Xueting Wang ha scritto questo post sul blog. Xueting Wang ha sviluppato questo componente aggiuntivo come parte delTirocinio estivo di laurea triennale in biostatistica(BUSI) presso l'Università della Carolina del Nord a Chapel Hill.
Introduzione
Quale visualizzazione dei dati si utilizza quando si desidera visualizzare le evidenze di diversi studi e interpretare i risultati complessivi di una revisione sistematica? Il forest plot è una buona scelta, poiché mostra diversi intervalli di confidenza o intervalli di credibilità verticalmente in uno spazio compatto. Il componente aggiuntivo Forest Plot di JMP (valido per JMP 17 e versioni successive) offre un modo semplice per generare forest plot e offre numerose applicazioni, aiutando a presentare una varietà di risultati, tra cui:
- Un singolo endpoint per più studi, nonché la stima complessiva di tale endpoint per tutti gli studi.
- Endpoint multipli di uno studio.
- Un singolo endpoint all'interno dei sottogruppi.
- Risultati osservati o eventuali variazioni rispetto al basale per un singolo endpoint nel tempo.
Dialogo e ruoli
Figure 1. Forest Plot Add-In dialogFigura 1. Finestra di dialogo del componente aggiuntivo Forest Plot
I ruoli del dialogo includono:
- Il sottogruppo è il valore di una colonna di caratteri che designa una colonna come fattore di sottogruppo. Quando viene applicato, le singole righe con lo stesso sottogruppo verranno raggruppate. Verrà presentato sull'asse Y con i valori di Etichetta annidati all'interno dei valori di Sottogruppo.
- Etichetta (obbligatorio) è il valore di una colonna di caratteri visualizzato sull'asse Y. Si presume che i valori della colonna Etichetta siano univoci in tutte le righe della tabella dati se non si utilizza Sottogruppo, oppure univoci all'interno delle righe per ciascun valore di Sottogruppo, se utilizzato.
- Limite inferiore (obbligatorio) è il valore di una colonna numerica che presenta il valore del limite inferiore dell'intervallo di credibilità o di confidenza per la stima.
- Valore centrale (obbligatorio) è il valore di una colonna numerica che contiene la stima per la quale viene riepilogato l'intervallo di credibilità o di confidenza.
- Limite superiore (obbligatorio) è il valore di una colonna numerica che presenta il valore del limite superiore dell'intervallo di credibilità o di confidenza per la stima.
- Il testo dell'intervallo di confidenza è il valore di una colonna di caratteri che mostra il testo sull'asse destro, solitamente includendo la stima e l'intervallo di confidenza.
- La dimensione è il valore di una colonna numerica che contiene la dimensione del campione di ciascuna riga che verrà utilizzata per modificare la dimensione del marcatore per il valore centrale.
Nella finestra di dialogo sono presenti diverse altre opzioni:
- Aggiungi riferimento nullo
Selezionando questa casella verrà aggiunta una linea di riferimento verticale tratteggiata basata sul valore nullo e verrà abilitato:
- Preferenze colore per intervalli sopra/sotto il valore nullo: sono disponibili tre opzioni per il colore degli intervalli. Può aiutare a mettere in risalto gli intervalli che escludono il valore nullo. Se l'intervallo include il valore nullo, sarà nero.
- Valore nullo: questa casella imposta il valore nullo in base alle tue preferenze.
- Ordine della tabella dati
Quando questa opzione è selezionata, il grafico a foresta presenterà le righe nell'ordine in cui si trovano nella tabella dati. In caso contrario, le righe saranno visualizzate nell'ordine inverso rispetto alla tabella dati.
- Aggiungi il diamante di fiducia per l'etichetta complessiva o totale
Quando il valore dell'etichetta per l'ultima riga è uguale a Totale o Totale, un diamante anziché un normale marcatore rappresenterà l'intervallo di confidenza o credibilità.
Come usare
- Scarica il componente aggiuntivo Forest Plot da JMP Marketplace e fai doppio clic per installarlo. Una volta installato, lo troverai nel menu Componenti aggiuntivi.
