Optimización de mapas de ligamiento en JMP® Genomics para mejorar los cultivos agronómicos
Kelci Miclaus y Rebekah Oliver, SAS Institute Inc.; y Eric Jackson, USDA-ARS
Un mapa de ligamiento bien construido que ubique los marcadores genéticos en una posición relativa es crucial en el análisis de locus de rasgos cuantitativos (QTL) en muchas especies vegetales y animales. Relacionar los marcadores de ADN con los rasgos heredados genéticamente mejora la eficiencia de la investigación agronómica de cultivos, al permitir el uso de métodos de mejoramiento genético asistido por marcadores para seleccionar plantas con rasgos deseables, como una mejor resistencia a enfermedades y un mayor rendimiento. Un mapa de ligamiento se construye utilizando genotipos de marcadores de ADN para muestras de una población experimental de pedigrí conocido. Los marcadores se asignan a grupos de ligamiento según su grado de vinculación, medido por sus tasas de recombinación. El orden óptimo de los marcadores dentro de los grupos se determina para calcular el mapa de distancia genética más corto. Las nuevas funciones de JMP Genomics 5.1 calculan grupos de ligamiento y determinan un mapa de marcadores óptimamente ordenado mediante rutinas de optimización en PROC OPTMODEL de SAS/OR. Destacamos estas nuevas funciones en el análisis de marcadores de ADN de plantas de avena derivadas de líneas endogámicas recombinantes como parte de la investigación en curso de la Empresa de Investigación Colaborativa de Avena (CORE).
