Xueting Wang hat diesen Blogbeitrag verfasst. Xueting Wang entwickelte dieses Add-In als Teil derSommerpraktikum für Biostatistik-Studenten(BUSI)-Programm an der University of North Carolina in Chapel Hill.
Einführung
Welche Datenvisualisierung verwenden Sie, um die Ergebnisse verschiedener Studien zu visualisieren und die Gesamtergebnisse einer systematischen Übersichtsarbeit zu interpretieren? Das Forest-Plot ist eine gute Wahl, da es mehrere Konfidenzintervalle oder Glaubwürdigkeitsintervalle vertikal auf kompaktem Raum darstellt. Das JMP Forest Plot Add-In (gültig für JMP 17 und spätere Versionen) bietet eine einfache Möglichkeit zur Erstellung von Forest-Plots und bietet zahlreiche Anwendungsmöglichkeiten für die Präsentation unterschiedlicher Ergebnisse, darunter:
- Ein einzelner Endpunkt für mehrere Studien sowie die Gesamtschätzung dieses Endpunkts über alle Studien hinweg.
- Mehrere Endpunkte einer Studie.
- Ein einzelner Endpunkt innerhalb von Untergruppen.
- Beobachtete Ergebnisse oder jegliche Änderungen vom Ausgangswert für einen einzelnen Endpunkt im Laufe der Zeit.
Dialog und Rollen
Figure 1. Forest Plot Add-In dialogAbbildung 1. Dialogfeld „Forest Plot Add-In“
Zu den Rollen des Dialogs gehören:
- Untergruppe ist der Wert einer Zeichenspalte, der eine Spalte als Untergruppenfaktor kennzeichnet. Bei Anwendung werden die einzelnen Zeilen mit derselben Untergruppe gruppiert. Die Darstellung erfolgt auf der Y-Achse mit den in den Untergruppenwerten verschachtelten Beschriftungswerten.
- Beschriftung (erforderlich) ist der Wert einer Zeichenspalte, die auf der Y-Achse angezeigt wird. Die Werte der Beschriftungsspalte gelten als eindeutig in allen Zeilen der Datentabelle, wenn keine Untergruppe verwendet wird, bzw. als eindeutig innerhalb der Zeilen für jeden Wert der Untergruppe, wenn diese verwendet wird.
- Untergrenze (erforderlich) ist der Wert einer numerischen Spalte, die den unteren Grenzwert des Glaubwürdigkeits- oder Konfidenzintervalls für die Schätzung darstellt.
- Der Mittelwert (erforderlich) ist der Wert einer numerischen Spalte, die die Schätzung enthält, für die das Glaubwürdigkeits- oder Konfidenzintervall zusammengefasst wird.
- Obergrenze (erforderlich) ist der Wert einer numerischen Spalte, die den oberen Grenzwert des Glaubwürdigkeits- oder Konfidenzintervalls für die Schätzung darstellt.
- Der Text des Konfidenzintervalls ist der Wert einer Zeichenspalte, die den Text auf der rechten Achse anzeigt, normalerweise einschließlich der Schätzung und des Konfidenzintervalls.
- „Größe“ ist der Wert einer numerischen Spalte, die die Stichprobengröße jeder Zeile enthält, die zum Ändern der Größe der Markierung für den Mittelpunkt verwendet wird.
Es gibt mehrere weitere Optionen im Dialogfeld:
Durch Aktivieren dieses Kontrollkästchens wird eine gestrichelte vertikale Referenzlinie basierend auf dem Nullwert hinzugefügt und Folgendes aktiviert:
- Farbeinstellungen für Intervalle über/unter dem Nullwert: Es gibt drei Optionen für die Farbe der Intervalle. Dadurch können Intervalle ohne Nullwert hervorgehoben werden. Enthält das Intervall den Nullwert, wird es schwarz dargestellt.
- Nullwert: Dieses Feld legt den Nullwert nach Ihren Wünschen fest.
- Reihenfolge der Datentabelle
Wenn diese Option aktiviert ist, werden die Zeilen im Forest-Diagramm in der Reihenfolge dargestellt, in der sie in der Datentabelle stehen. Andernfalls werden die Zeilen in umgekehrter Reihenfolge wie in der Datentabelle angezeigt.
- Vertrauensraute für Gesamt- oder Gesamtbeschriftung hinzufügen
Wenn der Wert der Beschriftung für die letzte Zeile gleich „Overall“ oder „Total“ ist, stellt ein Diamant anstelle einer normalen Markierung das Konfidenz- oder Glaubwürdigkeitsintervall dar.
