스펙트럼 데이터 + PLS-DA여러분, 안녕하세요!
PLS-DA를 시행하기 위한 기본 단계를 안내해 줄 수 있는 분이 있는지 문의드립니다.
아래는 분류 방법을 구축하기 위해 사용하는 원시 데이터 표의 예입니다. 저는 스펙트럼 FTIR 데이터를 사용하고 있으며, 분류 방법을 사용하는 목적은 샘플을 처리 방식에 따라 분류할 수 있는지 확인하는 것입니다.
모델을 진행하다 보면 항상 0개의 요인이 요인의 개수를 최소화한다는 결론을 내리게 되고, 따라서 아무것도 분류할 수 없게 됩니다.
문제의 스펙트럼에 대해 이미 곡선 적합 분석을 수행했는데, 그 분석 결과 처리된 샘플과 처리되지 않은 샘플 사이에 명확한 차이가 있었기 때문에 이게 의아했습니다. 게다가 처리된 스펙트럼과 처리되지 않은 스펙트럼을 그래프로 그려보니 시각적으로 명확한 차이가 있었습니다... 그래서 제가 뭔가 잘못하고 있는 것 같습니다.
제 질문은 다음과 같습니다.
분류 변수에는 이진 코드를 사용하고 있는데, 표본에 해당 처리를 하지 않은 경우는 0, 처리를 한 경우는 1입니다. 이렇게 설정해도 괜찮을까요, 아니면 다른 설정을 사용해야 할까요?
이 데이터 세트의 분류 성능을 개선하기 위한 다른 제안이 있나요? (모든 스펙트럼은 노이즈를 고려하기 위해 분석에 앞서 SNV(시퀀스 분포) 정규화되었다는 것을 말씀드리는 걸 깜빡했습니다).
미리 감사드립니다! 어떤 제안이든 감사히 받겠습니다.:)
고급 통계 모델링Re: 스펙트럼 데이터 + PLS-DA안녕하세요 @마리아나_아길라르 ,
살펴볼 수 있는 데이터 세트를 제공해 주실 수 있나요?
PLS-DA는 JMP Pro를 통해서만 가능한데, 사용하시는 프로그램이 JMP Pro인가요? 이진 코드의 경우, JMP Pro가 데이터를 자동으로 분석하므로 분류에는 문제가 되지 않습니다. Pro를 사용하시는 경우, 함수형 데이터 탐색기를 통해 데이터를 분석해 보는 것도 좋습니다. 이렇게 하면 각 범주의 곡선 모양에 차이가 있는지 빠르게 확인할 수 있는 함수형 PCA 플롯이 생성됩니다.
JMP를 이용한 스펙트럼 분석에 대한 유용한 자료는 여기 , 여기 , 여기에 있습니다.
감사해요,
벤
Re: 스펙트럼 데이터 + PLS-DA친애하는 벤,
친절한 답변 감사합니다. 데이터 세트 파일을 첨부했습니다.
함수형 데이터 탐색기를 사용해 봤는데, 안타깝게도 PCA를 사용하면서 처리 방식에 따라 샘플을 제대로 분리할 수 없었습니다. PLS-DA와 같은 지도 학습 방법이 미묘한 차이를 구분하는 데 더 도움이 될 수 있다는 글을 읽었습니다.
미리 감사드립니다.
마리아나
Re: 스펙트럼 데이터 + PLS-DA안녕하세요 @마리아나_아길라르 ,
데이터를 살펴본 결과, 치료법만 보는 이진 접근 방식이 모델링 접근 방식이 어려운 이유 중 하나라고 생각합니다. FDE(제약 없는 MCR)와 PLS-DA를 살펴보면, 스펙트럼에 사용된 단백질 유형 과 치료법의 효과가 상당합니다. 치료법에만 연관시키면 이야기의 절반을 놓치기 때문에 적합한 모델을 찾을 수 없습니다.
감사해요,
벤
Re: 스펙트럼 데이터 + PLS-DA벤님, 답변 주셔서 다시 한번 감사드립니다.
제안하신 대로 데이터 세트를 계속 탐색해 보겠습니다. 혹시 괜찮으시다면 사용하신 데이터 스크립트를 공유해 주실 수 있을까요? 모델 사양(이미지 1)의 단계를 제대로 따르고 있는지 확인하고 싶습니다.
마지막으로 질문 하나만 더 드리겠습니다. 점수 플롯(그림 2처럼)에 도달했을 때, 그룹화를 표시하기 위해 일식을 어떻게 포함할 수 있을지 제안해 주시겠어요? K 평균만 생각나는데, PLS-DA 이후에는 좀 중복되는 것 같은데요.
감사합니다!!
Re: 스펙트럼 데이터 + PLS-DA안녕하세요 @마리아나_아길라르 ,
네, 첨부된 파일을 확인해 보세요. 점수 값(열 저장 > 점수 저장)을 그룹화하고, 해당 점수를 사용하여 그룹화해 볼 수 있습니다. 그래프 빌더(표에 스크립트로 작성)로 간단한 예제를 만들어 봤습니다. 분석 > 클러스터링에서 사용 가능한 클러스터링 방법을 살펴보고 의미 있는 그룹화를 얻을 수 있는지 확인해 보세요. PLS 방법의 중앙화, 스케일링, X 표준화 설정을 조정해 보는 것도 좋습니다. 이러한 설정을 변경하면 모델 적합도가 향상될 수 있습니다(중요하지 않은 VIP 변수를 제거하고 모델을 다시 실행하는 것도 가능합니다).
감사해요,
벤
Re: 스펙트럼 데이터 + PLS-DA벤, 감사합니다. 당신의 지원이 정말 큰 도움이 되었습니다. 마지막 질문을 드린 것 같은데, 하나 더 여쭤봐도 될까요? 제가 구축 중인 PLS-DA 모델에서 교차 검증 오류 관련 통계를 포함하거나, 모델의 타당성을 검증하기 위한 순열 검정을 수행하고 싶습니다.
PLS-DA 창의 빨간색 삼각형 아래에 있는 메뉴에서 그런 값을 찾는 데 운이 없었습니다. 이 테스트를 수행하기 위한 올바른 방향을 알려주시겠습니까?
다시 한번 친절한 도움에 감사드립니다.
마리아나
Re: 스펙트럼 데이터 + PLS-DA안녕하세요 @마리아나_아길라르 ,
교차 검증 보고서는 훈련 데이터로 모델이 어떻게 수행되었는지에 대한 세부 정보를 제공합니다. 자세한 내용은 이 페이지(및 루트 평균 프레스, X2 계산 방법 등에 대한 링크)를 참조하세요.
감사해요,
벤
