Nivel: Principiante
Pat Lynch, Director de Ingeniería de Sistemas, Bionano Genomics
El sistema Saphyr® de Bionano Genomics combina matrices de nanocanales con mapeo óptico para obtener imágenes de ADN extremadamente largo y de alto peso molecular, linealizado. Esto permite la detección de variantes estructurales en el genoma con longitudes desde 500 pares de bases hasta megabases, superando el rango de detección de cualquier otra tecnología. Como parte del flujo de trabajo completo, las moléculas obtenidas por el instrumento Saphyr se ensamblan computacionalmente en mapas genómicos mediante la línea de procesamiento Bionano Solve. Este proceso requiere un alto consumo computacional. Para predecir mejor el tiempo necesario para completar el ensamblaje del genoma, utilizamos JMP para generar un modelo que predijera su duración. Los parámetros de entrada incluyeron inicialmente todas las métricas de calidad de datos disponibles, y posteriormente se redujeron a un número menor de variables que demostraron tener impacto estadístico. Se utilizó un conjunto de datos inicial para establecer el modelo. Posteriormente, el modelo se empleó en conjuntos de datos posteriores para predecir los recursos necesarios para el ensamblaje del genoma. Este póster presenta los métodos utilizados para determinar el modelo de predicción y evalúa su eficacia.
