マウスの筋肉に埋め込まれた金属ペレットの大規模かつ多回治療の経時的研究を分析するための統計的アプローチ
ウェンジュン・バオ、ラッセル・D・ウォルフィンガー、ツゥミン・チュー（SAS）、エドワード・パーキンス（米国陸軍工兵研究開発センター）、デズモンド・I・バノン（公衆衛生研究所）
マウスに埋め込まれた単一のペレット（ニッケル、タングステン/ニッケル/コバルト合金、タンタル、またはコントロール）の効果の経時的研究では、400を超えるIllumina Sentrix MouseRef-8 v1.1 Expression Bead Chip Arraysが生成され、治療が遺伝子発現プロファイルに及ぼす効果を経時的に評価しました。このような大規模なデータセットに関連するいくつかのデータ分析の課題に対するソリューションを紹介します。まず、変換：負の強度値を持つ遺伝子が多数あります。シフトログと欠損値補完アプローチを調査しました。次に、正規化：マイクロアレイサンプルの準備完了日に関連する明らかなバッチ効果があります。グループ化バッチプロファイル（GBP）補正を含むさまざまな正規化方法を検討しました。最後に、差次的に発現した遺伝子：混合モデルANOVAアプローチを使用して、それらの違いをテストしました。
