Approcci statistici all'analisi di uno studio su larga scala, multitrattamento, del decorso temporale di pellet metallici impiantati nel muscolo del topo
Wenjun Bao, Russell D. Wolfinger e Tzu-Ming Chu, SAS; Edward Perkins, Centro di ricerca e sviluppo ingegneristico dell'esercito statunitense; Desmond I. Bannon, Istituto di sanità pubblica
In uno studio temporale degli effetti di un singolo pellet impiantato (nichel, lega di tungsteno/nichel/cobalto, tantalio o controllo) nei topi, sono stati generati oltre 400 Illumina Sentrix MouseRef-8 v1.1 Expression Bead Chip Array per valutare l'effetto dei trattamenti sui profili di espressione genica nel tempo. Presentiamo soluzioni per diverse sfide di analisi dei dati associate a un set di dati così ampio. Innanzitutto, la trasformazione: c'è un numero significativo di geni con valori di intensità negativi. Abbiamo studiato gli approcci di imputazione del logaritmo spostato e del valore mancante. In secondo luogo, la normalizzazione: c'è un evidente effetto batch associato alla data di completamento della preparazione del campione di microarray. Abbiamo esplorato diversi metodi di normalizzazione, inclusa la correzione del profilo batch raggruppato (GBP). In terzo luogo, geni differenzialmente espressi: abbiamo utilizzato un approccio ANOVA a modello misto per testare le loro differenze.
