バイオナノゲノミクス光学マップアセンブリの計算時間の予測（2019-US-EPO-175）レベル: 初心者
パット・リンチ、バイオナノ・ゲノミクス、システムエンジニアリング担当ディレクター
Bionano Genomics Saphyr®システムは、ナノチャネルアレイと光学マッピングを組み合わせることで、直線化された極めて長い高分子量DNAをイメージングします。これにより、500塩基対からメガベースまでの長さのゲノム構造変異の検出が可能になり、他のどの技術の検出範囲も超えます。ワークフロー全体の一部として、Saphyr装置でイメージングされた分子は、Bionano Solveパイプラインによって計算的にゲノムマップにアセンブルされます。このプロセスは膨大な計算量を必要とします。ゲノムアセンブリの完了に必要な時間をより正確に予測するために、JMPを用いて所要時間を予測するモデルを構築しました。入力パラメータには、当初利用可能なすべてのデータ品質指標が含まれていましたが、その後、統計的影響が認められる少数の変数に絞り込まれました。初期データセットを用いてモデルを構築し、その後、後続のデータセットでこのモデルを用いてゲノムアセンブリに必要なリソースを予測しました。本ポスターでは、予測モデルの構築に使用した手法を紹介し、モデルの有効性を評価します。
