光譜數據+PLS-DA大家好！
我正在尋求幫助，看看是否有人可以指導我完成執行 PLS-DA 的基本步驟。
以下是我用來建立分類方法的原始資料表的範例。我正在處理光譜 FTIR 數據，我使用分類方法的目標是看看我是否可以根據樣本所接受的處理對樣本進行分類。
當我繼續該模型時，我總是發現 0 個因素是因素的最小化數量，因此我無法對任何事物進行分類。
我認為這很令人費解，因為我已經對所討論的光譜進行了曲線擬合分析，透過該分析，處理過的樣品和未處理的樣品之間存在明顯差異。此外，我繪製了處理過和未處理的光譜圖，發現明顯的視覺差異......因此，我懷疑我做錯了什麼。
我的問題是：
對於分類變量，我使用二進位代碼，當樣本未接受該處理時為 0，而當樣本接受該處理時為 1。這樣可以嗎，還是應該使用其他設定？
關於如何提高該資料集的分類效能還有其他建議嗎？ （我忘了說，在分析之前，所有光譜都已進行 SNV 標準化，以消除雜訊）。
先致謝！任何建議都將不勝感激:)
進階統計建模回覆：光譜數據+PLS-DA你好@Mariana_Aguilar ，
您能提供資料集來查看嗎？
PLS-DA 只能透過 JMP Pro實現，您使用的是 JMP Pro 嗎？對於二進位程式碼來說，這對於分類來說並不重要，因為 JMP Pro 將相應地分析資料。如果您使用的是 Pro，那麼可能也值得透過 Functional Data Explorer 來執行數據，這將為您提供一個功能性 PCA 圖，您可以使用它快速查看每個類別中曲線形狀之間是否存在差異。
這裡、 這裡和這裡有一些使用 JMP 進行光譜分析的很好的資源。
謝謝，
本
回覆：光譜數據+PLS-DA親愛的本，
謝謝您的善意回覆。我已將資料集文件附加到附件中。
我使用過功能資料瀏覽器，但不幸的是，使用 PCA，我無法根據收到的處理正確分離樣本。我讀到過，也許像 PLS-DA 這樣的監督方法會更有助於區分細微的差別。
提前致謝。
馬裡亞納
回覆：光譜數據+PLS-DA你好@Mariana_Aguilar ，
我查看了數據，我認為僅關注治療的二元方法是您的建模方法困難的原因之一，當我使用 FDE（無約束 MCR）和 PLS-DA 時，發現治療和所使用的蛋白質類型對光譜有顯著的影響 - 如果您只與治療相關，則該模型將無法找到合適的模型，因為您錯過了故事的一半。
謝謝，
本
回覆：光譜數據+PLS-DA親愛的本，再次感謝您的回覆。
我將按照您的建議繼續探索我的資料集。如果您不介意我問的話...您能與我分享您使用的數據腳本嗎？我只是想確保我遵循模型規格中的適當步驟（圖 1）。
如果可以的話我還有最後一個問題。一旦我到達分數圖（如圖 2 所示），您對如何包含日食來顯示分組有什麼建議嗎？我只能想到K均值，但我不知道在PLS-DA之後它是否有點多餘。
謝謝你！ ！
回覆：光譜數據+PLS-DA你好@Mariana_Aguilar ，
當然，找到附件。您可以嘗試根據得分值進行分組（在“保存列”>“保存分數”中），並嘗試將這些分數分組 - 我使用圖形生成器（在表格中編寫腳本）做了一個簡單的示例，您可以探索分析>聚類中可用的一些聚類方法，看看是否可以獲得有意義的分組。也值得嘗試 PLS 方法中的居中、縮放和標準化 X 的設置，因為對這些設置進行更改可以改善模型擬合（以及刪除不重要的 VIP 變數並重新運行模型）。
謝謝，
本
回覆：光譜數據+PLS-DA謝謝你，本，你的支持非常有幫助。我知道我說的是最後一個問題，但是我可以再問一個嗎？從我正在建立的 PLS-DA 模型中，我想包含一些與交叉驗證錯誤相關的統計數據或執行任何排列檢定來測試模型的有效性。
我在 PLS-DA 視窗紅色三角形下的選單上找不到任何這樣的值...您介意指出我執行這些測試的正確方向嗎？
再次感謝您的幫忙。
馬裡亞納
回覆：光譜數據+PLS-DA你好@Mariana_Aguilar ，
交叉驗證報告將為您提供有關模型如何使用訓練數據執行的詳細信息，我建議您查看此頁面（並查看一些有關“根平均壓力”和“如何計算 X2”的鏈接）以了解更多信息。
謝謝，
本