Anwendung
- Laden Sie das Forest Plot-Add-In vom JMP Marketplace herunter und doppelklicken Sie, um es zu installieren. Nach der Installation finden Sie es im Add-In-Menü.
- Öffnen Sie eine Datentabelle. Wählen Sie dann Add-Ins > Forest Plot, um das Dialogfeld zu öffnen.
- Ziehen Sie im Dialogfeld Spalten in die Rollen und wählen Sie andere geeignete Optionen aus.
- Klicken Sie auf „Ausführen“ , um das Diagramm zu erstellen.
Nun zeigen wir, wie das Forest Plot Add-In mit mehreren Datentabellen aus der medizinischen Literatur verwendet wird.
ForestPlotSample_HBV.jmp enthält die primären und sechs sekundären binären Endpunkte einer klinischen Studie mit Patienten mit chronischer Hepatitis-B-Virusinfektion (HBV). Es enthält die Spalten „Endpunkttyp (Untergruppe), Bezeichnung“, den Unterschied in den Proportionen zwischen Entecavir und Lamivudin, die Unter- und Obergrenzen der 95%-Konfidenzintervalle sowie ein formatiertes Feld mit dem Text der Schätzung und des 95%-Konfidenzintervalls. Das grundlegende Forest-Diagramm mit den den Rollen zugeordneten Spalten ist in Abbildung 2 mit Nullwert = 0 dargestellt.
Figure 2. HBV exampleAbbildung 2. HBV-Beispiel
Das mit den HBV-Daten erstellte Forest-Diagramm ist in Abbildung 3 dargestellt. Konfidenzintervalle ganz rechts von der Referenzlinie sind blau eingefärbt, um optisch darauf hinzuweisen, dass diese Intervalle nicht den Nullwert enthalten.
Figure 3. HBV forest plot without Subgroup and Confidence Interval textAbbildung 3. HBV-Forest-Plot ohne Untergruppe und Konfidenzintervalltext
Wir können die Textrollen „Untergruppe (Endpunkttyp)“ und „Konfidenzintervall“ auf dieses Diagramm anwenden (Abbildung 4). Die Beschriftung befindet sich nun innerhalb der Untergruppe auf der linken Achse, und der Text „Konfidenzintervall“ befindet sich auf der rechten Achse.
Figure 4. HBV forest plot with Subgroup and Confidence Interval textAbbildung 4. HBV-Forest-Plot mit Untergruppen- und Konfidenzintervalltext
Wir verwenden die Datentabelle ForestPlotSample_RosaMeta.jmp , die eine Häufigkeitsspalte und eine „Gesamt“-Zeile enthält, um die Rolle der Größe und die Option „Vertrauensraute für Gesamt- oder Gesamtbeschriftung hinzufügen“ für eine Metaanalyse von Patienten mit Diabetes mellitus Typ II (T2DM) zu demonstrieren.
Figure 5. T2DM exampleAbbildung 5. T2DM-Beispiel
Abbildung 6 zeigt ein Forest-Diagramm mit der Rolle „Größe“ und der Funktion „Vertrauensraute für Gesamtbeschriftung hinzufügen“. Die Größe der Markierung der Schätzung jedes Intervalls variiert je nach der Spalte „Anzahl“, die den Stichprobenumfang darstellt. Für das Ergebnis der Metaanalyse wird in der Zeile „Gesamt“ am unteren Rand des Diagramms eine Vertrauensraute eingezeichnet.
Figure 6. T2DM forest plot with Size and Confidence DiamondAbbildung 6. T2DM-Forest-Plot mit Größe und Konfidenzdiamant
Dieses neue Add-In behebt mehrere Probleme, die in früheren Versionen des Forest-Plot-Add-Ins festgestellt wurden (Details finden Sie hier ). Darüber hinaus werden, mit Ausnahme der Konfidenzraute, alle Elemente mit der nativen Graph Builder-Funktionalität erstellt. Dadurch können Benutzer die Farbe oder Symbolgröße von Forest-Plots einfacher über die vom Add-In ursprünglich erstellten Werte hinaus anpassen. Sie mögen das blau-rote Farbschema zur Hervorhebung von Intervallen nicht? Diese Farben können nun nach Benutzerwunsch geändert werden, und das Skript der geänderten Präsentation kann in der Datentabelle gespeichert werden, um alle nach der Installation des Add-Ins vorgenommenen Änderungen zu berücksichtigen.
Wenn Ihnen das Add-In gefällt, freuen wir uns über eine Fünf-Sterne-Bewertung! Neue Funktionen können Sie im Q&A anfordern.
