Niveau : Débutant
Pat Lynch, directeur, ingénierie des systèmes, Bionano Genomics
Le système Saphyr® de Bionano Genomics associe des matrices NanoChannel à la cartographie optique pour imager des ADN extrêmement longs et de haut poids moléculaire, linéarisés. Cela permet de détecter des variants structuraux du génome, d'une longueur comprise entre 500 paires de bases et plusieurs mégabases, dépassant ainsi la portée de détection de toute autre technologie. Dans le cadre du flux de travail complet, les molécules imagées par l'instrument Saphyr sont assemblées informatiquement en cartes génomiques par le pipeline Bionano Solve. Ce processus est gourmand en ressources informatiques. Afin de mieux prédire le temps nécessaire à l'assemblage du génome, nous avons utilisé JMP pour élaborer un modèle prédictif de la durée de l'opération. Les paramètres d'entrée comprenaient initialement toutes les mesures de qualité des données disponibles, puis ont été réduits à un nombre réduit de variables dont l'impact statistique a été démontré. Un ensemble de données initial a été utilisé pour établir le modèle. Ce modèle a ensuite été appliqué aux ensembles de données suivants afin de prédire les ressources nécessaires à l'assemblage du génome. Ce poster présente les méthodes utilisées pour déterminer le modèle de prédiction, puis évalue son efficacité.
