Xueting Wang 撰写了这篇博文。Xueting Wang 开发了此插件,作为生物统计学本科生暑期实习(BUSI)北卡罗来纳大学教堂山分校的项目。

介绍
当您想要查看来自不同研究的证据并解释系统综述的总体结果时,您会使用哪种数据可视化工具?森林图是一个不错的选择,因为它可以在紧凑的空间内垂直显示多个置信区间或可信区间。JMP 森林图插件(适用于 JMP 17 及更高版本)提供了一种生成森林图的简单方法,并拥有丰富的应用,可帮助您呈现各种结果,包括:
- 多个研究的单一终点,以及跨研究的该终点的总体估计。
- 一项研究的多个终点。
- 子组内的单个端点。
- 单个终点随时间观察到的结果或相对于基线的任何变化。
对话和角色
Figure 1. Forest Plot Add-In dialog图 1. 森林图插件对话框
对话框的角色包括:
- 子组是字符列的值,用于指定某一列作为子组因子。应用该子组后,具有相同子组的各个行将被分组在一起。它将显示在 Y 轴上,其中标签值嵌套在子组值中。
- 标签(必需)是显示在 Y 轴上的字符列的值。如果未使用“子组”,则假定“标签”列的值在数据表的各行中是唯一的;如果使用了“子组”,则假定“标签”列的值在各行中对于每个“子组”的值都是唯一的。
- 下限(必需)是数字列的值,表示估计的可信度或置信区间的下限值。
- 中心值(必需)是包含可信或置信区间正在汇总的估计值的数字列的值。
- 上限(必需)是数字列的值,表示估计的可信度或置信区间的上限值。
- 置信区间文本是在右轴上显示文本的字符列的值,通常包括估计值和置信区间。
- 大小是包含每行样本大小的数字列的值,将用于修改中心值的标记大小。
对话框中还有其他几个选项:
选中此框将根据空值添加虚线垂直参考线并启用:
- 高于/低于空值的区间颜色首选项:区间颜色有三种选项。这有助于突出显示不包含空值的区间。如果区间包含空值,则颜色为黑色。
- 空值:此框根据您的偏好设置空值。
- 数据表顺序
勾选此选项后,森林图将按照数据表中的顺序显示行。否则,行将按照数据表中的反向顺序显示。
当最后一行的标签值等于“总体”或“总计”时,将用菱形(而不是常规标记)来表示置信区间或可信区间。
如何使用
- 从 JMP Marketplace 下载森林图插件并双击安装。安装完成后,您可以在插件菜单中找到它。
- 打开数据表。然后选择“插件”>“森林图”以打开对话框。
- 将列拖到对话框中的角色中并选择其他适当的选项。
- 单击“运行”即可生成图表。
现在我们将展示如何使用 Forest Plot Add-In 和来自医学文献的几个数据表。
ForestPlotSample_HBV.jmp包含一项针对慢性乙型肝炎病毒 (HBV) 感染患者的临床试验的主要二元终点和六个次要二元终点。它包含以下列:终点类型(亚组)、标签、恩替卡韦与拉米夫定的比例差异、95% 置信区间的下限和上限,以及一个包含估计值和 95% 置信区间文本的格式化字段。图 2 显示了已分配角色列的基本森林图,其中零值 = 0。
Figure 2. HBV example图 2. HBV 示例
图 3 显示了使用 HBV 数据生成的森林图。参考线右侧的置信区间被标为蓝色,以视觉提示这些区间不包含零值。
Figure 3. HBV forest plot without Subgroup and Confidence Interval text图 3. 不包含子组和置信区间文本的 HBV 森林图
我们可以将“子组(端点类型)”和“置信区间”文本角色应用于此图(图 4)。现在,“标签”嵌套在左轴的“子组”中,“置信区间”文本位于右轴上。
Figure 4. HBV forest plot with Subgroup and Confidence Interval text图 4. 包含子组和置信区间文本的 HBV 森林图
我们使用数据表ForestPlotSample_RosaMeta.jmp ,其中包含频率列和“总体”行,以演示针对 II 型糖尿病 (T2DM) 患者的荟萃分析的“大小”角色和“为总体或总计添加置信度菱形标签”选项。
Figure 5. T2DM example图 5. 2 型糖尿病示例
图 6 展示了一个森林图,其中应用了“大小”角色,并添加了“总体”或“总计”置信度菱形标签。每个区间估计值的标记大小根据计数列(代表样本量)而变化。图底部的“总体”行中,为元分析结果绘制了一个置信度菱形。
Figure 6. T2DM forest plot with Size and Confidence Diamond图 6. 具有大小和置信度菱形的 T2DM 森林图
这个新插件解决了森林图插件早期版本中发现的几个问题(详情请见此处)。此外,除“置信度”菱形外,所有元素均使用原生的“图形生成器”功能生成,方便用户修改森林图的颜色或符号大小,使其超越插件最初生成的范围。讨厌强调区间的蓝红配色方案?现在可以根据用户偏好更改这些颜色,并且修改后的演示文稿脚本可以保存到数据表中,以反映插件生成后的任何修改。
如果您喜欢这个插件,请给我们五星好评!您可以在问答中提出新功能需求。