonne de formule dans votre tableau de données.
Si vous souhaitez aller plus loin, revenez à la plate-forme non linéaire, placez la formule dans la formule du prédicteur et votre Y dans le rôle Y, puis vous pouvez utiliser la plate-forme non linéaire pour affiner les estimations des paramètres afin d'améliorer l'ajustement.
Vous trouverez plus d'informations sur la plateforme non linéaire ici .
J'espère que cela aide !
Merci,
Ben
Objet : Partage de paramètres avec contraintes pour l'analyse 4PL
Objet : Partage de paramètres avec contraintes pour l'analyse 4PLHabituellement, lorsque quelqu’un pose une question sur la limitation de la pente, la question suivante porte sur la puissance relative.
Si c'est là que vous allez, il existe une option appelée « Test Parallélisme » qui calcule la puissance relative pour vous
Objet : Partage de paramètres avec contraintes pour l'analyse 4PLSalut Ben,
Tout d'abord, merci beaucoup pour la réponse détaillée et excellente, mais comme je suis pressé et que je l'ai laissée jusqu'à la fin de la journée, j'ai pensé que je devrais développer à quoi ressemblent les données, ce que j'espère accomplir et ce que mes collègues aux États-Unis ont fait, malheureusement, en raison de problèmes de confidentialité, je ne peux pas partager les données.
Nous disposons d'un jeu de données, issu d'un immunoessai Luminex, où une plaque contient un étalon avec 8 dilutions de 3,5 fois et 5 échantillons avec 7 dilutions de 3,5 fois. Chaque plaque contient donc 86 points de données. Nous avons 59 plaques au total, la dernière n'étant pas pleine, ce qui nous donne un total de 5 032 points de données. Dans GraphPad, ils ont partagé l'asymptote supérieure de 266 900, l'asymptote inférieure de 0, et ont contraint la pente à 1, puis ont laissé le modèle calculer le D50 pour chaque échantillon. Le D50 doit être considéré comme le titre final à partir duquel nous effectuerons d'autres calculs, comme la proportion d'échantillons séroconvertis, etc. Est-ce logique ? Souhaitez-vous que je développe quelque chose ?
J'aimerais également faire quelques comparaisons de modèles, comme un modèle sans contrainte, ou partageant moins de paramètres, etc.
J'aimerais faire la même chose avec JMP, mais je ne pense pas que la solution ci-dessus résoudra mon problème, mais c'est de ma faute ; j'aurais dû être plus explicite. Tout conseil serait le bienvenu.
Merci Mick.
Objet : Partage de paramètres avec contraintes pour l'analyse 4PLSalut @Mickyboy ,
Bien sûr, dans ce cas, vous pouvez toujours utiliser la plate-forme non linéaire, dans ce cas, j'utilise les données d'échantillon « Bioassay » que vous pouvez trouver dans Aide > Index des échantillons.
Continuez à faire toutes les mêmes premières étapes pour assembler le modèle dans la bibliothèque de modèles de la plate-forme non linéaire - pour distinguer les regroupements (c'est-à-dire les normes et les échantillons), vous pouvez utiliser l'option « Groupe » dans la partie Créer une formule - vous devez ensuite saisir le nom du groupe de comparaison que vous souhaitez utiliser.
Comme vous pouvez le voir dans les curseurs ci-dessous, cela vous permet d'avoir une formule dans laquelle vous avez la formule Log4P avec des valeurs de paramètres individuelles avec l'ajout des valeurs Theta de chaque groupe.
C'est ici que vous pouvez choisir de modifier si les paramètres sont partagés (c'est-à-dire sans regroupement) ou individualisés par échantillon.
Lorsque vous importez la formule dans la plateforme non linéaire, vous pouvez utiliser l'option « Verrouiller » pour limiter les valeurs afin qu'elles ne soient pas modifiées lors de la convergence de la plateforme NL. Si vous souhaitez que les valeurs de Theta1 soient identiques, définissez les valeurs de groupe pour ce thêta sur 0.
Vous pouvez ensuite tout verrouiller sauf les valeurs thêta4 pour trouver les valeurs IC50, puis vous pouvez enregistrer les valeurs à l'aide du triangle rouge > Enregistrer les estimations dans le tableau pour obtenir vos valeurs.
Une autre option sans regroupement dans les formules
L'autre option vous évite le regroupement complexe des valeurs et vous permet d'obtenir une seule valeur « Thêta » séparée par groupe. Dans cet exemple, lorsque vous utilisez « Créer une formule », n'indiquez pas la valeur « Groupement ». Lorsque vous importez la formule dans la plateforme NL, utilisez plutôt l'option « Par » pour exécuter la formule NL sur chaque groupe individuellement.
Lorsque la page s'affiche, maintenez la touche Ctrl enfoncée et cliquez sur « Exécuter » pour exécuter l'analyse sur chaque paramètre. Comme précédemment, verrouillez les valeurs Thêta que vous ne souhaitez pas modifier, exécutez l'analyse, puis utilisez « Créer une table de données combinée » sur les valeurs des paramètres pour obtenir une table unique avec chaque valeur.
Pour la dernière option, j'ai rassemblé un fichier de projet que vous pouvez consulter.
Faites-moi savoir si vous avez d’autres questions !
Merci,
Ben
Objet : Partage de paramètres avec contraintes pour l'analyse 4PLMerci Ben, cela semble correct, donne-moi un peu de temps pour tout parcourir et je te répondrai.
Merci,
Mick.
Objet : Partage de paramètres avec contraintes pour l'analyse 4PLEst-ce à cela que ressemblent vos données ? (tableau ci-dessous)
Une autre question : que fait-on de l’étalon qui figure sur chaque plaque ?
Objet : Partage de paramètres avec contraintes pour l'analyse 4PL
Un aperçu rapide des données, je suppose, et je n'ai pas posé la question spécifiquement, il doit y avoir eu un effet pour la plaque, d'où une norme sur chaque plaque, je vérifierai la prochaine fois que je parlerai au responsable du laboratoire
Objet : Partage de paramètres avec contraintes pour l'analyse 4PLSalut Ben,
Mes excuses, j'espérais pouvoir vous répondre maintenant, mais j'ai été entraîné dans un autre projet. J'espère pouvoir y revenir au cours de la semaine prochaine et je vous le ferai savoir.
Merci pour vos efforts,
Salutations,
Mick.
