마우스 근육에 이식된 금속 펠릿의 대규모 다중 처리, 시간 경과 연구 분석을 위한 통계적 접근 방식
Wenjun Bao, Russell D. Wolfinger, Tzu-Ming Chu, SAS; Edward Perkins, 미국 육군 엔지니어 연구 개발 센터; Desmond I. Bannon, 공중 보건 연구소
마우스에 단일 이식 펠릿(니켈, 텅스텐/니켈/코발트 합금, 탄탈륨 또는 대조군)의 효과에 대한 시간 경과 연구에서 400개 이상의 Illumina Sentrix MouseRef-8 v1.1 발현 비드 칩 어레이를 생성하여 시간이 지남에 따라 유전자 발현 프로필에 대한 치료 효과를 평가했습니다. 우리는 이처럼 방대한 데이터 세트와 관련된 여러 데이터 분석 과제에 대한 솔루션을 제시합니다. 첫째, 변환: 음의 강도 값을 갖는 유전자가 상당수 있습니다. 우리는 이동 로그 및 누락된 값 임퓨테이션 접근 방식을 조사했습니다. 둘째, 정규화: 마이크로어레이 샘플 준비 완료 날짜와 관련된 배치 효과가 분명합니다. 우리는 그룹화된 배치 프로필(GBP) 수정을 포함한 다양한 정규화 방법을 탐구했습니다. 셋째, 차별적으로 발현되는 유전자: 우리는 혼합 모델 ANOVA 접근 방식을 사용하여 차이점을 테스트했습니다.
