레벨: 초보자
Pat Lynch, 시스템 엔지니어링 부문 이사, Bionano Genomics
Bionano Genomics Saphyr® 시스템은 NanoChannel 어레이와 광학 매핑을 결합하여 선형화된 매우 길고 고분자량 DNA를 이미징합니다. 이를 통해 500 염기쌍에서 최대 수 메가베이스 길이의 유전체 구조 변이를 검출할 수 있으며, 이는 다른 어떤 기술의 검출 범위보다 뛰어납니다. 전체 워크플로의 일부로, Saphyr 장비로 이미징된 분자는 Bionano Solve 파이프라인을 통해 유전체 맵으로 계산적으로 조립됩니다. 이 과정은 계산 집약적입니다. 유전체 조립 완료에 필요한 시간을 더 정확하게 예측하기 위해 JMP를 사용하여 소요 시간을 예측하는 모델을 구축했습니다. 처음에는 사용 가능한 모든 데이터 품질 지표를 입력 매개변수로 사용했지만, 이후 통계적 영향을 미치는 것으로 확인된 소수의 변수로 축소했습니다. 초기 데이터 세트를 사용하여 모델을 구축했습니다. 이후 이 모델을 후속 데이터 세트에 적용하여 유전체 조립에 필요한 리소스를 예측했습니다. 이 포스터는 예측 모델을 결정하는 데 사용된 방법을 제시하고 모델의 효능을 평가합니다.
