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预测 Bionano 基因组光学图谱组装的计算时间 (2019-US-EPO-175)

级别：初学者

Pat Lynch，Bionano Genomics 系统工程总监

Bionano Genomics Saphyr® 系统将纳米通道阵列与光学图谱技术相结合，可对线性化的超长高分子量 DNA 进行成像。这使得检测基因组中长度从 500 碱基对到兆碱基对的结构变异成为可能，这超出了任何其他技术的检测范围。作为完整工作流程的一部分，Saphyr 仪器成像的分子将通过 Bionano Solve 流程以计算方式组装成基因组图谱。此过程计算量巨大。为了更好地预测完成基因组组装所需的时间，我们使用 JMP 软件建立了一个模型来预测组装所需的时间。输入参数最初包含所有可用的数据质量指标，然后精简为较少数量的已证明具有统计影响的变量。我们使用初始数据集建立了模型。然后，该模型将用于后续数据集，以预测基因组组装所需的资源。本海报介绍了用于确定预测模型的方法，并评估了模型的有效性。