统计方法分析小鼠肌肉植入金属颗粒的大规模、多治疗、时间过程研究
鲍文君、Russell D. Wolfinger 和 Tzu-Ming Chu，SAS；Edward Perkins，美国陆军工程兵研究与发展中心；Desmond I. Bannon，公共卫生研究所
在一项关于小鼠中单个植入颗粒（镍、钨/镍/钴合金、钽或对照）效果的时间过程研究中，我们生成了 400 多个 Illumina Sentrix MouseRef-8 v1.1 表达珠芯片阵列，以评估治疗对基因表达谱随时间的影响。我们针对与如此庞大的数据集相关的几个数据分析挑战提出了解决方案。首先，转换：有大量基因具有负强度值。我们研究了移位对数和缺失值插补方法。其次，标准化：微阵列样品制备完成日期存在明显的批次效应。我们探索了不同的标准化方法，包括分组批次配置文件 (GBP) 校正。第三，差异表达基因：我们使用混合模型方差分析方法来测试它们的差异。
