849430_zh-TW

liliconcom

預測 Bionano 基因組光學圖譜組裝的計算時間 (2019-US-EPO-175)

程度：初學者

Pat Lynch，Bionano Genomics 系統工程總監

Bionano Genomics Saphyr® 系統將奈米通道陣列與光學映射相結合，對已線性化的極長、高分子量 DNA 進行成像。這使得檢測基因組中從 500 個鹼基對到兆鹼基長度的結構變異成為可能，超過了任何其他技術的檢測範圍。作為完整工作流程的一部分，Saphyr 儀器成像的分子透過 Bionano Solve 流程以計算方式組裝成基因組圖譜。該過程需要大量計算。為了更好地預測完成基因組組裝所需的時間，我們使用 JMP 建立了一個可以預測所需時間的模型。輸入參數最初包括所有可用的資料品質指標，然後減少到具有統計影響的較少數量的變數。使用初始資料集來建立模型。然後，該模型被用於後續資料集，以預測基因組組裝所需的資源。這張海報介紹了用於確定預測模型的方法，然後評估了模型的有效性。