- Apri una tabella dati. Quindi seleziona Componenti aggiuntivi > Grafico a foresta per aprire la finestra di dialogo.
- Trascinare le colonne in Ruoli nella finestra di dialogo e selezionare altre opzioni appropriate.
- Fare clic su Esegui per produrre il grafico.
Ora mostreremo come utilizzare il componente aggiuntivo Forest Plot con diverse tabelle di dati tratte dalla letteratura medica.
ForestPlotSample_HBV.jmp contiene gli endpoint binari primari e sei secondari di uno studio clinico su pazienti con infezione cronica da virus dell'epatite B (HBV). Include le colonne Tipo di endpoint (sottogruppo), Etichetta, Differenza nelle proporzioni tra entecavir e lamivudina, i limiti inferiore e superiore degli intervalli di confidenza al 95% e un campo formattato contenente il testo della stima e dell'intervallo di confidenza al 95%. Il forest plot di base con colonne assegnate ai ruoli è presentato nella Figura 2 con Valore Nullo = 0.
Figure 2. HBV exampleFigura 2. Esempio di HBV
Il diagramma a foresta prodotto utilizzando i dati HBV è presentato nella Figura 3. Gli intervalli di confidenza completamente a destra della linea di riferimento sono colorati in blu come indicazione visiva che tali intervalli non contengono il valore nullo.
Figure 3. HBV forest plot without Subgroup and Confidence Interval textFigura 3. Diagramma forestale HBV senza testo di sottogruppo e intervallo di confidenza
Possiamo applicare i ruoli di testo "Sottogruppo (Tipo di endpoint)" e "Intervallo di confidenza" a questo grafico (Figura 4). Ora, l'etichetta è annidata all'interno di "Sottogruppo" sull'asse sinistro, mentre il testo "Intervallo di confidenza" si trova lungo l'asse destro.
Figure 4. HBV forest plot with Subgroup and Confidence Interval textFigura 4. Diagramma forestale HBV con testo del sottogruppo e dell'intervallo di confidenza
Utilizziamo la tabella dati ForestPlotSample_RosaMeta.jmp , che contiene una colonna di frequenza e una riga "complessiva" per dimostrare il ruolo della dimensione e l'opzione Aggiungi diamante di confidenza per l'etichetta complessiva o totale per una meta-analisi di pazienti con diabete mellito di tipo II (T2DM).
Figure 5. T2DM exampleFigura 5. Esempio di diabete di tipo 2
La Figura 6 presenta un grafico a foresta con il ruolo "Dimensione" e l'opzione "Aggiungi diamante di confidenza per l'etichetta complessiva o totale" applicati. La dimensione del marcatore della stima di ciascun intervallo varia a seconda della colonna "Conteggio", che rappresenta la dimensione del campione. Un diamante di confidenza è disegnato per il risultato della meta-analisi nella riga "Complessivo" in fondo al grafico.
Figure 6. T2DM forest plot with Size and Confidence DiamondFigura 6. Diagramma forestale T2DM con diamante di dimensione e confidenza
Questo nuovo componente aggiuntivo risolve diversi problemi identificati nelle prime versioni del componente aggiuntivo Forest Plot (i dettagli sono disponibili qui ). Inoltre, ad eccezione del diamante di confidenza, tutti gli elementi vengono generati con la funzionalità nativa Graph Builder, rendendo più semplice per gli utenti modificare i forest plot per colore o dimensioni dei simboli, oltre a quanto inizialmente generato dal componente aggiuntivo. Non vi piace la combinazione di colori blu e rosso per enfatizzare gli intervalli? Ora questi colori possono essere modificati in base alle preferenze dell'utente e lo script della presentazione modificata può essere salvato nella tabella dati per riflettere eventuali modifiche successive all'aggiunta del componente aggiuntivo.
Se ti piace il componente aggiuntivo, lasciaci una recensione a cinque stelle! Puoi richiedere nuove funzionalità nella sezione Domande e Risposte.
