スペクトルデータ + PLS-DAこんにちは、みんな！
PLS-DA を実行するための基本的な手順を誰かが教えてくれるかどうか知りたいと思っています。
以下は、分類方法を構築するために使用している生データテーブルの例です。FTIRスペクトルデータを使用しており、この分類方法の目的は、サンプルが受けた処理に応じて分類できるかどうかを確認することです。
モデルを進めていくと、必ず 0 個の因子が最小の因子数となり、したがって何も分類できないことがわかります。
これは不可解だと思いました。問題のスペクトルに対して既にカーブフィッティング解析を行っており、その解析では処理済みサンプルと未処理サンプルの間に明確な違いが見られました。さらに、処理済みと未処理のスペクトルをグラフ化したところ、視覚的に明らかな違いが見られました。そのため、何か間違っているのではないかと疑っています。
私の質問は次のとおりです:
分類変数については、サンプルがその処理を受けていない場合は0、受けた場合に1というバイナリコードを使用しています。これで問題ありませんか？それとも別の設定にした方が良いでしょうか？
このデータセットの分類パフォーマンスを向上させるための他の提案はありますか? (ノイズを考慮するために、分析前にすべてのスペクトルが SNV 正規化されていることを忘れていました)。
よろしくお願いします！何かご提案があればぜひお願いします:)
高度な統計モデリングスペクトルデータ + PLS-DAについてこんにちは@マリアナ・アギラール 、
確認するためのデータセットを提供することは可能ですか?
PLS-DAはJMP Proでのみ可能ですが、JMP Proをご利用ですか？バイナリコードについては、JMP Proがそれに応じてデータを分析するため、分類には影響しません。Proをご利用の場合は、Functional Data Explorerでデータを実行することも検討すると良いでしょう。これにより、各カテゴリの曲線の形状に違いがあるかどうかを素早く確認できる機能PCAプロットが得られます。
JMP を使用したスペクトル分析に関する優れたリソースは、 ここ、 ここ、 ここにあります。
ありがとう、
ベン
スペクトルデータ + PLS-DAについて親愛なるベンへ
ご丁寧なご返信ありがとうございます。データセットのファイルを添付いたしました。
機能データエクスプローラーを使用しましたが、残念ながらPCAではサンプルを処理に応じて適切に分離できませんでした。微妙な違いを区別するには、PLS-DAのような教師あり分析の方が役立つかもしれないと読んだことがあります。
前もって感謝します。
マリアナ
スペクトルデータ + PLS-DAについてこんにちは@マリアナ・アギラール 、
私はデータを見て、処理のみに着目するバイナリ アプローチが、モデリング アプローチが困難である理由の 1 つであると考えました。FDE (制約なし MCR) と PLS-DA で見ると、処理とスペクトルに使用されるタンパク質の種類から大きな影響があります。処理のみに関連している場合、ストーリーの半分を見逃しているため、モデルは適切なモデルに到達できないでしょう。
ありがとう、
ベン
スペクトルデータ + PLS-DAについてベン様、再度お返事ありがとうございます。
ご提案いただいた通り、データセットの調査を続けていきます。もしよろしければ、使用したデータスクリプトを共有していただけますか？モデル仕様（画像1）の適切な手順に従っているか確認したいのですが。
最後にもう一つ質問させてください。スコアプロット（画像2）まで到達した後、グループ分けを示すために重複を含める方法について何かアドバイスはありますか？K平均法しか思い浮かばないのですが、PLS-DAの後で少し冗長になるのではないかと心配です。
ありがとう！！
スペクトルデータ + PLS-DAについてこんにちは@マリアナ・アギラール 、
はい、添付のファイルをご覧ください。スコア値（「列を保存」>「スコアを保存」）からグループ化を試してみて、それらのスコアをまとめてグループ化してみてください。グラフビルダーを使った簡単な例（表にスクリプトを記述）を用意しましたので、「分析」>「クラスタリング」で利用可能なクラスタリング手法をいくつか試してみて、意味のあるグループ化ができるかどうかを確認してください。また、PLS法のセンタリング、スケーリング、標準化Xの設定を試してみるのも価値があります。これらの設定を変更することで、モデルの適合性が向上する可能性があります（重要でないVIP変数を削除してモデルを再実行することもできます）。
ありがとう、
ベン
スペクトルデータ + PLS-DAについてベンさん、ありがとうございます。あなたのサポートは本当に助かりました。最後に質問しましたが、もう一つお聞きしてもよろしいでしょうか？構築中のPLS-DAモデルに、クロスバリデーションエラーに関連する統計量を追加したり、モデルの妥当性を検証するために順列検定を実行したりしたいと思っています。
PLS-DA ウィンドウの赤い三角形の下のメニューでそのような値を見つけることができませんでした...このテストを実行するための正しい方向を教えていただけますか?
親切なご助力に改めて感謝申し上げます。
マリアナ
スペクトルデータ + PLS-DAについてこんにちは@マリアナ・アギラール 、
クロス検証レポートには、モデルがトレーニング データでどのように機能したかについての詳細が提供されます。詳細については、このページ (および「Root mean press」や「X2 の計算方法」などのリンクを参照) を参照することをお勧めします。
ありがとう、
ベン
