Ottimizzazione della mappa di collegamento in JMP® Genomics per migliorare le colture agronomiche
Kelci Miclaus e Rebekah Oliver, SAS Institute Inc.; ed Eric Jackson, USDA-ARS
Una mappa di collegamento ben costruita che posiziona i marcatori genetici in posizione relativa l'uno rispetto all'altro è fondamentale nell'analisi del locus dei tratti quantitativi (QTL) in molte specie vegetali e animali. Correlare i marcatori del DNA ai tratti ereditati geneticamente migliora l'efficienza della ricerca agronomica sulle colture consentendo l'uso di approcci di breeding assistiti da marcatori per selezionare piante con tratti desiderabili, come una migliore resistenza alle malattie e una maggiore resa. Una mappa di collegamento viene costruita utilizzando genotipi di marcatori del DNA per campioni da una popolazione sperimentale di pedigree noto. I marcatori vengono assegnati a gruppi di collegamento in base a quanto sono strettamente collegati, come misurato dai loro tassi di ricombinazione. L'ordine ottimale dei marcatori all'interno dei gruppi viene determinato per calcolare la mappa della distanza genetica più breve. Le nuove funzionalità di JMP Genomics 5.1 calcolano i gruppi di collegamento e determinano una mappa di marcatori ordinata in modo ottimale utilizzando routine di ottimizzazione in PROC OPTMODEL da SAS/OR. Mettiamo in evidenza queste nuove caratteristiche nell'analisi dei marcatori del DNA delle piante di avena derivate da linee consanguinee ricombinanti nell'ambito della ricerca in corso condotta dal Collaborative Oat Research Enterprise (CORE).
