Xueting Wang escribió esta entrada de blog. Xueting Wang desarrolló este complemento como parte del...Pasantía de verano de pregrado en bioestadísticaPrograma (BUSI) en la Universidad de Carolina del Norte en Chapel Hill.
Introducción
¿Qué visualización de datos utiliza para visualizar la evidencia de diferentes estudios e interpretar los hallazgos generales de una revisión sistemática? El diagrama de bosque (forest plot) es una buena opción, ya que muestra varios intervalos de confianza o intervalos de credibilidad verticalmente en un espacio compacto. El complemento JMP Forest Plot (válido para JMP 17 y versiones posteriores) proporciona una forma sencilla de generar diagramas de bosque y tiene numerosas aplicaciones, lo que le ayuda a presentar diversos resultados, incluyendo:
- Un único punto final para múltiples estudios, así como la estimación general de ese punto final en todos los estudios.
- Múltiples puntos finales de un estudio.
- Un único punto final dentro de los subgrupos.
- Resultados observados o cualquier cambio desde el valor inicial para un único punto final a lo largo del tiempo.
Diálogo y roles
Figure 1. Forest Plot Add-In dialogFigura 1. Cuadro de diálogo del complemento Forest Plot
Los roles del diálogo incluyen:
- Subgrupo es el valor de una columna de caracteres que designa una columna como factor de subgrupo. Al aplicarlo, las filas individuales con el mismo subgrupo se agrupan. Se presenta en el eje Y con los valores de Etiqueta anidados dentro de los valores de Subgrupo.
- Etiqueta (obligatorio) es el valor de una columna de caracteres que se muestra en el eje Y. Se supone que los valores de la columna Etiqueta son únicos en las filas de la tabla de datos si no se utiliza el Subgrupo, o únicos dentro de las filas para cada valor del Subgrupo si se utiliza.
- Límite inferior (obligatorio) es el valor de una columna numérica que presenta el valor del límite inferior del intervalo de confianza o credibilidad para la estimación.
- Valor central (obligatorio) es el valor de una columna numérica que contiene la estimación para la cual se está resumiendo el intervalo de confianza o creíble.
- Límite superior (obligatorio) es el valor de una columna numérica que presenta el valor del límite superior del intervalo de confianza o credibilidad para la estimación.
- El texto del intervalo de confianza es el valor de una columna de caracteres que muestra el texto en el eje derecho, generalmente incluyendo la estimación y el intervalo de confianza.
- Tamaño es el valor de una columna numérica que contiene el tamaño de muestra de cada fila que se utilizará para modificar el tamaño del marcador para el Valor central.
Hay varias otras opciones en el diálogo:
Al marcar esta casilla se agregará una línea de referencia vertical discontinua basada en el valor nulo y se habilitará:
- Preferencias de color para intervalos por encima/por debajo del valor nulo: Hay tres opciones de color para los intervalos. Esto puede ayudar a resaltar los intervalos que excluyen el valor nulo. Si el intervalo incluye el valor nulo, se mostrará en negro.
- Valor nulo: este cuadro establece el valor nulo según su preferencia.
- Orden de la tabla de datos
Al marcar esta opción, el diagrama de bosque mostrará las filas en el orden en que se encuentran en la tabla de datos. De lo contrario, las filas se mostrarán en orden inverso.
- Añadir diamante de confianza para la etiqueta general o total
Cuando el valor de la Etiqueta de la última fila sea igual a General o Total, un diamante en lugar de un marcador regular representará el intervalo de confianza o creíble.
Cómo utilizar
- Descargue el complemento Forest Plot desde JMP Marketplace y haga doble clic para instalarlo. Una vez instalado, lo encontrará en el menú Complementos.
- Abra una tabla de datos. Seleccione Complementos > Diagrama de bosque para abrir el cuadro de diálogo.
- Arrastre columnas a Roles en el cuadro de diálogo y seleccione otras opciones adecuadas.
- Haga clic en Ejecutar para generar el gráfico.
Ahora mostraremos cómo utilizar el complemento Forest Plot con varias tablas de datos de la literatura médica.
ForestPlotSample_HBV.jmp contiene los criterios de valoración binarios principal y seis secundarios de un ensayo clínico en pacientes con infección crónica por el virus de la hepatitis B (VHB). Incluye las columnas Tipo de criterio de valoración (subgrupo), Etiqueta, Diferencia de proporciones entre entecavir y lamivudina, los límites inferior y superior de los intervalos de confianza del 95%, y un campo formateado con el texto de la estimación y el intervalo de confianza del 95%. El diagrama de bosque básico con columnas asignadas a roles se presenta en la Figura 2 con Valor Nulo = 0.
Figure 2. HBV exampleFigura 2. Ejemplo de VHB
El diagrama de bosque producido utilizando los datos de VHB se presenta en la Figura 3. Los intervalos de confianza completamente a la derecha de la línea de referencia están coloreados en azul como una señal visual de que estos intervalos no contienen el valor nulo.
Figure 3. HBV forest plot without Subgroup and Confidence Interval textFigura 3. Diagrama forestal de VHB sin texto de subgrupos e intervalos de confianza
Podemos aplicar las funciones de texto Subgrupo (Tipo de punto final) e Intervalo de confianza a este gráfico (Figura 4). Ahora, la etiqueta está anidada dentro del subgrupo en el eje izquierdo, y el texto Intervalo de confianza se ubica en el eje derecho.
Figure 4. HBV forest plot with Subgroup and Confidence Interval textFigura 4. Diagrama de bosque de VHB con texto de subgrupo e intervalo de confianza
Utilizamos la tabla de datos ForestPlotSample_RosaMeta.jmp , que contiene una columna de frecuencia y una fila “general” para demostrar el rol de Tamaño y la opción Agregar diamante de confianza para etiqueta general o total para un metanálisis de pacientes con diabetes mellitus tipo II (T2DM).
Figure 5. T2DM exampleFigura 5. Ejemplo de diabetes tipo 2
La Figura 6 presenta un diagrama de bosque con la función "Tamaño" y el diamante de confianza adicional para la etiqueta "General" o "Total" aplicados. El tamaño del marcador de la estimación de cada intervalo varía según la columna de recuento, que representa el tamaño de la muestra. Se dibuja un diamante de confianza para el resultado del metanálisis en la fila "General" en la parte inferior del diagrama.
Figure 6. T2DM forest plot with Size and Confidence DiamondFigura 6. Diagrama forestal de diabetes tipo 2 con diamante de tamaño y confianza
Este nuevo complemento soluciona varios problemas identificados en versiones anteriores del complemento Forest Plot (más detalles aquí ). Además, a excepción del rombo de confianza, todos los elementos se generan con la funcionalidad nativa del Constructor de Gráficos, lo que facilita a los usuarios modificar el color o el tamaño de los símbolos de los forest plots más allá de lo que produce inicialmente el complemento. ¿Le molesta el esquema de colores azul y rojo para resaltar intervalos? Ahora puede cambiar estos colores según sus preferencias, y el script de la presentación modificada se puede guardar en la tabla de datos para reflejar cualquier modificación posterior al complemento.
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